http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/151232 Tue, 07 Apr 2026 15:36:06 GMT 2026-04-07T15:36:06Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/bitstream/id/449895/ http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/151232 http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/153698 Критерії оцінки результатів мікромасив-експерименту з дослідження транскриптому гепатоцитів щура під впливом інтерферону альфа Куклін, А.В.; Токовенко, Б.Т.; Оболенська, М.Ю. Транскриптом первинних гепатоцитів щура, культивованих з інтерфероном альфа (ІФН) впродовж трьох і шести годин, досліджували із залученням олігонуклеотидних мікромасивів. Мета. Проведення поетапного аналізу результатів мікромасив-експерименту і визначення відповідності або невідповідності критеріїв оцінки результатів загальноприйнятим значенням. Методи. Аналіз здійснювали на файлах, отриманих після сканування мікромасивів Affymetrix, із використанням статистичного середовища R, пакетів функцій Bioconductor «affy», «simpleaffy», «affyPLM» і програми BRB Array Tools із застосуванням парного Т-тесту. Результати. Усі мікромасиви пройшли контроль якості, нормалізовані і порівнянні між собою. За результатом Т-тесту знайдено 28 і 124 диференційно експресованих гени відповідно після трьох і шести годин культивування клітин з ІФН. Висновки. Одержані дані відповідають узвичаєним критеріям якості і придатні для подальшого встановлення їхнього біологічного значення. Використані в роботі R-коди можна застосовувати при обробці результатів мікромасив-експериментів.; Транскриптом первичных гепатоцитов крысы, культивированных с интерферона альфа (ИФН) в течение трех и шести часов, исследовали с привлечением олигонуклеотидных микромассивов. Цель. Поэтапный анализ результатов микромассив-эксперимента и определение соответствия или несоответствия критериев оценки результатов общепринятым значениям. Методы. Анализ осуществляли на файлах, полученных после сканирования микромассивов, с использованием статистической среды R, пакетов функций Bioconductor «affy», «simpleaffy», «affyPLM» и программы BRB Array Tools с применением парного Т-теста. Результаты. Все микромассивы прошли контроль качества, нормализованы и сравнимы между собой. По результатам Т-теста найдены 28 и 124 дифференциально экспрессированых гена соответственно после трех и шести часов культивирования клеток с ИФН. Выводы. Полученные данные отвечают общепринятым критериям качества и пригодны для дальнейшего определения их биологического значения. Использованные в работе R-коды можно применять для обработки результатов микромассив-экспериментов.; The changes induced in transcriptome of rat hepatocytes treated with interferon alpha (IFN) during three and six hours were analyzed by DNA microarray. Aim. To conduct a stepwise analysis of the results of microarray experiment and to determine whether they meet/fail to the conventional requirements. Methods. The files obtained after scanning microarrays were subjected to the analysis in statistical environment R by Bioconductor’s packages «affy», «simpleaffy», «affyPLM» and BRB Array Tools software for paired T-test. Results. All microarrays had quality metrics lying within recommended ranges, passed quality control, were normalized and are comparable with each other. The T-test revealed 28 and 124 differentially expressed genes after three and six hours of cells cultivation with IFNα , respectively. Conclusions. The obtained data meet the conventional criteria of quality and are applicable for further evaluation of their biological significance. The R-codes used in this study can be used for the analysis of the microarrays data. Tue, 01 Jan 2013 00:00:00 GMT http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/153698 2013-01-01T00:00:00Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/153697 Thermodynamic analysis of DNA complexes with methylene blue, ethidium bromide and Hoechst 33258 Vardevanyan, P.O.; Antonyan, A.P.; Hambardzumyan, L.A.; Shahinyan, M.A.; Karapetian, A.T. Aim. To investigate the thermodynamic characteristics of complexes of calf thymus double-stranded DNA with methylene blue (MB), ethidium