Polymorphisms in the 5′-UTR of PTEN and other gene polymorphisms in normal Japanese individuals

Abstract

Polymorphisms are distributed differently in populations, including those of regions, ethnic groups, and diseased patients. In order to investigate variation in nucleotide sequences in normal individuals, we isolated genomic DNA from the blood of healthy Japanese individuals and sequenced the 5'-untranslated region (5'- UTR) of the phosphatase and tensin homolog deleted on chromosome 10 (PTEN) gene and the gene promoter, intron, and exon nucleotides of p53, p14ARF, murine double minute 2 (MDM2), and the β2- and β3-adrenoceptor (-AR). We found polymorphisms in these regions, including a deletion at positions –465 to –463 and a substitution at position –404 in PTEN and a substitution at position –4924 in p14ARF, in normal individuals. Individuals with or without the PTEN polymorphism harbored a different distribution of polymorphisms, including simultaneous alterations in nucleotides of p53, MDM2, and β3-AR, and also harbored some polymorphic nucleotides located in the same set of associatively altered nucleotides. Our results show that multiple nucleotides, including the PTEN nucleotides, are altered in normal Japanese individuals and provide useful information for genotyping studies in individuals and populations.

Полиморфизмы широко распространены в популяциях, включая регионы, этнические группы и больных пациентов. Для исследования изменчивости нуклеотидных последовательностей у нормальных индивидов , мы выделили геномную ДНК из крови здоровых японцев и секвенировали 5′-нетранслируемый участок (5′-UTR) гена фосфатазы и гомолога тензина (PTEN), промоторные последовательности, интроны и экзоны генов p53 и p14ARF, ингибитора супрессора опухолевого роста p53 (MDM2) и генов β2- and β3-адренореце (-AR). Мы обнаружили полиморфизм по этим участкам, включая делецию в положении с −465 to −463 и замену в положении −404 в PTEN и замену в положении −4924 в p14ARF у нормальных индивидов. Индивиды с и без полиморфизма PTEN имели различное распределение полиморфизма, включая одновременные изменения в нуклеотидах p53, MDM2 и 3-AR, и также имели полиморфные нуклеотиды, локализованные в том же наборе совместно измененных нуклеотидов. Наши результаты показывают, что множественные нуклеотиды, включая нуклеотиды PTEN, изменены у нормальных японских индивидов и дают полезную информацию для исследований по генотипированию индивидов и популяций.