The start of systems biology in Ukraine

Abstract

The first laboratory of Systems Biology in Ukraine (IMBIG NASU) represents a track record of its scientific results. They include the pioneered development of a web-based tool for genome-wide surveys of eukaryotic promoters for the presence of transcription factors binding sites (COTRASIF); the deciphered mechanisms of the fine-tuned and balanced response of primary hepatocytes to interferon alpha levels recorded after partial hepatectomy; the elaboration of a novel method of gene regulatory network inference compatible with GRID environment and the development of a stoichiometric model of folate-related one carbon unit metabolism in human placenta and its application for the characteristics of the system’s behavior as a whole at different human pathologies.

Представлено наукові здобутки першої в Україні (ІМБіГ НАН України) лабораторії системної біології. Вони включають створення веб-інструменту для всегеномного пошуку сайтів зв’язування транскрипційних факторів у промоторах евкаріотних генів; розкриття тонко збалансованого механізму відповіді первинних гепатоцитів на дію інтерферону альфа в дозі, зареєстрованій на першому етапі регенерації печінки після часткової гепатектомії; розробку нового методу інференції мережі генної регуляції для його використання в середовищі ГРІД і створення стехіометричної моделі фолатного циклу у плаценті людини для характеристики поведінки системи за різних патологічних станів.

Представлены научные наработки первой в Украине (ИМБиГ НАН Украины) лаборатории системной биологии. Они включают создание веб-инструмента для всегеномного поиска сайтов связывания транскрипционных факторов в промоторах эукариотических генов; раскрытие тонко сбалансированного механизма ответа первичных гепатоцитов на действие интерферона альфа в дозе, регистрируемой в печени на раннем этапе после частичной гепатэктомии; разработку нового метода инференции сетей генной регуляции для его использования в среде ГРИД и создание модели фолатного цикла в плаценте человека для характеристики поведения системы при разных патологических состояниях.