http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/151264 Mon, 20 Apr 2026 00:52:51 GMT 2026-04-20T00:52:51Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/bitstream/id/449930/ http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/151264 http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/152986 Chronic diseases in the context of fundamental biology Kordium, V.A. The problem of chronic diseases is analyzed from the perspective of general biology. We develop and substantiate the idea that the chronic diseases are an evolutionary mechanism of cleansing the population and the species of its mutational load. This is achieved by keeping self-restoration systems of a chronically damaged organism in the off-state, unlike in the ‘permissible’ self-restoration triggered by the acute damage. Evolutionary, chronic diseases serve as a somatic marker for the accelerated elimination of their carriers.; З позицій уявлень загальної біології, аналізується проблема хронічних хвороб ( «хроніки»). В рамках такого аналізу формується і обгрунтовується уявлення про те, що хроніка є еволюційно вироблений механізм очищення популяції, виду від мутаційного вантажу. Це досягається виключенням систем самовідновлення в організмі, який довго не відновлюється при впливі на нього природних факторів. Відповідно хроніка в природних умовах перетворюється на маркер прискореної елімінації її носія.; С позиций представлений общей биологии, анализируется проблема хронических болезней («хроники»). В рамках такого анализа формируется и обосновывается представление о том, что хроника представляет собой эволюционно выработанный механизм очистки популяции, вида от мутационного груза. Это достигается выключением систем самовосстановления в организме, который долго не восстанавливается при воздействии на него природных повреждающих факторов. Соответственно хроника в природных условиях превращается в маркер ускоренной элиминации её носителя. Sun, 01 Jan 2017 00:00:00 GMT http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/152986 2017-01-01T00:00:00Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/152985 Hit identification of CK2 inhibitors by virtual screening Protopopov, M.V.; Starosyla, S.A.; Borovykov, O.V.; Sapelkin, V.N.; Bilokin, Y.V.; Bdzhola, V.G.; Yarmoluk, S.M. Aim. To search for new CK2 inhibitors by virtual screening. Methods. Virtual screening of a small organic compounds library was performed by molecular docking using the Autodock 4.2.6 package and pharmacophore screening with the “PharmDeveloper” program. The compound activity was determined by in vitro biochemical tests using γ-P³² ATP. Results. 298 compounds were selected for biochemical testing according to the results of virtual screening. In vitro experiments showed that 18 compounds have inhibitory activity against CK2 with IC₅₀ in the range of 1.4 to 20 μM. The active compounds belonged to 15 chemical classes. Conclusions. A number of effective CK2 inhibitors were found using molecular modeling and biochemical testing methods. LE values of these compounds were higher than 0.3 that makes these compounds excellent candidates for further drug development.; Мета. Пошук нових інгібіторів протеїнкінази СК2. Методи. Віртуальний скринінг бібліотеки низькомолекулярних сполук проводили методами молекулярного докінгу, програмним пакетом Autodock 4.2.6 та фармакофорного моделювання – програмою «PharmDeveloper». Активність інгібіторів визначали у біохімічних тестах in vitro (із використанням γ-P³² ATФ). Результати. За результатами віртуального скринінгу було відібрано 298 сполук для біохімі-чного тестування. Експерименти in vitro показали, що 18 сполук проявляють інгібувальну активність щодо СК2 із IC₅₀ в межах від 1.4 до 20 µМ. Активні сполуки належать до 15 хімічних класів. Висновки. За допомогою методів молекулярного моделювання та біохімічного тестування було знайдено ряд інгібіторів СК2, що мали показник LE вище 0.3 та є перспективними для подальшої оптимізації з метою створення лікарських засобів на їхній основі.; Цель. Поиск новых химических соединений со способностью ингибировать протеинкиназу СК2. Методы. Виртуальный скрининг библиотеки низкомолекулярных органических соединений осуществляли при помощи