http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/170019 Mon, 13 Apr 2026 18:25:40 GMT 2026-04-13T18:25:40Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/bitstream/id/508062/ http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/170019 http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/170510 RNA-binding protein SAM68 interacts with endocytic proteins and actin cyto skeleton modulators Pankivskyi, S.V.; Senchenko, N.V.; Busko, P.B.; Rynditch, A.V. SAM68 is a nuclear RNA-binding protein involved in the regulation of mRNA processing. SAM68 overexpression is observed in multiple types of cancer. Recently, the possible link between RNA-binding protein SAM68 and scaffold protein ITSN1 has been identified. The aim of the study was to confirm the probability of direct binding bet ween SAM68 and ITSN, analyze the effect of ITSN1 on SAM68-mediated alternative splicing, and identify novel SAM68 partners among endocytic proteins and actin cytoskeleton modulators. The interactions were revealed in pull-down assays using purified recombinant proteins or cell lysates. ITSN1 knockdown in HeLa cells was performed using the shRNA approach. The expression of isoforms produced by alternative splicing was measured using RT-PCR. It was demonstrated that SAM68 directly interacted with ITSN1 in vitro. Next, it was found that ITSN1 knockdown in HeLa cells induced SRSF1 intron 3 retention increasing the expression of the proto-oncogenic isoform of SRSF1 by three times. It was also shown that SH3 domains of AMPH1, BIN1, CTTN1, TKS4, and TKS5 precipitated SAM68 from lysate of 293 cells. As a result, SAM68 directly binds to ITSN1 and interacts with endocytic proteins and actin cytoskeleton modulators, whereas SAM68-mediated splicing in HeLa cells may be regulated by ITSN1.; Метою дослідження було підтвердити можливість прямого зв'язування між SAM68 та ITSN1, проаналізувати вплив ITSN1 на SAM68-опосередкований альтернативний сплайсинг і виявити нових партнерів SAM68 з-поміж ендоцитозних білків та модуляторів реорганізації актинового цитоскелета. Взаємодії проаналізовано за допомогою pull-down методик з використанням очищених рекомбінантних білків або лізатів клітин 293. Нокдаун ITSN1 у клітинах лінії HeLa проводили, використовуючи дві шпилькові РНК. Експресію ізоформ, що утворюються в ході альтернативного сплайсингу, проаналізовано за допомогою ПЛР в реальному часі. Показано, що SAM68 прямо взаємодіє з ITSN1 in vitro. Далі виявлено, що нокдаун ITSN1 у клітинах лінії HeLa підвищує рівень збереження інтрону 3 SRSF1 на 50 %, сприяючи експресії протоонкогенної ізоформи SRSF1. Встановлено, що SH3 домени білків AMPH1, BIN1, CTTN1, TKS4 та TKS5 преципітують SAM68 із лізатів клітин 293. SAM68 безпосередньо зв'язується з ITSN1 і взаємодіє з ендоцитозними білками та модуляторами перебудов актинового цитоскелета, а SAM68-опосередкований сплайсинг у клітинах лінії HeLa може регулюватися ITSN1.; Целью исследования было подтвердить возможность прямого связывания между SAM68 и ITSN1, проанализировать влияние ITSN1 на SAM68-опосредованный альтернативный сплайсинг и найти новых партнеров SAM68 среди эндоцитозных белков и модуляторов реорганизации актинового цитоскелета. Взаимодействия проанализированы с помощью pull-down методик с использованием очищенных рекомбинантных белков или лизатов клеток 293. Короткие РНК, образующие шпильки, использовали для нокдауна ITSN1 в клетках линии HeLa. Экспрессия изоформ, образующихся в ходе альтернативного сплайсинга, проанализирована с помощью ПЦР в реальном времени. Показано, что SAM68 прямо взаимодействует с ITSN1 in vitro. Далее обнаружено, что нокдаун ITSN1 в клетках линии HeLa повышает уровень сохранения интрона 3 SRSF1 на 50 %, способствуя экспрессии протоонкогенной изоформы SRSF1. Установлено, что SH3 домены белков AMPH1, BIN1, CTTN1, TKS4 и TKS5 преципитируют SAM68 из лизатов клеток 293. SAM68 непосредственно связывается с ITSN1 и взаимодействует с эндоцитозными белками и модуляторами перестроек актинового цитоскелета, а SAM68-опосредованный сплайсинг в клетках линии HeLa может регулироваться ITSN1. Wed, 01 Jan 2020 00:00:00 GMT http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/170510 2020-01-01T00:00:00Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/170509 Лінії томатів, які експресують ген лактоферину людини, характеризуються стійкістю до фітофторозу Бузіашвілі, А.