Розподіл шпилькових структур у плазмідах збудника сибірської виразки

Abstract

Однією з важливих біологічних функцій шпилькових структур є захист РНК-транскриптів від деградувальної дії різних факторів, а також регуляція транскрипції за рахунок їхнього формування у термінаторах транскрипції. Проведено пошук та визначено розподіли термодинамічно стабільних досконалих і недосконалих інвертованих повторів у плазмідах рХО1 і рХО2 патогенних штамів Bacillus anthracis. Аналіз послідовностей плазмід рХО1 і рХО2 B. anthracis виявив, що перша містить 176 інвертованих послідовностей з енергією від –30,6 до –10,0 ккал/моль, а друга – 57 шпильок з енергією від –27,2 до –10,0 ккал/моль. Представлено фізичні карти плазмід рХО1 і рХО2 з локалізованими шпильковими структурами. Показано, що останні на фізичних картах плазмід рХО1 і рХО2 розташовані в ділянці регуляторних генів або в елементах з невизначеною функцією.

An important biological function of hairpin-loop structures is the defense of RNA transcripts from degradation by different factors as well as the transcription regulation due to their formation in transcription terminators. The patterns of thermodynamically stable perfect and imperfect inverted repeats were determined for pXO1 and pXO2 plasmids of pathogenic Bacillus anthracis strains. A sequence analysis of these plasmids has shown the plasmid pXO1 contains 176 inverted repeats, the energy of which varies from –30.6 kcal/mol to –10.0 kcal/mol, and the plasmid pXO2 of B. anthracis contains 57 inverted sequences with energy from –27.2 kcal/mol to –10.0 kcal/mol. Physical maps of the pXO1 and pXO2 plasmids with located hairpins are presented. These hairpin-loop structures are shown to be localized in the sites of regulatory genes or the elements encoding proteins of unknown function.

Одной из важных биологических функций шпилечных структур является защита РНК-транскриптов от деградирующего дей- ствия разных факторов, а также регуляция транскрипции за счет их формирования в терминаторах транскрипции. Проведен поиск и определены распределения термодинамически стабильных совершенных и несовершенных инвертированных повторов в плазмидах рХО1 и рХО2 патогенных штаммов Bacillus anthracis. Анализ последовательностей плазмид рХО1 и рХО2 B. anthracis выявил, что первая содержит 176 инвертированных последовательностей с энергией от –30,6 до –10,0 ккал/моль, а вторая – 57 шпилек с энергией от –27,2 до –10,0 ккал/моль. Представлены физические карты плазмид рХО1 и рХО2 с локализованными шпилечными структурами. Показано, что последние на физических картах плазмид рХО1 и рХО2 локализованы в области регуляторных генов или в элементах с неопределенной функцией.