Молекулярно-генетичний аналіз поліморфізму метагеномних нуклеотидних послідовностей ентомопатогенних бактерій Bacillus thuringiensis і прокаріотного комплексу грунтів

Abstract

Наведено результати щодо можливості метагеномних досліджень поліморфізму нуклеотидних послідовностей ентомопатогенних бактерій групи Bacillus thuringiensis і прокаріотного комплексу грунтів. На базі клонованих генів 16S рРНК ентомопатогенних бактерій B. thuringiensis проведено порівняльний філогенетичний аналіз внутрішньовидових взаємозв'язків біоваріантів (var. thuringiensis, darmstadiensis та israelensis). Встановлено наявність штамового поліморфізму в середині групи досліджуваних ентомопатогенів. Методом поліморфізму довжин рестрикційних фрагментів (tRFLP) здійснено порівняльний аналіз за 16S рРНК мікробного комплексу дерново-підзолистого грунту. З'ясовано особливості філогенетичних профілів і оцінено різноманіття прокаріотних мікроорганізмів. Виявлено генотипи, які не культивуються мікробіологічними методами.

Приведены результаты относительно возможности метагеномных исследований полиморфизма нуклеотидных последовательностей энтомопатогенных бактерий группы Bacillus thuringiensis и прокариотного комплекса почв. На базе клонированных генов 16S рРНК энтомопатогенных бактерий B. thuringiensis проведен сравнительный филогенетический анализ внутривидовых взаимосвязей биовариантов (var. thuringiensis, darmstadiensis и israelensis). Установлено существование штаммового полиморфизма внутри группы исследуемых энтомопатогенов. Методом полиморфизма длин рестрикционных фрагментов (tRFLP) осуществлен сравнительный анализ по 16S рРНК микробного комплекса дерново-подзолистой почвы. Выяснены особенности филогенетических профилей и оценено разнообразие прокариотных микроорганизмов. Выявлены генотипы, которые не культивируются микробиологическими методами.

Results concerning the possibility to research the metagenomic polymorphism of nucleotide sequences of entomopathogenic bacteria of the group Bacillus thuringiensis and a procariotic complex of soils are presented. On the basis of the cloned genes 16S rRNA of entomopathogenic bacteria B. thuringiensis, the comparative phylogenetic analysis of intraspecific interrelations of biovariants (var. thuringiensis, darmstadiensis and israelensis) is performed. Presence of the polymorphism of strains in the middle of the group of investigated entomopathogenes is established. The method of polymorphism of lengths of restriction fragments (tRFLP) is used in the comparative analysis of a microbic complex of turf-podzolic soil by 16S rRNA. Features of phylogenetic profiles are found out, and a variety of procariotic microorganisms is estimated. The genotypes which are not cultivated by the microbiological methods are revealed.