Біополімери і клітина, 2007, № 4

Исследование структурно-функциональных взаимодействий полиэдрина вируса ядерного полиэдроза тутового шелкопряда (Bombyx mori) с протеазой и РНК полиэдров. 3. Полиэдры включают малую РНК

Mon, 01 Jan 2007 00:00:00 GMT

Исследование структурно-функциональных взаимодействий полиэдрина вируса ядерного полиэдроза тутового шелкопряда (Bombyx mori) с протеазой и РНК полиэдров. 3. Полиэдры включают малую РНК Козлов, Э.А.; Вудмаска, М.И.; Бобровская, М.Т.; Ширина, Т.В. Показано, что полиэдры вируса ядерного полиэдроза B. mori содержат РНК с молекулярной массой 17– 18 кДа (50–60 нуклеотидов). Эта РНК, вероятно, принадлежит к классу малых РНК. Oбсуждается ее происхождение .; It was shown that polyhedras of Bombyx mori Nuclear Polyhedrosis Virus contain RNA with molecular weight of 17-18 kDa (50-60 nucleotides). This RNA is likely to belong to the minor RNA class and its origin is discussed.; Показано, що поліедри вирусу ядерного поліедрозу B. mori містять РНК з молекулярною масою 17–18 кДа (50–60 нуклеотидів). Ця, РНК, імовірно, належить до класу малих РНК. Обговорюється її походження.

Materials of conference of IMBG young scientists dedicated to the 185th anniversary of Gregor Mendel

Mon, 01 Jan 2007 00:00:00 GMT

Materials of conference of IMBG young scientists dedicated to the 185th anniversary of Gregor Mendel