Ю.; Чередніченко, Л.М.; Кропивко, С.В.; Ємець, А.І. Трансгенні лінії томатів (Lycopersicon esculentum Mill.) сортів Лагідний та Money Maker, що експресують ген лактоферину людини (hLf), було отримано з використанням Agrobacterium-опосередкованої трансформації. Для перенесення гена hLf застосовували плазмідний вектор pBin35LF, що містив цільовий ген під контролем конститутивного 35 S промотору вірусу мозаїки цвітної капусти (CaMV35S), а також ген неоміцинфосфотрансферази ІІ (nptII), що забезпечує стійкість до канаміцину. Інтеграцію гена hLf в геном трансгенних ліній підтверджували за допомогою полімеразної ланцюгової реакції з використанням специфічних праймерів до hLf. Експресію білка лактоферину визначали за допомогою вестерн-блоту. Стійкість трансгенних ліній до Phytophthorа infestans в умовах in vitro досліджували, використовуючи біотести дифузії в агар, зараження асептичних рослин та ізольованих листків. Встановлено підвищену стійкість до фітофторозу трансгенних ліній томатів порівняно з контрольними рослинами. Отримані результати свідчать про те, що експресія лактоферину сприяє підвищенню стійкості трансгенних рослин томатів до агресивних грибних фітопатогенів, таких як P. infestans..; Transgenic lines of tomatoes (Lycopersicon esculentum Mill.) of cultivars Lahidny and Money Maker expressing human lactoferrin gene (hLf) were obtained with the use of Agrobacterium-mediated transformation. For the transfer of hLf gene, the pBin35LF plasmid vector was used with the gene-of-interest under control of 35 S promoter of cauliflower mosaic virus (CaMV35S) and the gene of neomycinephosphotransferase ІІ (nptII) conferring the resistance to kanamycin. Integration of hLf into genome of transgenic lines was confirmed with the use of PCR with specific primers to hLf. Expression of lactoferrin protein was detected with the use of Western blot analysis. The resistance of transgenic lines to Phytophthora infestans was studied in vitro with the use of the disk diffusion assay, infection of aseptic plants, and detached leaves. The enhanced resistance to late blight of transgenic tomato lines was shown as compared to control lines. The obtained results demonstrate that the expression of lactoferrin improve the resistance of transgenic tomato plants to aggressive fungal pathogens such as P. infestans.; Трансгенные линии томатов (Lycopersicon esculentum Mill.) сортов Лагидный и Money Maker, которые экспрессируют ген лактоферрина человека (hLf), были получены с помощью Agrobacterium-опосредованной трансформации. Для переноса гена hLf использовали плазмидный вектор pBin35LF, который содержал целевой ген под контролем конститутивного 35 S промотора вируса мозаики цветной капусты (CaMV35S), а также ген неомицинфосфотрансферазы ІІ (nptII), который обеспечивает устойчивость к канамицину. Интеграцию гена hLf в геном трансгенных линий подтверджали с помощью полимеразной цепной реакции с использованием специфичных праймеров к hLf. Экспрессию белка лактоферрина определяли с помощью вестерн-блот анализа. Устойчивость трансгенных линий к Phytophthora infestans в условиях in vitro исследовали, используя биотесты диффузии в агар, заражения асептичных растений и изолированных листьев. Установлена повышенная устойчивость к фитофторозу трансгенных линий томатов в сравнении с контрольными растениями. Полученные результаты свидетельствуют о том, что экспрессия лактоферрина способствует повышению устойчивости трансгенных растений томатов к агрессивным грибным фитопатогенам, таким как P. infestans. Wed, 01 Jan 2020 00:00:00 GMT http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/170509 2020-01-01T00:00:00Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/170508 Вплив заміщення атомів лантану на будову шаруватої структури індатів ВаLa₁₋ₓNdₓInO₄ Тітов, Ю.О.; Білявина, Н.М.; Слободяник, М.С.; Чумак, В.В.; Тимошенко, М.В.; Слива, Т.