Вызванная адсорбцией лигандов инверсия относительной стабильности AT- и GC-пар оснований ДНК

Abstract

Теоретически исследуется инверсия относительной стабильности AT- и GC-nap оснований комплексов блочной ДНК с лигандами, характеризующимися дальним порядком взаимодействия при адсорбции, и ДНК со случайной последовательностью пар оснований с контактно взаимодействующими лигандами. Показано, что оба типа взаимодействия лигандов с ДНК обусловливают нелинейность зависимости температуры плавления от GC- содержания (Тm(х)), что вызывает значительное увеличение ширины температурного интервала перехода (ΔT) в точке инверсии. Установлено, что только непротяженные невзаимодействующие между собой при адсорбции на ДНК лиганды, связывающиеся сильнее с границами между спиральными и расплавленными участками, способны вызывать увеличение AT в точке инверсии при линейности зависимости Тm(х).

Теоретично досліджується інверсія відносної стабільності AT-і GC-пар підстав комплексів блокової ДНК з лігандами, що характеризуються дальнім порядком взаємодії при адсорбції, і ДНК з випадковою послідовністю пар основ з контактно взаємодіючими лігандами. Показано, що обидва типи взаємодії лігандів з ДНК обумовлюють нелінійність залежності температури плавлення від GC-змісту (Тm (х)), що викликає значне збільшення ширини температурного інтервалу переходу (ΔT) в точці інверсії. Встановлено, що тільки непротяжних невзаимодействующие між собою при адсорбції на ДНК ліганди, що зв'язуються сильніше з межами між спіральними і розплавленими ділянками, здатні викликати збільшення AT в точці інверсії при лінійності залежності Тm (х).

The inversion of relative stability of AT- and GC-pairs of bases in the complexes of a block sequence DNA with long-range interacting ligands and DNA with random sequence of pairs of bases with contactly interacting ligands has been theoretically studied. Both types of ligand interaction with DNA are shown to give rise to a nonlinearity of the GC-content dependence of the melting temperature (Tm(x)), which induces a considerable increase in the melting range width (ΔT) at the inversion point. It is found that only short noninteracting ligands which are bound stronger to the boundaries between the helix and coil regions cause both the growth of ΔT at the inversion point and a linearity of the Tm (x) dependence.