http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/151269 Tue, 21 Apr 2026 02:16:02 GMT 2026-04-21T02:16:02Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/bitstream/id/449935/ http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/151269 http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/154284 DNA-binding studies of a series of novel water-soluble derivatives of 1,4-dihydropyridine Leonova, E.; Rostoka, E.; Baumane, L.; Borisovs, V.; Smelovs, E.; Bisenieks, I.; Brūvere, I.; Bisenieks, E.; Duburs, G.; Sjakste, N. Aim. to determine DNA interaction modes for a series of 1,4-dihydropyridines with different biological activities synthesized in the Latvian Institute of Or-ganic Synthesis. Methods. Affinity of the compounds to DNA was detected by UV/VIS spec-trometry and re-proofed by means of spectrofluorimetry, EBr extrusion assay, cyclic voltammetry and DNA melting. Radical scavenging was tested by electron paramagnetic resonance spectros-copy, peroxynitrite binding was monitored spectrophotometrically, protection of DNA against hydroxyl radical was determined by gel electrophoresis. Results. In a series of water-soluble monocyclic derivatives of 1,4-dihydropyridine with carboxylate groups in position-4 the different affinity to DNA was determined mainly by substituents in positions 3 and 5. 1,4-DHP with eth-oxycarbonyl groups in positions 3 and 5 (AV-153) manifested high affinity to DNA. Strong ef-fects were observed in the spectra of tricyclic fused derivatives (PP-150-Na and PP-544-NH4). Unlike AV-153, J-4-96 did not extrude EtBr from the complex with DNA, this indicates binding to minor groove. Ability of PP-544-NH4 to intercalate DNA molecule was proved electrochemi-cally and by DNA melting. No correlation between affinity of a 1,4‑DHP to DNA and capabili-ties of the compound to bind peroxynitrite, to scavenge hydroxyl radical or to protect DNA against the above radical were observed. Discussion. DNA-binding activities of 1,4-DHP are evi-dently determined by groups in positions 3 and 5. Tricyclic fused 1,4-DHP derivatives are also good DNA binders. Ability to interact with DNA does not correlate with other effects produced by the compounds.; Мета. Дослідження способу взаємодії з ДНК серії синтезованих в Латвійському університеті органічного синтезу 1,4-ДГП з різною біологічною активністю. Meтоди. Спорідненість речовин до ДНК визначалося спектрофотометрично і було перевірені ще спектрофлуоріметрічно за виштовхуванням бромистого етидія, циклічної вольтамметріі і за плавленням ДНК. Здатність речовин зв'язувати пероксинітрит визначали спектрофотометрично, здатність пов'язувати гідроксильних радикалів - методом електронного парамагнітного резонансу, здатність захищати ДНК від ушкодження цим радикалом - методом електрофорезу. Результати. У серії водорозчинних моноциклических 1,4-ДГП з карбоксилатного групою у позиції 4, різна спорідненість до ДНК визначалося в основному замысниками у позиціях 3 і 5. 1,4-ДГП з етоксікарбонільним групами у позиціях 3 і 5 (AV-153) ефективно зв'язувався з ДНК. Сильні ефекти спостерігали в спектрах з'єднаних трициклічних похідних 1,4-ДГП (PP-150-Na і PP-544-NH4). На відміну від AV-153, J-4-96 витісняють бромистий етидій з комплексу з ДНК, що вказує на зв'язування цього з'єднання з малої борозенкою ДНК. За даними електрохімічних досліджень і кривих плавлення ДНК PP-544-NH4 повинен інтеркалювати в ДНК. Нам не вдалося зв'язати спорідненість до ДНК зі здатністю речовин зв'язувати пероксинітрит, гідроксильний радикал або захищати ДНК від ушкодження цим радикалом. Висновки. Спорідненість 1,4-ДГП до ДНК визначаються замісниками у позиції 3 і 5. Добре зв'язуються з ДНК також трициклічні 1,4-ДГП. Спорідненість 1,4-ДГП до ДНК не корелює з іншими активностями з'єднання; Цель. Исследование образа взаимодействия с ДНК серии синтезированных в Латвийском институте органического синтеза 1,4-ДГП с различной биологической активностью. Meтоды. Сродство веществ к ДНК опредедялось спектрофотометрически и было перепроверено спектрофлуори-метрически, по выталкиванию бромистого этидия, циклической вольтамметрии и по плавлению ДНК. Способ-ность веществ связывать пероксинитрит определяли спектрофотометрически, способность связывать гидроксиль-ный радикалил – методом электронного парамагнитного резонанса, способность защищать ДНК от повреждения этим радикалом – методом электрофореза. Результаты. В серии водорастворимых моноциклических 1,4‑ДГП с карбоксилатной группой в позиции 4, различное сродство к ДНК определялось в основном заместителями в пози-циях 3 и 5. 