http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/151291 Tue, 21 Apr 2026 10:06:02 GMT 2026-04-21T10:06:02Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/bitstream/id/450136/ http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/151291 http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/154399 Crambe aspera plants in vitro propagation and its effect on fatty acids and phenolic compounds content and genome stability Pushkarova, N.O.; Lakhneko, O.R.; Morgun, B.V.; Kuchuk, M.V.; Blume, Ya.B.; Yemets, A.I. In vitro culture can be used for endangered species preservation but its effect on biochemical properties and genetic stability of plants requires further research. Aim. The study on fatty acids content, phenolic compounds and phylogenetic relationships of Crambe aspera plants upon aseptic cultivation in vitro. Methods. Morphogenic potential of Crambe aspera leaf, root and petiole explants was studied in the Murashige and Skoog (MS) medium with different concentrations of growth factors. Fatty acids (FA) content was determined by gas chromatography-mass spectrophotometry of FA ethers, phenolic compounds were determined by spectrophotometry. Polymerase chain reactions were used to study phylogenetic relationships. Results. The efficient protocols of seed surface sterilization as well as methods of fast microclonal multiplication and obtention of C. aspera callus tissue for were developed. Conclusions. Leaves of both in vitro and in vivo cultured plants had a high content of α-linolenic acid whereas erucic acid was absent. At the same time, the difference in biochemical composition between the plants grown in aseptic and non-aseptic conditions was shown. In vivo populations of C. aspera showed a high level of polymorphism but its genome did not undergo changes after the in vitro establishment.; Застосування культури іn vitro для збереження рідкісних видів має ряд переваг. Мета. Дослідження вмісту жирних кислот, фенольних сполук та філогенетичних зв’язків рослин Crambe aspera може допомогти оцінити вплив культивування in vitro. Методи. Було досліджено морфогенний потенціал листкових, кореневих та черешкових експлантів Crambe aspera на середовищі MS з різним вмістом регуляторів росту. Вміст жирних кислот визначали за допомогою газової хромато-мас спектрометрії ефірів жирних кислот. Вміст фенольних сполук визначали за допомогою спектрофотометра. Полімеразна ланцюгова реакція була застосована для дослідження філогенетичних зв’язків. Результати. Було встановлено ефективні протоколи поверхневої стерилізації насіння разом з методами швидкого мікроклонального розмноження та отримання калюсної культури для виду C. aspera. Висновки. Отримані результати свідчать про високий вміст α-ліноленової та відсутність еруковї кислоти у листках рослин що культивували як in vitro, так і in vivo. В той же час, було встановлено різницю біохімічного складу між рослинами з асептичних та грунтових умов. Популяції C. aspera що зростали в умовах in vivo показали високий рівень поліморфізму але їх геном після введення культуру in vitro був стабільним; Использование культуры іn vitro с целью сохранения редких видов имеет ряд преимуществ. Цель. Исследование состава жирных кислот, фенольных соединений и филогенетических связей растений Crambe aspera может помочь в оценке влияния культивирования in vitro. Методы. Было установлено морфогенный потенциал листовых, корешковых и черешковых эксплантов Crambe aspera на среде MS с различным составом регуляторов роста. Содержание жирных кислот определяли с помощью газовой хромато-масс спектрометрии эфиров жирных кислот. Содержание фенольных соединений определяли на спектрофотомере. Полимеразная цепная реакция была использована для исследования филогенетических связей. Результаты. Было установлено эффективные протоколы поверхностной стерилизации семян вместе с методами быстрого микроклонального размножения и получения калюсной культуры для вида C.