In silico approach to study and functionally analyze interferon regulated genes

Mon, 01 Jan 2007 00:00:00 GMT

In silico approach to study and functionally analyze interferon regulated genes Tokovenko, B.T.; El'skaya, A.V.; Obolenskaya, M.Yu. Finding genes which have biologically meaningful ISRE (interferon-stimulated response element) is important for better understanding of the Jak-STAT activated cellular IFN response. We used transcription factor binding site (TFBS) search with gene orthology filtering to find putative ISREs in the promoters of protein-coding genes of Rattus norvegicus, and used Gene Ontology (GO) analysis to check the validity of ISRE search results in terms of biological meaning. A total of 23286 promoters of rat genes were analyzed. ISRE search with 80 % threshold produced 5214 sites in 4571 promoters. 850 ISREs in 768 promoters passed orthology filtering. Distribution of ISREs along the promoter in 768-gene set reveals 3 regions of ISRE localization: 0 to –250, –250 to –550, and above –550 relative to TSS (transcription start site). It is not yet known whether ISRE localization has any functional implications. Using BayGO, a total of 84 GO terms were found to be enriched at P < 0.05 in the 768-gene set. Among these categories some are directly related to known IFN actions (positive regulation of B cell differentiation, humoral immune response, response to virus, cell differentiation etc.). 768 gene set was compared to the 4571 gene set using GO Tree Machine. Such categories as cell differentiation, cell cycle, regulation of cell cycle, viral life cycle and some others were found to be enriched, and belong to the well-known domains of interferon actions. Their relative enrichment is an indirect indication that the applied orthology filtering does increase the quality of results. Gene orthology-based filtering of the initial TFBS search results was shown to produce viable and expected results. Genes identified in this research as containing ISRE in promoters will be used to seed the construction of the IFN-a-induced gene regulatory network.; Пошук генів, які містять у промоторі біологічно значущий сайт ISRE (interferon-stimulated response element), необхідний для вдосконалення сучасних уявлень про опосередковану Jak-STAT стимуляцію клітин інтерфероном. Для виявлення імовірних ISRE у промоторах кодуючих білок генів Rattus norvegicus використано метод пошуку сайтів зв’язування із додатковим відбором результатів за наявнiстю сайта в промоторах мишачих генів-ортологів. Придатність методу пошуку ISRE з точки зору біологічної значущості перевіряли за допомогою функціонального аналізу виявлених генів з використанням GO (Gene Ontology). Проаналізовано 23286 промоторів генів щура. Пошук ISRE з порогом подібності 80 % виявив 5214 сайтів у 4571 промоторі. Після відбору за ортологією отримано 850 елементів ISRE у 768 промоторах. У розташуванні знайдених ISRE можна виділити три основні ділянки: від 0 до –250, від –250 до –550 та вище за –550-ту позицію відносно точки початку транскрипції. Поки незрозуміло, чи пов’язані між собою розташування ISRE та його функції. Використовуючи BayGO, у групі із 768 генів виявлено 84 відносно збагачені категорії GO з Р < 0,05. Деякі з цих категорій належать до відомих ефектів інтерферону (позитивна регуляція диференціації B-клітин, гуморальна імунна відповідь, відповідь на вірус, клітинна диференціація тощо). За допомогою GO Tree Machine порівняно функціональні категорії в групах із 768 та 4571 гена. Такі функціональні категорії, як клітинна диференціація, клітинний цикл, регуляція клітинного циклу, вірусний життєвий цикл та деякі інші, належать до відомих мішеней інтерферону. Їхнє відносне збагачення після відбору за ортологією є непрямим доказом того, що застосування зазначеного підходу дає змогу підвищити якість результатів. У цілому пошук сайта зв’язування із наступним відбором за ортологією дозволив отримати значущі та очікувані результати. Гени, у промоторах яких знайдено ділянку ISRE, стануть підгрунтям для створення мережі генної регуляції, стимульованої інтерфероном.; Поиск генов, содержащих в промоторе биологически значимый сайт ISRE (interferon-stimulated response element), является важной частью дальнейшего изучения опосредованной Jak-STAT стимуляции клеток интерфероном. Для определения вероятных ISRE в промоторах кодирующих белок генов Rattus norvegicus мы использовали метод поиска сайтов связывания с дополнительным отбором результатов по признаку наличия сайта в промоторе мышиных генов-ортологов. Пригодность метода поиска ISRE с точки зрения биологического значения проверяли с помощью функционального анализа найденных генов с использованием онтологии генов (GO, Gene Ontology). При анализе 23286 промоторов генов крысы с порогом сходства с матрицей ISRE 80 % выявлены 5214 сайтов в 4571 промоторе. Отбор по ортологии прошли 850 ISRE в 768 промоторах. В расположении обнаруженных элементов ISRE можно выделить три основных участка: от 0 до –250, от –250 до –550 и выше –550 относительно точки начала транскрипции. Пока не понятно, есть ли связь между расположением ISRE и его функцией. Используя BayGO, в группе из 768 генов вычислены 84 обогащенные категории GO при Р < 0,05. Некоторые из этих категорий непосредственно связаны с известными эффектами интерферона (позитивная регуляция дифференциации B-клеток, гуморальный иммунный ответ, ответ на вирус, клеточная дифференциация и др.). При помощи GO Tree Machine мы сравнили функциональные категории в группах из 768 и 4571 гена. Такие функциональные категории, как клеточная дифференциация, клеточный цикл, регуляция клеточного цикла, жизненный цикл вирусов и некоторые другие, принадлежат к известным мишеням интерферона. Их относительное обогащение после отбора по признаку ортологии является косвенным доказательством того, что применение отбора по ортологии позволяет улучшить качество полученных результатов. В целом поиск сайта связывания с последующим отбором по признаку ортологии позволил получить значимые и ожидаемые результаты. Гены, в промоторах которых найден сайт ISRE, будут использованы для для создания сети генной регуляции, стимулируемой интерфероном.