1,4-ДГП с этоксикарбонильным группами в позициях 3 и 5 (AV-153) эффективно связывался с ДНК. Сильные эффекты наблюдали в спектрах соединенных трициклических производных 1,4-ДГП (PP-150-Na и PP-544-NH4). В отличие от AV-153, J-4-96 не вытеснял бромистый этидий из комплекса с ДНК, что указывает на свя-зывание этого соединения с малой бороздкой ДНК. По данным электрохимических исследований и кривых плав-ления ДНК PP-544-NH4 должен интеркалировать в ДНК. Нам не удалось связать сродство к ДНК со способностью веществ связывать пероксинитрит. гидроксильный радикал или защищать ДНК от повреждения этим радикалом. Обсуждение. Сродство 1,4-ДГП к ДНК определяются заместителями в позицих 3 и 5. Хорошо связываются с ДНК также трициклические 1,4-ДГП. Сродство 1,4-ДГП к ДНК не коррелирует с другими активностями соединения. Mon, 01 Jan 2018 00:00:00 GMT http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/154284 2018-01-01T00:00:00Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/154283 Materials of XII annual Conference of Young Scientists Institute of Molecular Biology and Genetics NAS of Ukraine Mon, 01 Jan 2018 00:00:00 GMT http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/154283 2018-01-01T00:00:00Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/154282 A dual-target strategy for the detection of Chlamydia trachomatis by real-time PCR Vitrenko, Y.A.; Deryabin, O.M. Aim. Polymerase chain reaction (PCR) is a key method for the C. trachomatis diagnostics. The first-generation tests targeting a cryptic plasmid showed quite a high sensitivity; however their value has recently been compromised by the discovery of C. trachomatis strains lacking the target DNA segment (e.g. the “Swedish” variant) and thus escaping the diagnostics. Moreover, there are variants bearing no plasmid at all. We propose the addition of a chromosome gene as a PCR tar-get to back up plasmid-based assays and enhance the overall efficiency of diagnostics. Methods. Two multiplexed PCRs were set up to target C. trachomatis cryptic plasmid and the 16s rRNA gene. The 16s rRNA primers produce PCR signal from a range of Chlamydia species whereas the introduction of a Taqman probe (essential for real-time PCR) scales the assay down to C. tra-chomatis. At the same time, our plasmid PCR is specific to C. trachomatis exclusively. Results. The sensitivity of plasmid and 16s rRNA PCRs reached from one to ten genome-equivalents per reaction (geq/rxn) whereas the efficiency was always about 100%. Multiplexing did not reduce the analytical sensitivity. Addition of DNA prepared from clinical specimens to the reaction mix did not affect PCR with pure C. trachomatis DNA further demonstrating the robustness of this system. The kinetics of the two reactions was compared in 49 DNA samples prepared from C. trachomatis-positive swabs. In 45 of these samples, the reactions showed a good correlation in the threshold cycle of amplification Cq, the main analytical parameter of real-time PCR. Conclusions. The simultaneous detection of chromosomal and plasmid targets in multiplex PCR offers a high sensitivity and is particularly advantageous for specimens where the plasmid might be lost due to DNA degradation or counter-selection after treatment. The dual strategy of PCR presented here could constitute the core of a diagnostic test for both in-house and commercial use.; Мета. Полімеразна ланцюгова реакція (ПЛР) є ключовим методом діагностики C. trachomatis. Мішенню тестів першого покоління є криптична плазміда, що забезпечує досить високу чутливість. Однак придатність цих тестів була поставлена під сумнів після відкриття штамів, в яких був відсутній цільовий сегмент ДНК, і такі варіанти не виявлялись у ПЛР (т.