Аналіз наборів праймерів для детекції провірусної ДНК вірусу лейкозу великої рогатої худоби та вірусу імунодефіциту людини за допомогою полімеразної ланцюгової реакції

Abstract

Здійснено теоретичне та експериментальне порівняння чотирьох наборів праймерів для детекції провірусної ДНК вірусу лейкозу великої рогатої худоби (ВЛ ВРХ) за допомогою полімеразної ланцюгової реакції (ПЛР). Продемонстровано, що використання праймерів із 100 %-м ступенем гомології для всіх відомих ізолятів ВЛ ВРХ дозволило виявити більшу кількість вірусоносіїв, ніж праймерів з меншим рівнем гомології, які мають по 2–4 помилкових (неспарених) нуклеотиди. Сформульовано основні положення програми з безвакцинного викорінення ВЛ ВРХ в Україні. Показано, що праймери з комерційного набору для ПЛР-детекції вірусу імунодефіциту людини 1-го типу мають 5–7 помилкових нуклеотидів, що може істотно знижувати якість ПЛР-діагностикуму.

Проведено теоретическое и экспериментальное сравнение четырех наборов праймеров для детекции провирусной ДНК вируса лейкоза крупного рогатого скота (ВЛ КРС) с помощью полимеразной цепной реакции (ПЦР). Продемонстрировано, что праймеры со 100 %-й степенью гомологии для всех известных изолятов ВЛ КРС позволили выявить большее количество вирусоносителей, чем праймеры с меньшим уров­нем гомологии, которые имеют по 2–4 ошибочных (неспаренных) нуклеотида. Сформулированы основные положения про­граммы по безвакцинному искоренению ВЛ КРС в Украине. Показано, что праймеры из коммерческого набора для ПЦР- детекции вируса иммунодефицита человека 1-го типа имеют 5–7 ошибочных нуклеотидов, что может существенно сни­жать качество ПЦР-диагностикума.

Theoretical and experimental comparison of four primer sets for the bovine leukemia virus (BLV) detection by the polymerase chain reaction (PCR) is carried out. Primers with 100 % homology for all known BLV isolates are shown to be more effective in detecting BLV infected cattle than primers with lower homology which have 2–4 mismatched (unpaired) nucleotides. Main Items of BLV eradication programme without vaccination in Ukraine are presented. The primers from commercially available kit for the H1V-1 PCR detection are shown to have 5–7 mismatched nucleotides that could make worse PCR primer set.