методов молекулярного докинга программным пакетом Autodock 4.2.6 и фармакофорного моделирования – программой «PharmDeveloper». Активность ингибиторов изучали при помощи биохимических тестов in vitro, используя γ-P³² ATФ). Результаты. По результатам виртуального скрининга было отобрано 298 соединений для in vitro исследования. Биохимическое тестирование показало, что 18 соединений показали способность ингибировать протеинкиназу СК2 в диапазоне значений IC₅₀ от 1.4 до 20 μМ. Активные соединения являются производными от 15 химических классов. Выводы. Используя методы молекулярного моделирования и биохимического тестирования было обнаружено ряд ингибиторов протеинкиназиы СК2, со значением LE выше 0.3, которые являются перспективными для последующей оптимизации с целью разработки на их основе лекарственных средств. Sun, 01 Jan 2017 00:00:00 GMT http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/152985 2017-01-01T00:00:00Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/152984 Screening of spiro-substituted thiopyrano[2,3-d]thiazoles for their cytotoxic action on tumor cells Zelisko, N.I.; Finiuk, N.S.; Shvets, V.M.; Medvid, Yu.O.; Stoika, R.S.; Lesyk, R.B. Aim. To evaluate the in vitro cytotoxicity of novel spiro-substituted thiopyrano[2,3-d]thiazoles towards tumor cells of different tissue origin. Methods. Organic synthesis; spectral methods; MTT test, statistical analysis. Results. In vitro screening of the cytotoxic activity of the 5’-carboxy-7’-aryl-1-aryl-3’,7’-dihydro-2H,2’H,5H-spiro[pyrolidin-3,6’-thiopyrano[2,3-d]thiazol]-2,2’,5-triones and N-(4-chlorophenyl)-2-[1-(4-chlorophenyl)-2,5-dioxopyrrolidin-3-ylidene]-acetamide was performed using various cancer cell lines (Jurkat human acute T-cell leukemia cell line, MCF-7 human breast adenocarcinoma cell line, Skov3 human ovarian carcinoma cells line, SK-Mel-28 human melanoma cells line, and SW-1573 human non-small-cell lung cancer cell line). The tested compounds possessed different cytotoxic action towards the studied tumor cells. Leukemia cells appeared to be more sensitive for the studied derivatives. The cytotoxic effect of the compound 2 towards Jurkat cells was shown to be dose- and time-dependent (3, 6, 24, 48 and 72 h). This compound demonstrated the cytotoxic action towards Jurkat cells as soon as in 6 h after its addition to the cultured cells (IC₅₀ = 66 μM), and its toxicity towards these cells was more prominent after 24 h treatment (IC₅₀= 40 μM). Conclusions. The panel of thiopyrano[2,3-d]thiazole derivatives was synthesized and screened for their cytotoxic activity in vitro towards tumor cells of different tissue origin. The compound 2 was found to be the most active agent with selectivity for the leukemia cells. This compound inhibits growth of the human acute T-cell leukemia cells of Jurkat line (IC₅₀ = 33.5 μM) and possesses relatively low toxicity towards the pseudo-normal mammalian cells.; Мета. Вивчення цитотоксичної активності нових спіро-заміщених похідних тіопірано[2,3-d]тіазолу на пухлинні клітин різного походження. Методи. Органічний синтез; спектральні методи; МТТ тест, статистичний аналіз. Результати. Проведено дослідження іn vitro 5’-карбокси-7’-арил-1-арил-3’,7’-дигідро-2H,2’H,5H-спіро[піролідин-3,6’-тіопірано[2,3-d]тіазол]-2,2’,5-тріонів і N-(4-хлорофеніл)-2-[1-(4-хлорофеніл)-2,5-діоксопіролідин-3-іліден]-ацетаміду щодо різних ліній пухлинних клітин (Т-клітинної лейкемії Jurkat, аденокарциноми молочної залози MCF-7, карциноми яєчника Skov3, меланоми SK-Mel-28, недрібноклітинного раку легені SW-1573). Синтезовані сполуки мають різну цитотоксичну дію щодо використаних ліній пухлинних клітин. Клітини лейкемії виявилися найбільш чутливими до дії цих похідних. Цитотоксичний ефект сполуки 2 щодо Т-клітинної лейкемії Jurkat залежить від дози сполуки і тривалості її дії (3, 6, 24, 48 і 72 год). Сполука 2 володіє цитотоксичною дією на лейкемічні клітини лінії Jurkat вже через 6 год після її додавання до культури цих клітин (IC₅₀ = 66 μМ), а через 24 год її цитотоксичність зростає (IC₅₀ = 40 μМ). Висновки. Проведено скринінг нових спіро-заміщених похідних тіопірано[2,3-d]тіазолу щодо їх цитотоксичної дії на пухлинні клітини іn vitro. Сполука 2 володіє найвищою активністю