bromide (EtBr) and Hoechst 33258 (H33258). Methods. The binding of MB with double-stranded DNA was observed by UV-melting method. Results. Several types of MB binding to DNA-intercalating, semi-intercalating and electrostatic with DNA phosphate backbone, have been revealed at low concentrations of Na+ (2 mM). At high concentrations of cations and low ratios of rb = [ligand]/[DNA] ( 0.05), the molecules of ligand semi-intercalate into the space between adjacent bases. At higher concentrations of ligand the main mode becomes electrostatic binding of MB to DNA phosphate groups. Conclusions. The comparison of thermodynamic characteristics of DNA-MB complexes with those of EtBr and H33258 indicates that there is more than one mode of binding ligands to DNA: besides nonspecific, external electrostatic binding with phosphate groups, intercalation and semi-intercalation modes of interaction coexist.; Мета. Дослідити термодинамічні характеристики комплексів дволанцюгової ДНК тимусу теляти з метиленовим синім (МС), бромистим етидієм (БЕ) і Hoechst 33258 (H33258). Методи. Зв’язування МС з дволанцюговою ДНК вивчали методом УФ-плавлення. Результати. Визначено декілька типів зв’язування МС з ДНК: iинтеркаляцiйний, напiвiнтеркаляцiйний і електростатичний з фосфатним остовом ДНК за низьких концентрацій Na+ (2 мМ). За великих концентрацій катіонів і низьких співвідношеннях rb = [ліганд]/[ДНК] ( 0,05) молекули ліганда напівiнтеркалюють у простір між сусідніми основами. За вищих концентрацій ліганда переважаючим способом є електростатичне зв’язування МС з фосфатними групами ДНК. Висновки. Порівняння термодинамічних параметрів комплексів ДНК–МС з такими для БЕ і H33258 виявило більш ніж один спосiб зв’язування лігандів з ДНК. Встановлено, що, окрім неспецифічного, зовнішнього електростатичного зв’язування з фосфатними групами, існують iнтеркаляцiйний і напiвiинтеркаляцiйний типи взаємодії.; Цель. Изучить термодинамические характеристики комплексов двухцепочечной ДНК тимуса теленка с метиленовым синим (МС), бромистым этидием (БЭ) и Hoechst 33258 (H33258). Методы. Связывание МС с двухцепочечной ДНК исследовали методом УФ- плавления. Результаты. Обнаружено несколько типов связывания МС с ДНК: интеркаляционный, полуинтеркаляционный и электростатический с фосфатным остовом ДНК при низких концентрациях Na+ (2 мМ). При больших концентрациях катионов и низких соотношениях rb = [лиганд]/[ДНК] ( 0,05) молекулы лиганда полуинтеркалируют в пространство между соседними основаниями. При более высоких концентрациях лиганда основным способом становится электростатическое связывание МС с фосфатными группами ДНК. Выводы. Сравнение термодинамических параметров комплексов ДНК–МС с таковыми для БЭ и H33258 указывает на наличие более чем одного способа связывания лигандов с ДНК. Установлено, что, кроме неспецифического, внешнего электростатического связывания с фосфатными группами, существуют интеркаляционный и полуинтеркаляционный типы взаимодействия. Tue, 01 Jan 2013 00:00:00 GMT http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/153697 2013-01-01T00:00:00Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/153676 Lepidine Orange derivative as a new dye for sensitive fluorescent detection of DNA Didan, Yu.V.; Kryvorotenko, D.V.; Negrutska, V.V.; Dubey, I.Ya. Aim. To study new cyanine dye LO-7 as a reagent for dsDNA visualization in electrophoretic gels. Methods. Gel electrophoresis, restriction, fluorescence detection, mobility shift assay. Results. LO-7 binds to DNA to form stable highly fluorescent complexes. As little as 80 pg DNA can be detected in LO-7-stained agarose gel using a laser scanner, and 0.3 ng with UV-transilluminator. This sensitivity is several times higher than can be achieved with ethidium bromide, and close to that of SYBR Green I. Conclusions. LO-7 belongs to the most efficient stains for dsDNA visualization and thus can be used in bioanalytical applications where high sensitivity is required.; Мета. Дослідження нового ціанінового барвника LO-7 як реагента при візуалізації дволанцюгової ДНК в електрофоретичних гелях. Методи. Гель-електрофорез, рестрикція, флуоресцентна детекція, mobility shift (зміна електрофоретичної рухливості). Результати. LO-7 зв’язується з ДНК, утворюючи стійкі високофлуоресцентні комплекси. У пофарбованих ним агарозних гелях можна визначати ~ 80 пг ДНК за допомогою лазерного сканера і 0,3 нг – за використання УФ-трансілюмінатора. Подібна чутливість у кілька разів вища, ніж у бромистого етидію, і близька до такої для SYBR Green I. Висновки. LO-7 належить до найефективіших барвників для візуалізації дволанцюгової ДНК і може застосовуватись при вирішенні біоаналітичних завдань, де необхідна висока чутливість.; Цель. Изучение нового цианинового красителя LO-7 как реагента при визуализации двухцепочечной ДНК в электрофоретических гелях. Методы. Гель-электрофорез, рестрикция, флуоресцентная детекция, mobility shift (изменение электро- форетической подвижности). Результаты. LO-7 связывается с ДНК, образуя устойчивые высокофлуоресцентные комплексы. В окрашенных им агарозных гелях можно определить ~ 80 пг ДНК при помощи лазерного сканера и 0,3 нг – при использовании УФ-трансиллюминатора. Подобная чувствительность в несколько раз выше, чем у бромистого этидия, и близка к таковой для SYBR Green I. Выводы. LO-7 принадлежит к наиболее эффективным красителям для визуализации двухцепочечной ДНК и может применяться для решения биоаналитических задач, где необходима высокая чувствительность. Tue, 01 Jan 2013 00:00:00 GMT http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/153676 2013-01-01T00:00:00Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/153675 EPHA1 gene SNPs analysis in population of Ukraine Gulkovskyi, R.V.; Chernushyn, S.Y.; Kravchenko, S.A.; Bychkova, G.M.; Livshits, L.A. Aim. Analysis the EPHA1 gene G1475A and G1891A alleles distribution in the population of Ukraine, and to study the protein secondary structure as the first step in the investigation of EPHA1 gene involvement in intellectual disability pathogenesis. Methods. Observation group consisted of 300 individuals, including 164 (54.6 %) male and 136 (45.3 %) female individuals. Polymorphic variants were detected using PCR followed by Kpn1 RFLP analysis for G1475A and ARMS PCR analysis for G1891A. Results. The data concerning EPHA1 genotypes and allelic variants distribution were obtained. The low frequency of 1475A allele (0,012) and the absence of 1891A allele (not previously described) were revealed in the population of Ukrainian. Conclusions. Assays for the detection of EPHA1 gene G1475A and G1891A SNPs based on ARMS and restriction analysis were developed and the preliminary data on distribution of G1475A and G1891A polymorphisms in the population of Ukraine were obtained.; Мета. Аналіз розподілу алельних варіантів поліморфізмів G1475A і G1891A гена EPHA1 у популяції України та вивчення вторинної структури білка як перший етап визначення ролі гена EPHA1 у патогенезі інтелектуальної недієздатності. Методи. Алельні варіанти SNP для G1475A і G1891A досліджували методами ПЛР- ПДРФ та алель-специфічної ПЛР відповідно. Результати. Отримано дані стосовно розподілу генотипів і алельних варіантів гена EPHA1. Виявлено низьку частоту алеля 1475A (0,012) та відсутність алеля 1891A в популяції України. Висновки. Створено методики детекції замін G1475A і G1891A в гені EPHA1 та проведено попередні дослідження розподілу поліморфізмів G1475A і G1891A у популяції Україні.; Цель. Анализ распределения аллельных вариантов полиморфизмов G1475A и G1891A гена EPHA1 в популяции Украины и изучение вторичной структуры белка как первый этап определения роли гена EPHA1 в патогенезе интеллектуальной недееспособности. Методы. Аллельные варианты SNP для G1475A и G1891A исследовали методами ПЦР-ПДРФ и аллель-специфической ПЦР соотетственно. Результаты. Получены данные относительно распределения генотипов и аллельных вариантов гена EPHA1. Выявлена низкая частота аллеля 1475A (0,012) и отсутствие аллеля 1891A в популяции Украины. Выводы. Созданы методики обнаружения замен G1475A и G1891A в гене EPHA1 и проведены предварительные исследования распределения полиморфизмов G1475A и G1891A в популяции Украины. Tue, 01 Jan 2013 00:00:00 GMT http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/153675 2013-01-01T00:00:00Z