°aspera. Выводы. Полученные результаты свидетельствуют о высоком содержании α-линоленовой и отсутствии эруковой кислоты в листьях растений культивируемых как in vitro, так и in vivo. В то же время была установлена разница биохимического состава между растениями из асептических и грунтовых условий. Популяции C. aspera произрастающие в условиях in vivo показали высокий уровень полиморфизма, но их геном после введения в культуру in vitro был стабильным. Tue, 01 Jan 2019 00:00:00 GMT http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/154399 2019-01-01T00:00:00Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/154398 Optimization of nucleosome assembly from histones and model DNAs and estimation of the reconstitution efficiency Kutuzov, M.M.; Kurgina, T.A.; Belousova, E.A.; Khodyreva, S.N.; Lavrik, O.I. Nucleosome core particles (NCPs) are basic units of chromatin organization; they represent the most convenient model system for the study of key DNA-dependent processes. Therefore, a robust method of nucleosome assembly is important for research. To prepare NCPs, purified histones and DNAs with sequences providing strong positioning of DNA relative to histone octamer are commonly used, and a method to control the efficacy of NCP reconstruction is required. Aim. To optimize the procedure for NCP reconstitution from purified histone octamers and different types of synthetic model DNAs and develop a new approach for express analysis of the efficacy of NCP reconstitution. Methods. Dialysis, PAAG, fluorescence measurement using the Eva-Green dye. Results. We first developed a convenient procedure for NCP assembly in a low-salt buffer with a variable DNA-histone ratio at the first stage. Once the optimal ratio was determined, NCPs could be assembled by a slow gradient dialysis. The efficacy of NCP assembly can be estimated directly in the solution using the Eva-Green dye. Conclusions. The efficacy of dye intercalation into DNA duplex was sharply reduced in the nucleosomal context. The main benefits of the proposed approach are the rapid analysis directly in the solution and possibility to use DNAs without any special tags.; Нуклеосомна корова частка, НКЧ, являє собою зручну модельну систему для вивчення ключових ДНК-залежних процесів, оскільки є елементарною одиницею структури хроматину. Саме тому основним завданням представленого дослідження було створення універсального методу збірки нуклеосом. Для реконструкції НКЧ використовуються очищені гістони і ДНК-структури з певними послідовностями, що забезпечують чітке позиціонування ДНК відносно октамера гістонів. Це вимагає наявності способу контролю ефективності реконструкції НКЧ. Мета. Оптимізувати процедуру реконструкції НКЧ з очищених октамер гістонів і різних типів синтезованих модельних ДНК і запропонувати підхід для експрес-аналізу ефективності цього процесу. Методи. Діаліз, поділ в ПААГ, вимір флуоресценції з використанням барвника Eva-Green. Результати. Ми розробили зручну процедуру складання НКЧ в слабо сольовому буфері із змінним співвідношенням ДНК-гістони на першому етапі. Після визначення оптимального співвідношення реконструкція НКЧ може бути проведена за допомогою повільного градиентного діалізу. На цьому етапі ефективність процесу може бути оцінена безпосередньо в розчині з використанням барвника Eva-Green. Висновки. Було показано, що ефективність интеркаляции барвника в дуплекс ДНК в контексті нуклеосоми різко знижується. До основних переваг запропонованого підходу можна віднести швидкий аналіз суміші безпосередньо в розчині і можливість використання ДНК, що не містять будь-яких спеціальних міток.; Нуклеосомная коровая частица, НКЧ, представляет собой удобную модельную систему для изучения ключевых ДНК-зависимых процессов, поскольку является элементарной единицей структуры хроматина. Именно поэтому основной задачей представленного исследования было создание универсального метода сборки нуклеосом. Для реконструкции НКЧ используются очищенные гистоны и ДНК-структуры с определенными последовательностями, обеспечивающими четкое позиционирование ДНК относительно октамера гистонов. Это требует наличия способа контроля эффективности реконструкции НКЧ. Цель. Оптимизировать процедуру реконструкции НКЧ из очищенных октамеров гистонов и различных типов синтезированных модельных ДНК и предложить подход для экспресс-анализа эффективности