Характеристика генів зі зниженою експресією у гліомах людини – потенційних пухлиносупресорних генів

Mon, 01 Jan 2007 00:00:00 GMT

Характеристика генів зі зниженою експресією у гліомах людини – потенційних пухлиносупресорних генів Дмитренко, В.В.; Бойко, О.І.; Шостак, К.О.; Вітак, Н.Я.; Букрєєва, Т.В.; Розуменко, В.Д.; Шамаєв, М.І.; Зозуля, Ю.П.; Кавсан, В.М. У результаті порівняння профілів експресії генів у нормальному головному мозку і гліобластомі з використанням бази даних серійногo аналізу генної експресії (Serial Analysis of Gene Expression, SAGE) виявлено 129 генів з більш ніж п’ятиразовою зміною рівня експресії (P 0,05) у гліобластомі, з яких 85 генів – зі зниженою експресією. У дифузній та анапластичній астроцитомах кількість генів із зниженою в п’ять разів експресією менша. Лише для дев’яти генів п’ятиразове зниження експресії відбувається в дифузних астроцитомах і виявляється приблизно на такому ж рівні в анапластичних астроцитомах і в гліобластомах. Для переважної більшості інактивованих генів рівень експресії знижується в дифузних астроцитомах і послідовно зменшується на подальших стадіях злоякісної прогресії астроцитом, причому в гліобластомах – найзлоякіснішому прояві гліальних пухлин – експресія деяких генів дуже низька або зовсім відсутня. Нозерн-гібридизація і ЗТ-ПЛР (зворотна транскрипція–полімеразна ланцюгова реакція) підтвердили знижену експресію в гліобластомах довільно відібраних генів. Деякі описані в цій роботі гени можуть кодувати пухлинні супресори і їхня зниженa експресія, очевидно, відіграє важливу роль в ініціації і прогресії гліом людини.; Comparison of gene expression profiles in human normal brain and glioblastoma using SAGE database revealed 129 genes with 5-fold difference of expression level in glioblastoma (P?0.05), 85 of them were down-regulated. The number of genes with 5-fold down-regulated expression is lower in the diffuse and anaplastic astrocytomas. Five-fold decrease in the expression in the diffuse astrocytoma and nearly the same expression levels in the anaplastic astrocytoma and glioblastoma were revealed for 9 genes only. For overwhelming majority of inactivated genes in the low-grade astrocytoma the expression decreased progressively in the subsequent stages of malignant progression of astrocytoma, expression levels of some genes were very low or undetectable in glioblastoma, the most aggressive brain tumor. The decreased expression of selected genes in glioblastoma was confirmed by Northern analysis and RT-PCR. Some genes, described in this work, may encode the tumor suppressors and their decreased expression may play an important role in initiation and progression of human glioma.; В результате сравнения профилей экспрессии генов в нормальном головном мозге и глиобластоме с использованием базы данных серийногo анализа генной экспрессии (Serial Analysis of Gene Expression, SAGE) выявлены 129 генов с более чем пятикратным изменением уровня экспрессии (P 0,05) в глиобластоме, из которых 85 генов – со сниженной экспрессией. В диффузной и анапластичной астроцитомах количество генов со сниженной в пять раз экспрессией меньше. Лишь для девяти генов пятикратное снижение экспрессии происходит в диффузных астроцитомах и выявляется приблизительно на таком же уровне в анапластичных астроцитомах и в глиобластомах. Для подавляющего большинства инактивированных генов уровень экспрессии снижается в диффузных астроцитомах и последовательно уменьшается на дальнейших стадиях злокачественной прогрессии астроцитом, причем в глиобластомах – наиболее злокачественных проявлениях глиальных опухолей – экспрессия отдельных генов очень низкая или совсем отсутствует. Нозерн-гибридизация и ОТ-ПЦР (обратная транскрипция–полимеразная цепная реакция) подтвердили сниженную экспрессию в глиобластомах произвольно отобранных генов. Некоторые гены, описанные в этой работе, могут кодировать опухолевые супрессоры и их сниженнaя экспрессия, очевидно, играет важную роль в инициации и прогрессии глиом человека.