Methylene blue: an alternative, multi-purpose stain for detection, analysis and isolation of nucleic acids

Abstract

A series of experiments was performed utilizing Methylene Blue (MeB) in place of the intercalating dyes ethidium bromide (EtBr) and acridine orange (AO) to stain, visualize, and isolate DNA and RNA. MeB proved to be superior to the other dyes for several purposes: 1) visualization of glyoxalated (chemically denatured) RNA in agarose gels, 2) staining of nucleic acids that are to be used in subsequent hybridization experiments, and 3) isolation and purification of plasmid DNA by CsCl ultracentrifugation. MeB was found to perform at least as well as EtBr or AO for visualization of DNA in agarose of acrylamide gels, and DNA stained with MeB can be purified from agarose gel slices by the Gene Clean protocol. These results indicate that MeB is a very effective nucleic acid stain. Its safety versus conventional intercalating dyes will be discussed.

Здійснено серію експериментів з використання метиленового синього (МС) замість інтеркалюючих барвників бромистого етидію (ЕВ) та. акридинового оранжевого (АО) для забарвлен­ня, візуалізації та виділення ДНК і РНК. Показано, що МС переважає інші барвники у використанні для декількох цілей: 1) візуалізації гліоксильовано'і (хімічно денатурованої) РНК в агарозних гелях; 2) забарвлювання нуклеїнових кислот, які в подальшому будуть використані в експериментах з гібри­дизації; 3) виділення та очистки плазмідної ДНК ультрацентрифугуванням в CsCl. Знайдено, що за допомогою МС ДНК так само добре виявляється в гелях агарози або акриламіду, як і з використанням ЕВ і АО, а ДНК, забарвлена МС, може бути очищена із зрізів гелей агарози по протоколу «Gene Clean». Ці результати вказують на те, що МС є дуже ефективним барвником нуклеїнових кислот. Обговорюється його безпека іюрівняно з загальноприйнятними інтеркалюючими барвниками.

Проведена серия экспериментов по использованию метилено­вого синего (МС) вместо интеркалирующих красителей бромистого этидия (ЭВ) и акридинового оранжевого (АО) для окрашивания, визуализации и выделения ДНК и РНК. Показано, что МС превосходит другие красители в использовании для нескольких целей: 1) визуализации глиоксилированной (хи­мически денатурированной) РНК в агарозных гелях; 2) окрашивания нуклеиновых кислот, которые впоследствии будут использоваться в экспериментах по гибридизации; 3) выделе­ния и очистки плазмидной ДНК ультрацентрифугированием в CsCl. Обнаружено, что МС так же пригоден для визуализации ДНК в гелях агарозы или акриламида, как ЭВ или АО, а ДНК, окрашенная МС, может быть очищена из срезов гелей агарозы по протоколу «Gene Clean». Эти результаты указывают на то, что МС – очень эффективный краситель нуклеиновых кислот. Обсуждается его безопасность по сравнению с общепринятыми интеркалирующими красителями.