этого процесса. Методы. Диализ, разделение в ПААГ, измерение флуоресценции с использованием красителя Eva-Green. Результаты. Мы разработали удобную процедуру сборки НКЧ в слабо солевом буфере с изменяемым соотношением ДНК-гистоны на первом этапе. После определения оптимального соотношения реконструкция НКЧ может быть проведена с помощью медленного градиентного диализа. На этом этапе эффективность процесса может быть оценена непосредственно в растворе с использованием красителя Eva-Green. Выводы. Было показано, что эффективность интеркаляции красителя в дуплекс ДНК в контексте нуклеосомы резко снижается. К основным преимуществам предложенного подхода можно отнести быстрый анализ смеси непосредственно в растворе и возможность использования ДНК, не содержащих каких-либо специальных меток. Tue, 01 Jan 2019 00:00:00 GMT http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/154398 2019-01-01T00:00:00Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/154397 Scaffold proteins ITSN1 and ITSN2 interact with nuclear RNA-binding proteins Pankivskyi, S.V.; Senchenko, N.V.; Busko, P.B.; Rynditch, A.V. Aim. To identify novel ITSN1 and ITSN2 partners among RNA-binding proteins (RBPs) involved in regulation of mRNA processing. Methods. GST pull-down, immunoprecipitation assays and bioinformatics analysis was used to identify other RBPs that could interact with ITSN1 and ITSN2 proteins. Results. ITSN1 and ITSN2 SH3 domains interacted in vitro with nuclear RBPs SAM68, WBP11, and LARP6. ITSN1 and ITSN2 also co-precipitated with SAM68 and LARP6 from 293 cell lysates. Finally, the bioinformatics analysis identified more than 500 nuclear RBPs that contained several SH3 domain-interacting proline motifs and could bind ITSN1/2. Conclusions. ITSN1 and ITSN2 SH3 domains bind nuclear RBPs SAM68, LARP6, and WBP11 in vitro, form complexes with SAM68 and LARP6 in 293 cells, and potentially could interact with other nuclear RBPs containing SH3 domain-interacting motifs.; Мета. Виявити нових партнерів ITSN1 і ITSN2 з-поміж РНК-зв'язуючих білків (RBP), що беруть участь в регуляції процесингу мРНК. Методи. Взаємодії були проаналізовано з використанням GST pull-down assay та імунопреципітації, тоді як біоінформатичний аналіз було використано для ідентифікації інших RBP, які могли б взаємодіяти із білками ITSN1 та ITSN2. Результати. Було показано, що SH3 домени білків ITSN1 та ITSN2 взаємодіють з ядерними RBP SAM68, WBP11 і LARP6. Крім того, було виявлено, що ITSN1 та ITSN2 копреципітувались із SAM68 і LARP6 із лізатів клітин лінії 293. Біоінформатичний аналіз показав, що існує більше 500 ядерних RBP, які містять кілька пролінових мотивів, що можуть взаємодіяти із SH3 доменами білків ITSN1/2. Висновки. SH3 домени білків ITSN1 і ITSN2 взаємодіють із ядерними RBP SAM68, LARP6 і WBP11 in vitro, утворюють комплекси із SAM68 і LARP6 в клітинах лінії 293 і потенційно можуть взаємодіяти з іншими ядерними RBP, що містять мотиви, які зв’язуються із SH3 доменами.; Цель. Найти новых партнеров ITSN1 и ITSN2 среди РНК-связывающих белков (RBP), участвующих в регуляции процессинга мРНК. Методы. Взаимодействия были проанализированы с использованием GST pull-down assay и иммунопреципитации, тогда как биоинформатический анализ был проведен для идентификации других RBP, которые могли бы взаимодействовать с белками ITSN1 и ITSN2. Результаты. Было показано, что SH3 домены белков ITSN1 и ITSN2 взаимодействуют с ядерными RBP SAM68, WBP11 и LARP6. Кроме того, было обнаружено, что ITSN1 и ITSN2 копреципитировались с SAM68 и LARP6 из лизатов клеток линии 293. Биоинформатический анализ показал, что существует более 500 ядерных RBP, содержащие несколько пролиновых мотивов, которые могут взаимодействовать с SH3 доменами белков ITSN1/2 в ядре клетки. Выводы. SH3 домены белков ITSN1 и ITSN2 взаимодействуют с ядерными RBP SAM68, LARP6 и WBP11 in vitro, образуют комплексы с SAM68 и LARP6 в клетках линии 293 и потенциально могут взаимодействовать с другими ядерными RBP, содержащими мотивы, которые связываются с SH3 доменами. Tue, 01 Jan 2019 00:00:00 GMT http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/154397 