у лейкемічних Т-клітинах лінії Jurkat (IC₅₀ = 33,5 мкМ), тоді як її токсичність щодо псевдо-нормальних клітин ссавців є відносно низькою.; Цель. Изучение цитотоксической активности новых спиро-замещенных производных тиопирано[2,3-d]тиазола на опухолевые клетки различной этиологии. Методы. Органический синтез; спектральные методы; МТТ тест, статистический анализ. Результаты. Исследовано действие 5’-карбокси-7’-арил-1-арил-3’,7’-дигидро-2H,2’H,5H-спиро[пиролидин-3,6’-тиопирано[2,3-d]тиазол]-2,2’,5-трионов и N-(4-хлорофенил)-2-[1-(4-хлорофенил)-2,5-диоксопиролидин-3-илиден]-ацетамида на опухолевым клеткам (Т-клеточной лейкемии Jurkat, аденокарциномы молочной железы MCF-7, карциномы яичника Skov3, меланомы SK-Mel-28, немелкоклеточного рака легких SW-1573) in vitro. Синтезируемые соединения имеют различное цитотоксическое действие по отношению к используемых линий опухолевых клеток. Клетки лейкемии оказались наиболее чувствительными к этим производным. Цитотоксический эффект соединения 2 относительно Т-клеточной лейкемии Jurkat зависит від дозы соединения і продолжительности ее действия (3, 6, 24, 48 і 72 год). (3, 6, 24, 48 и 72 ч). Соединение 2 обладает цитотоксическим на лейкемические клетки линии Jurkat уже через 6 ч после ее добавления к культуре этих клеток (IC₅₀ = 66 мкМ), а через 24 часа ее цитотоксичность увеличивается (IC₅₀ = 40 мкМ). Выводы. Определено цитотоксического действия новых спиро-замещенных производных тиопирано[2,3-d]тиазола на опухолевые клетки in vitro. Соединение 2 обладает наивысшей активностью на лейкемические Т-клеточные линии Jurkat (IC₅₀ = 33,5 мкМ), в тоже время ее токсичность на псевдо-нормальных клетках млекопитающих была относительно невысокой. Sun, 01 Jan 2017 00:00:00 GMT http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/152984 2017-01-01T00:00:00Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/152982 Surface plasmon resonance investigation of DNA hybridization on a sensor surface using gold nanoparticles modified by specific oligonucleotides Matsishin, M.J.; Kucherov, A.I.; Ushenin, Iu.V.; Lyapin, A.M.; Lopatynskyi, A.M.; Chegel, V.I.; Rachkov, A.E. Aim. To investigate an influence of the oligonucleotide concentration on their immobilization on the surface of gold nanoparticles (AuNPs), and to study interactions between the AuNPs modified by various oligonucleotides and the oligonucleotides immobilized on the chip of the SPR-based DNA-sensor. Methods. Oligonucleotide immobilization on the surface of AuNPs was investigated by fluorescence spectrometry. The interactions of citrate-stabilized AuNPs modified by oligonucleotides with the oligonucleotides immobilized on the chip of the DNA-sensor were studied by the surface plasmon resonance spectrometry. Results. The initial oligonucleotide concentration influences the level of their immobilization on the surface of citrate-stabilized AuNPs: up to 200 nM the dependence was close to linear, and then saturation was observed at ~ 26 molecules per particle or ~ 0.5×10¹³ molecules cm⁻². In contrast, the efficiency of immobilization gradually decreased with an increase in the initial oligonucleotide concentration. Using the SPR-based DNA-sensor, the efficient hybridization between oligonucleotides immobilized on the sensor chip and complementary oligonucleotides of various length (short T2-11m and long T2-18m) immobilized on the surface of AuNPs was demonstrated. In case of AuNPs modified by short oligonucleotides, efficient thermal and chemical regenerations of the bioselective element of the DNA-sensor were achieved. Conclusions. Oligonucleotide immobilization on the surface of AuNPs directly depends on the initial oligonucleotide concentration, whereas the initial oligonucleotide concentration and the efficiency of their immobilization on the surface of AuNPs demonstrate the inverse relationship. The efficient hybridization of the oligonucleotides of various lengths immobilized on AuNPs with the oligonucleotides immobilized on the sensor surface as well as the possibility of thermal or chemical regeneration allow the sensor reuse and a strong amplification of the sensor signal.; Мета. Вивчення впливу концентрації олігонуклеотидів на їх іммобілізацію на поверхні