з. «шведські» варіанти). Більш того, існують варіанти, повністю позбавлені плазміди. У цій роботі ми пропонуємо використовувати хромосомний ген в якості додаткової мішені, що дозволить підстрахувати плазмідні ПЛР-тести і може підвисити загальну ефективність діагностики. Методи. Мультиплексна система із двох ПЛР була укладена для одночасної детекції криптичної плазміди і фрагменту гена 16s рРНК. Праймери на 16s рРНК можуть давати сигнал ПЛР при аналізі низки видів Chlamydia. Додання зонду типу Taqman (необхідного для ПЛР у реальному часі) звужує спектр виявлюваних видів до C. trachomatis. В той же час ПЛР з плазміди є специ-фічною виключно до C. trachomatis. Результати. Чутливість ПЛР з плазміди і гену 16s рРНК сягала від 1 до 10 ге-ном-еквівалентів на реакцію, а ефективність ПЛР була близько 100%. Постановка реакцій в мультиплексі не зме-ншувало аналітичну чутливість. Додання реакційної суміші ДНК, приготованої із клінічних зразків, не впливало на ПЛР з чистої ДНК C. trachomatis, що також демонструє надійність системи. Кінетика цих двох реакцій була порів-няна в 49 зразках ДНК із мазків позитивних по C. trachomatis. В 45 із цих зразків реакції показали добру кореляцію порогових циклів ампліфікації Cq – основного аналітичного параметра ПЛР у реальному часі. Висновки. Одночас-на детекція хромосомної та плазмідної мішеней у мультиплексній ПЛР забезпечує високу чутливість і має особли-ві переваги для зразків, де плазміда може бути втрачена в результаті деградації ДНК чи контр-селекції при терапії. Двоцільова стратегія ПЛР, яка представлена в цій роботі, може бути покладена в основу ефективного внутрішньо-лабораторного чи комерційного діагностичного тесту.; Цель. Полимеразная цепная реакция (ПЦР) является ключевым методом диагностики C. trachomatis. Мишенью тестов первого поколения является криптическая плазмида, что обеспечивает достаточно высокую чувствитель-ность. Однако адекватность этих тестов была поставлена под сомнение после открытия штаммов, где отсутствовал целевой сегмент ДНК, и такие варианты не выявлялись в ПЦР (т.н. «шведские» варианты). Более того, существуют варианты, полностью лишенные плазмиды. В этой работе, мы предлагаем использовать хромосомный ген в качес-тве дополнительной мишени, что позволит подстраховать плазмидный ПЦР-тест и может повысить общую эффек-тивность диагностики. Методы. Мультиплексная система из двух ПЦР была составлена для одновременной детек-ции криптической плазмиды и фрагмента гена 16s рРНК. Праймери на 16s рРНК могут давать сигнал ПЦР при анализе ряда видов Chlamydia. Добавление зонда типа Taqman (необходимого для ПЦР в реальном времени) сужа-ет спектр виявляемых видов до C. trachomatis. В то же время, ПЦР с плазмиды обладает специфичностью исклю-чительно к C. trachomatis. Результати. Чувствительность ПЦР с плазмиды и гена 16s рРНК достигала от 1 до 10 геном-еквивалентов на реакцию, а эффективность ПЦР была около 100%. Постановка реакций в мультиплексе не уменшало аналитическую чувствительность. Добавление к реакционнной смеси ДНК, приготовленной из клини-ческих образцов, не влияло на ПЦР с чистой ДНК C. trachomatis, что также демонстрирует надежность системы. Кинетика этих двух реакций была проанализирована в сравнении на 49 образцах ДНК из мазков, позитивных по C. trachomatis. В 45 из этих образцов реакции показали хорошую корреляцию порогових циклов амплификации Cq – основного аналитического параметра ПЦР в реальном времени. Выводы. Одновременная детекция хромосомной и плазмидной мишеней в мультиплексной ПЦР обеспечивает высокую чувствительность и имеет особенное пре-имущество при анализе образцов, где плазмида может быть утрачена в результате деградации ДНК или контр-селекции при терапии. Двух-целевая стратегия ПЦР, представленная в данной работе, может быть положена в ос-нову эффективного внутрилабораторного или коммерческого диагностичного