2019-01-01T00:00:00Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/154396 Identification of a novel S6K1 splice variant coding for the p60-S6K1 isoform Zaiets, I.V.; Holiar, V.V.; Filonenko, V.V. Aim. To identify a splicing mRNA of S6K1 kinase specific for the p60-S6K1 isoform alone. Methods. RT-PCR, DNA sequencing, Western blotting. Results. RT-PCR analysis of total RNA extracted from MCF-7 cells and subsequent DNA sequencing revealed a novel S6K1 splice variant that possesses additional exon 1a and encodes the p60 isoform of S6K1 only. Moreover, RT-PCR and western blotting were applied to estimate the expression levels of the p60-S6K1 mRNA and protein. A heterogeneous expression of the p60-S6K1 transcript was observed; it did not correlate with the total S6K1 mRNA expression and with the protein content of p60-S6K1 in the studied cell lines. Conclusions. We provide the evidence for the existence of a novel S6K1 splice variant coding for the p60-S6K1 isoform. The cell can employ two distinct pathways of the p60-S6K1 expression based on alternative translation of mRNA common for the main S6K1 isoforms mRNA and/or translation of the novel p60-S6K1 specific mRNA. Since the levels of the p60-S6K1 transcript expression do not correlate with the expression of total S6K1 mRNA, it is plausible that the p60-S6K1 isoform plays a role distinct from that of other isoforms in cellular physiology, as well as in the development of S6K1-related pathologies.; Мета. З'ясувати можливість існування сплайсової мРНК кінази S6К1 специфічної виключно для р60-S6К1 ізоформи. Методи. ЗТ-ПЛР, ДНК секвенування, Вестерн-блоттинг. Результати. ЗТ-ПЛР аналіз тотальної РНК, виділеної із клітин лінії MCF-7, з наступним секвенуванням ДНК виявив новий сплайсовий варіант мРНК S6K1, що містить додатковий екзон 1а і кодує лише p60 ізоформу S6K1. Для оцінки рівня експресії p60-S6K1 мРНК та білку було застосовано ЗТ-ПЛР та вестерн-блот. Результати. вказують на гетерогенну експресію транскрипту p60-S6K1, що не корелює ні з експресією загальної S6K1 мРНК, ні з білковим вмістом p60-S6K1 у досліджуваних клітинних лініях. Висновки. Надано докази існування нової сплайсової мРНК S6K1, яка кодує ізоформу p60-S6K1, що свідчить про існування в клітині двох незалежних шляхів експресії p60-S6K1, а саме альтернативну трансляцію спільної для головних S6K1 ізоформ мРНК та/чи трансляцію нової специфічної лише для р60-S6K1 сплайсової мРНК. Оскільки рівень експресії p60-S6K1 транскрипту в різних клітинних лініях не корелює із експресією загальної мРНК S6K1, цілком можливо, що p60-S6K1 ізоформа може відігравати відмінну від інших S6K1 ізоформ роль у клітинній фізіології, а також при розвитку патологій, які пов’язані із S6K1.; Цель. Выяснить возможность существования сплайсинговой мРНК киназы S6К1 специфической исключительно для р60-S6К1 изоформы. Методы. ОТ-ПЦР, ДНК секвенирование, Вестерн-блоттинг. Результаты. ОТ-ПЦР анализ тотальной РНК, выделенной из клеток линии MCF-7, с последующим секвенированием ДНК выявил новый сплайсовый вариант S6K1, содержит дополнительный экзон 1а и кодирует только изоформу p60-S6K1. Далее были использованы ОТ-ПЦР и вестерн-блоттинг для оценки уровней p60-S6K1 мРНК и белка. Результаты показали гетерогенную экспрессию транскрипта p60-S6K1, экспрессия которого не коррелировала ни с тотальной S6K1 мРНК, ни с белковым содержанием p60-S6K1 в исследуемых клеточных линиях. Выводы. Предоставлены доказательства существования нового сплайсового варианта S6K1, который кодирует изоформу p60-S6K1, что указывает на существование в клетке двух независимых путей экспрессии p60-S6K1 изоформы, а именно альтернативную трансляцию общей для основных изоформ мРНК и/или трансляцию новой специфичной лишь для p60-S6K1 сплайсовой мРНК. Поскольку уровень экспрессии p60-S6K1 транскрипта в различных клеточных линиях не коррелируют с экспрессией тотальной S6K1 мРНК, можно предположить, что p60-S6K1 изоформа может играть отличную то других S6K1 изоформ роль в клеточной физиологии, а также при развитии патологий, которые связаны с S6K1. Tue, 01 Jan 2019 00:00:00 GMT http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/154396 2019-01-01T00:00:00Z