Ю. Mетодами рентгенівської порошкової дифрактометрії визначені границі ізовалентного заміщення атомів лантану на атоми неодиму в шаруватій перовськітоподібній структурі індатів ВаLa₁₋ₓNdₓInO₄: 0 ≤ x ≤ 0,25. Структурні розрахунки виконані з використанням пакета програмного забезпечення, який містить повний комплекс алгоритмів Рітвельда, у тому числі алгоритми визначення кристалічної структури в багатофазних зразках. Показано, що зразок ВаLa₁₋ₓNdₓInO₄ з х = 0,2 містить дві поліморфні модифікації фази ВаLa₀,₈Nd₀,₂InO₄ з шаруватою перовськітоподібною структурою: основну з ромбічною сингонією (просторова група Pbca) і додаткову з тетрагональною сингонією (просторова група I4/mmm). Кристалічна структура обох модифікацій ВаLa₀,₈Nd₀,₂InO₄ утворена двовимірними перовськітоподібними блоками, які складаються з шару сполучених вершинами деформованих октаедрів InO₆. Блоки розділені шаром поліедрів (Ba, La, Nd)О₉. Безпосередні зв'язки In—O—In між октаедрами сусідніх блоків відсутні. Вони зв'язані між собою зв'язками —O—(Ba, La, Nd)—O—. Аналіз особливостей будови ромбічної модифікації ВаLa₀,₈Nd₀,₂InO₄ показав, що ізовалентне заміщення атомів лантану на менші атоми неодиму призводить до істотного (більш ніж у півтора рази) збільшення ступеня деформації міжблокових поліедрів (Ba,La,Nd)O₉і зменшення довжини міжблокової відстані (Ba, La, Nd)—О2. Такі структурні зміни призводять до дестабілізації міжблокової “зшивки”, є одними із основних факторів руйнування шаруватої перовськітоподібної структури фаз ВаLa₁₋ₓNdₓInO₄ при х > 0,25 та обумовлюють відсутність індату BaNdInO₄.; The boundary of the isovalent substitution of a lanthanum atom by a neodymium atom in the slab perovskitelike structure of ВаLa₁₋ₓNdₓInO₄ indates (0 ≤ х ≤ 0.25) has been determined using the X-ray powder diffraction methods. The crystal structure calculations were performed by use of the software package containing a full complex of the Rietveld procedures, including the crystal structure determination in multiphase samples. As a result, it was shown that, in fact, the ВаLa₁₋ₓNdₓInO₄ (x = 0.2) synthesis product contains two polymorphic modifications of a slab perovskite-like structure, namely: the main orthorhombic ВаLa₀,₈Nd₀,₂InO₄ phase with space group Pbca and the additional tetragonal one with space group I4/mmm. It was shown that the crystal structure of each ВаLa₁₋ₓNdₓInO₄ modification is formed by the two-dimensional perovskite-like blocks constructed from a slab of distorted InO6 octahedra joined by their vertices. These blocks are separated by the slab of (Ba,La,Nd)О₉ polyhedra. Here, the blocks are connected through —O—(Ва,La,Nd)—O— bonds, while there are no direct In—O—In bonds between the octahedra of adjacent blocks. Analysis of the structural features of the orthorhombic ВаLa₀,₈Nd₀,₂InO₄ modification has shown that the isovalent substitution of lanthanum atoms by smaller-size neodymium atoms leads as to a significant (more than one and a half times) increase in the deformation degree of the interblock (Ba,La,Nd)O₉ polyhedra, as well to a decrease in the (Ba,La,Nd)—О₂ interblock length. Such structural changes result in a destabilization of the interblock “stitching” and become one of the main destruction factors of the slab perovskite-like structure of the ВаLa₁₋ₓNdₓInO₄ phases at x > 0.25 and cause the absence of the BaNdInO4 indate.; Mетодами рентгеновской порошковой дифрактометрии определены границы изовалентного замещения атомов лантана на атомы неодима в слоистой перовскитоподобной структуре индатов ВаLa₁₋ₓNdₓInO₄: 0 ≤ x ≤ 0,25. Структурные расчеты выполнены с использованием пакета программного обеспечения, содержащего полный комплекс алгоритмов Ритвельда, включая алгоритмы определения кристаллической структуры в многофазных образцах. Показано, что образец ВаLa₁₋ₓNdₓInO₄ с х = 0,2 содержит две полиморфные модификации фазы ВаLa₀,₈Nd₀,₂InO₄ со слоистой перовскитоподобной структурой: основную с ромбической сингонией (пространственная группа Pbca) и дополнительную с тетрагональной сингонией (пространственная группа I4/mmm). Кристаллическая структура обеих модификаций ВаLa₀,₈Nd₀,₂InO₄ образована двумерными перовскитоподобными блоками, состоящими из слоя соединенных вершинами деформированных октаэдров InO₆. Блоки разделены слоем полиэдров (Ba,La,Nd)О₉. Непосредственные связи In—O—In между октаэдрами соседних блоков отсутствуют. Они связаны между собой посредством —O—(Ва, La, Nd)—O— связей. Анализ особенностей строения ромбической модификации ВаLa₀,₈Nd₀,₂InO₄ показал, что изовалентное замещение атомов лантана на меньшие атомы неодима приводит к существенному (более чем в полтора раза) увеличению степени деформации межблочных полиэдров (Ba,La,Nd)O₉ и уменьшению длины межблочного расстояния (Ba, La, Nd)—О₂. Такие структурные изменения приводят к дестабилизации межблочной “сшивки” и являются одними из основных факторов разрушения слоистой перовскитоподобной структуры фаз ВаLa₁₋ₓNdₓInO₄ при х > 0,25 и обусловливают отсутствие индата BaNdInO₄. Wed, 01 Jan 2020 00:00:00 GMT http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/170508 2020-01-01T00:00:00Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/170507 Пірогенний кремнезем з прищепленими кремнієгідридними групами як редокс-активний компонент у складі композита з кавовою кислотою Кузема, П.