Роль межнуклеотидных фосфатов и влияние некомплементарных замен в олигонуклеотидных субстратах на взаимодействие с ДНК-метилазой Ecodam

Abstract

Исследовали взаимодействие ДНК-метилазы Ecodam с синтетическими субстратами, содержащими различные нарушения в участке узнавания фермента. Несовершенные олигонуклеотидные комплексы содержали в одной из цепей последовательности узнавания GАТС различные дефекты: пропуск одного или нескольких нуклеотидов, наличие в месте разрыва олигонуклеотидной цепи 5-метилтиофосфатного остатка, некомплементарная замена Ade на Gua или Gua на Ade. Присутствие 5-метилтиофосфатного остатка не оказывает существенного влияния на метилирование по сравнению с аналогичными субстратами, не содержащими межнуклеотидного фосфата. Введение некомплементарной пары оснований в участок узнавания приводит к потере субстратных свойств таких несовершенных дуплексов.

Досліджували взаємодію ДНК-метилази Ecodam з синтетичними субстратами, що мають різні порушення в ділянці упізнавання ферменту. Недосконалі олігонуклеотидні комплекси містили в одному з ланцюгів послідовності упізнавання GАТС низку дефектів: пропуск одного або декількох нуклеотидів, наявність у місці розриву олігонуклеотидного ланцюга 5-метилтіофосфатного залишку, некомплементарни заміна Ade на Gua або Gua на Ade. Присутність 5-метилтіофосфатного залишку не чинить істотного впливу на метилюванняв порівняно з аналогічними субстратами, які не містять міжнуклеотидного фосфату. Введення некомплементарної пари основ у ділянку впізнавання призводить до втрати субстратних властивостей таких недосконалих дуплексів.

Eco dam methylase is investigated for its interaction with different synthetic oligonucleotide substrates containing some defects in the GATC sequence. The defects are as follows: the absence of one or several nucleotide residues, the presence of 3'-phosphate residue with CHa-S-group, noncomplementary substitution of Ade by Gua or of Gua for Ade in the recognition site of methylase Eco dam. The presence of the 3'S-methyl thiophosphate residue has no essential effect on the methylation of oligonucleotide complexes as compared to the analogous complexes lacking internucleotide phosphate. The introduction of the noncomplementary base pair in the recognition site results in the loss of substrate properties of such imperfect duplexes.