За период с 2006 по 2010 г. проведены анализ и оценка качества вод р. Селенги по санитарно-микробиологическим показателям на территории Российской Федерации от границы с Монголией до впадения в оз. Байкал, включая ее дельту и главные притоки. На всем протяжении реки, особенно в летний период, обнаружены санитарно-показательные микроорганизмы, по качественному и количественному составу которых сделан вывод о значительном ухудшении качества вод (июль 2010 г.: ОКБ от 2 тыс. до 13,5 тыс. КОЕ/100 мл, энтерококки до 420 КОЕ/100 мл). Вода р. Селенги в летний период по требованиям СанПиН РФ не может быть рекомендована для использования как в качестве источника питьевого и хозяйственно-бытового водопользования и водоснабжения, так и в рекреационных целях.
За період з 2006 по 2010 р. аналіз та оцінка якості води р. Селенги і її дельти за санітарно-мікробіологічними критеріями показали значне погіршення якості води. Вода р. Селенги у літній період за вимогами СанПіН РФ не може бути рекомендована для використання в рекреаційних цілях, а також для господарсько-побутового водокористування і водопостачання.
Remarkable deterioration of water quality in Selenga River was shown during the period from 2006 to 2010 years according to sanitary microbiological factors. In summer season water from Selenga River cannot be used for domestic and recreational purposes according to the requirements of Russian federal standard of water quality.