О.; Лагута, І.В.; Ставинська, О.М.; Циба, М.М.; Тьортих, В.А. Шляхом сорбційного модифікування вихідного пірогенного кремнезему (ПК) та гідридсилільованого кремнезему (ГПК) кавовою кислотою (КК) було одержано композити з відновлювальними властивостями (ПК-КК і ГПК-КК відповідно). Результати ІЧ спектральних досліджень показали, що гідроксильні групи поверхні кремнеземів беруть участь в утворенні водневих зв'язків з молекулами КК. Аналіз редокс-активності матеріалів виявив значне зниження окисно-відновного потенціалу водної системи зразками на основі ГПК. За допомогою ДФПГ-тесту встановлено відсутність антирадикальних властивостей у ПК та ГПК, проте композити ПК-КК і ГПК-КК, як і КК, ефективно нейтралізують радикали дифенілпікрилгідразилу. За допомогою методу Фоліна—Чокальтеу показано, що КК у складі композитів з кремнеземом зберігає свої антиоксидантні властивості. Результати дослідження свідчать про перспективність використання гідрид силільованого пірогенного кремнезему як редокс-активного компонента у складі композитів антиоксидантної дії.; Using the sorptive modification of pristine fumed silica (FS) and hydride-silylated silica (HFS) with caffeic acid (CA), the composites with reducing properties (FS-CA and HFS-CA, respectively) were obtained. Based on the results of IR spectrometry, it was concluded that, under such conditions of deposition, caffeic acid at a concentration of 24 mg per g of silica is rather in the adsorbed state than in the condensed one, the surface hydroxyl groups of both unmodified and hydride-silylated fumed silica being involved in the interaction with the carbonyl and probably phenolic groups of CA molecules, whereas grafted silicon-hydride groups do not participate in the formation of surface complexes with this antioxidant. Reducing properties of the materials in aqueous medium were estimated by a change in the oxidation-reduction potential (ORP) and the complex index of redox activity (rH2) taking into account pH with respect to distilled water. The measurements have shown that only HFS and HFS-CA are capable of lowering the ORP of aqueous medium. Moreover, HFS-CA has shown the most attractive results in terms of both the values of the redox activity in the aqueous medium and their stability over time. DPPH test showed that FS and HFS possess no antiradical properties. However, it was found that FS-CA and HFS-CA composites, as well as CA, effectively neutralize diphenylpicrylhydrazyl radicals. Using the Folin–Ciocalteu method, it has been shown that CA in the composition with silica preserves its antioxidant properties. The studies have shown a promise of using hydride-silylated fumed silica as a redoxactive component for antioxidant composites.; Путем сорбционного модифицирования исходного пирогенного кремнезема (ПК) и гидридсилилированного кремнезема (ГПК) кофейной кислотой (КК) были получены композиты с восстановительными свойствами (ПК-КК и ГПК-КК соответственно). Результаты ИК спектральных исследований показали, что гидроксильные группы поверхности кремнеземов принимают участие в образовании водородных связей с молекулами КК. При анализе редокс-активности материалов обнаружено значительное понижение окислительно-восстановительного потенциала водной системы образцами на основе ГПК. С помощью ДФПГ-теста установлено отсутствие антирадикальных свойств у ПК и ГПК, однако композиты ПК-КК и ГПК-КК, как и КК, эффективно нейтрализуют радикалы дифенилпикрилгидразила. С помощью метода Фолина–Чокальтеу показано, что КК в составе композитов с кремнеземом сохраняет свои антиоксидантные свойства. Результаты исследования свидетельствуют о перспективности использования гидридсилилированного пирогенного кремнезема в качестве редокс-активного компонента в составе композитов антиоксидантного действия. Wed, 01 Jan 2020 00:00:00 GMT http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/170507 2020-01-01T00:00:00Z