теста. Mon, 01 Jan 2018 00:00:00 GMT http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/154282 2018-01-01T00:00:00Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/154281 Spectrum of mutations in patients with organic acidurias from Ukraine Barvinska, O.I.; Olkhovych, N.V.; Shkurko, T.O.; Gorovenko, N.G. Aim. To identify mutations in patients from Ukraine with glutaric aciduria I, isolated methylmalonic aciduria, and isovaleric aciduria. Methods. Sanger sequencing. Results. We have identified 37.5 % of alleles (3/8) in patients with methylmalonic aciduria, 100 % of alleles (4/4) in patients with isovaleric aciduria, 100 % of alleles (4/4) in patients with glutaric aciduria type I. MUT gene mutations in patients from Ukraine are represented by one known N219Y missense mutation p. and a R326G missense rearrangement. Analysis of the GCDH gene in patients from Ukraine revealed three known missense mutations: R383C, G390R and A421V. Rearrangements in the IVD gene of our patients were represented by two novel mutations: 49dupTGTGGCG, S133C, and one known mutation: R53P. Conclusions. The mutations observed in Ukrainian patients with organic acidurias were mostly represented by rare or new rearrangements. These data could be useful for the development of molecular diagnostics of Ukrainian patients with glutaric aciduria I, isolated methylmalonic aciduria, and isovaleric aciduria; Мета. Визначення спектру мутацій у пацієнтів з України, що страждають на глутарову ацидурію I типу, ізольовану метилмалонову ацидурію та ізовалеріанову ацидурію. Методи. Сиквенування за Сенгером. Результати. Було виявлено 37,5 % мутантних алелей (три зразки з восьми) у пацієнтів з ізольованою метилмалоновою ацирурією, 100 % алелей (чотири з чотирьох) у хворих з ізовалеріановою ацидурією, 100 % алелей (чотири з чотирьох) у пацієнтів з глутаровою ацидурією I типу. Спектр мутацій у гені MUT у пацієнтів в Україні представлений однією відомою місенс мутацією с. N219Y та місенс заміною p. R326G. В результаті аналізу сиквенсу гену GCDH у пацієнтів було виявлено три відомі місенс перебудови p. R383C, p. G390R та p. A421V. Мутації в гені IVD у наших пацієнтів були представлені двома новими перебудовами c. 49dupTGTGGCG, p. S133C і однією відомою місенс заміною p. R53P. Висновки. Отримані результати показали, що спектр мутацій у пацієнтів з органічними ацидуріями в Україні представлений переважно рідкісними або ж новими перебудовами. Ці дані можуть бути корисними для розробки молекулярно-генетичного алгоритму діагностики у хворих з України, що мають глутарову ацидурію І типу, ізольовану метилмалонову ацидурію та ізовалеріанову ацидурію.; Цель. Определение спектра мутаций у пациентов с Украины с глутаровой ацидурией I типа, изолированной метилмалоновой ацидурией и изовалериановой ацидурией. Методы. Сиквенирование за Сэнгером. Результаты. Было выявлено 37,5 % мутантных аллелей (три образца из восьми) у пациентов с изолированной метилмалоновой ацидурией, 100 % аллелей (четыре из четырех) у больных с изовалериановой ацидурией, 100 % аллелей (четыре из четырех) у пациентов с глутаровой ацидурией I типа. Спектр мутаций в гене MUT у пациентов с Украины представлен одной известной миссенс мутацией с. N219Y и миссенс заменой p. R326G. В результате анализа сиквенса гена GCDH пациентов из Украины было обнаружено три известные миссенс перестройки p. R383C, p. G390R и p. A421V. Мутации в гене IVD у наших пациентов были представлены двумя новыми перестройками c. 49dupTGTGGCG, p. S133C и одной известной миссенс заменой p. R53P. Выводы. Полученные результаты показали, что спектр мутаций у пациентов с органическими ацидуриями в Украине представлен в большинстве редкими или новыми перестройками. Эти данные могут быть полезными для разработки молекулярно-генетического алгоритма диагностики у больных с глутаровой ацидурией I типа, изолированной метилмалоновой ацидурией, и изовалериановой ацидурией в Украине. Mon, 01 Jan 2018 00:00:00 GMT http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/154281 2018-01-01T00:00:00Z