наночастинок золота (AuNPs) та виявлення деяких особливостей взаємодії AuNPs, модифікованих різними олігонуклеотидами, з олігонуклеотидами, іммобілізованими на чипі ДНК-сенсора поверхневого плазмонного резонансу. Методи. Рівень іммобілізації олігонуклеотидів на поверхні AuNPs досліджували флуоресцентною спектрометрією. Взаємодія стабілізованих цитратом AuNPs, модифікованих олігонуклеотидами, з олігонуклеотидами, іммобілізованими на чипі ДНК-сенсора, вивчали за допомогою спектрометрії поверхневого плазмонного резонансу. Результати. При іммобілізації олігонуклеотидів на поверхні стабілізованих цитратом AuNPs початкова концентрація олігонуклеотидів впливає на рівень їх іммобілізації: до 200 нМ залежність була близькою до лінійної, а потім спостерігали наближення до насичення (~26 молекул на одну частинку або ~0,5 × 10¹³ молекул см⁻²). На відміну від цього, ефективність іммобілізації поступово зменшується разом із збільшенням початкової концентрації олігонуклеотидів. Використовуючи ДНК-сенсор поверхневого плазмонного резонансу, продемонстрували ефективну гібридизацію між олігонуклеотидами, іммобілізованими на сенсорному чипі, та комплементарними олігонуклеотидами різної довжини (короткі T2-11m і довгі T2-18m), іммобілізованими на поверхні AuNPs. У випадку AuNPs, модифікованих короткими олігонуклеотидами, були досягнуті ефективні термічна та хімічна регенерація біоселективного елемента ДНК-сенсора. Висновки. Рівень іммобілізації олігонуклеотидів на поверхні AuNPs прямо пропорційно залежить від вихідної концентрації олігонуклеотидів, тоді як вихідна концентрація олігонуклеотидів та ефективність їх ім-мобілізації на поверхні AuNPs демонструють зворотний зв’язок. Ефективна гібридизація олігонуклеотидів різної довжини, іммобілізованих на AuNPs, з олігонуклеотидами, іммобілізованими на поверхні сенсора, а також можливість термічної або хімічної регенерації дозволяють багаторазово використовувати сенсор та досягати величезного підсилення сенсорного сигналу.; Цель. Изучение влияния концентрации олигонуклеотидов на их иммобилизацию на поверхности наночастиц золота (AuNPs) и выявление некоторых особенностей взаимодействия AuNPs, модифицированных различными олигонуклеотидами, с олигонуклеотидами, иммобилизованными на чипе ДНК-сенсора поверхностного плазмонного резонанса. Методы. Уровень иммобилизации олигонуклеотидов на поверхности AuNPs исследовали флуоресцентной спектрометрией. Взаимодействие стабилизированных цитратом AuNPs, модифицированных олигонуклеотидами, с олигонуклеотидами, иммобилизованными на чипе ДНК-сенсора, изучали с помощью спектрометрии поверхностного плазмонного резонанса. Результаты. При иммобилизации олигонуклеотидов на поверхности стабилизированных цитратом AuNPs начальная концентрация олигонуклеотидов влияет на уровень их иммобилизации: до 200 нМ зависимость была близка к линейной, а затем наблюдали приближение к насыщению (~26 молекул на одну частицу или ~0,5 × 10¹³ молекул см⁻²). В отличие от этого, эффективность иммобилизации постепенно уменьшается вместе с увеличением начальной концентрации олигонуклеотидов. Используя ДНК-сенсор поверхностного плазмонного резонанса, продемонстрировали эффективную гибридизацию между олигонуклеотидами, иммобилизованными на сенсорном чипе, и комплементарными олигонуклеотидами различной длины (короткие T2-11m и длинные T2-18m), иммобилизованными на поверхности AuNPs. В случае AuNPs, модифицированных короткими олигонуклеотидами, были достигнуты эффективные термическая и химическая регенерация биоселективного элемента ДНК-сенсора. Выводы. Уровень иммобилизации олигонуклеотидов на поверхности AuNPs пря-мо пропорционально зависит от исходной концентрации олигонуклеотидов, тогда как исходная концентрация оли-гонуклеотидов и эффективность их иммобилизации на поверхности AuNPs демонстрируют противоположную связь. Эффективная гибридизация олигонуклеотидов различной длины, иммобилизованных на AuNPs, с олигонуклеотидами, иммобилизованными на поверхности сенсора, а также возможность термической или химической ре-генерации позволяют многократно использовать сенсор и достигать огромного усиления сенсорного сигнала. Sun, 01 Jan 2017 00:00:00 GMT http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/152982 2017-01-01T00:00:00Z