http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/151129 Tue, 07 Apr 2026 06:07:01 GMT 2026-04-07T06:07:01Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/bitstream/id/449705/ http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/151129 http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/156913 Геном эукариотов: на пути прочтения от альфы до омеги Черепенко, Е.И.; Говорун, Д.Н. Рецензия на книгу Т. Ю. Колотовой, Б. Т. Стегния, И. Ю. Кучмы Н. В, Дубининой, А. Н. Головко, Ю. Б. Чайковского и Ю. Л. Волянского «Механизмы и контроль перестроек генома эукариот» (Харьков: «Коллегиум», 2004.—263 с.); Рецензія на книгу Т. Ю. Колотова, Б. Т. Стегнія, І. Ю. Кучми Н. В, Дубініною, А. Н. Головко, Ю. Б. Чайковського і Ю. Л. Волянського «Механізми і контроль перебудов геному еукаріот» (Харків:. «Колегіум», 2004.-263 с); Review of the book: “Mechanisms and control of eukaryotic genome rearrangements” written by T. U. Kolotova, B. T. Stegnii, I. U. Kouchma, N. V. Dubinina, A. N. Golovko, U. B. Chaikovski and U. L. Volyanski, Kharkov, Collegium Press, 2004, 263 p. Mon, 01 Jan 2007 00:00:00 GMT http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/156913 2007-01-01T00:00:00Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/156912 Филогенетический анализ структурных предпосылок аутогенного контроля экспрессии генов rplJL оперона на уровне трансляции представителей γ-протеобактерий Крупская, И.В.; Патон, Є.Б. Проведен филогенетический анализ структурных предпосылок аутогенной регуляции экспресии генов rpUL оперона у представителей γ-протеобактерий на уровне трансляции. Исследованы структурные предпосылки взаимодействия рибосомного белка L10 с мРНК. Показано, что у представителей γ-протеобактерий аутогенный контроль экспресии генов L10 белка осуществляется по тому же механизму, что и у Escherichia coli, за исключением эндосимбионтов.; Здійснено філогенетичний аналіз структурних передумов аутогенної регуляції експресії генів rpUL оперона у представників γ-протеобактерій на рівні трансляції Досліджено структурні передумови взаємодії рибосомного білка L10 з мРНК. Доведено, що у представників γ-протеобактерій аутогенний контроль експресії генів L10 білка відбувається за тим самим механізмом, що й у Escherichia coli, за виключенням ендосимбіонтів.; Phylogenetic analysis of structural preconditions of autogenous control regulation of gene expression of rplJL operon at the translation level in γ-proteobacteria has been performed. The structural preconditions of both L10 ribosomal protein and its RNA targets, which determine the possibility and the specificity of L10-RNA interaction have been studied. Phylogenetic comparison provides evidence for similarity of structural preconditions of the feedback regulation mechanism inγ-proteobacteria and Escherichia coli, except for the endosimbionts. Mon, 01 Jan 2007 00:00:00 GMT http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/156912 2007-01-01T00:00:00Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/156911 Повний конформаційний аналіз дезоксиаденозину квантово-хімічним методом функціоналу густини Жураківський, Р.О.; Говорун, Д.М. Вперше квантово-хімічним методом функціоналу густини на рівні теорії MP2/6-311++G(d, p)//DFT B3LYP/6-31G(d, p) проведено повний конформаційний аналіз 2'-дезоксиаденозину. Пред­ставлено основні геометричні, енергетичні та полярні характеристики усіх його 88 стійких конформерів, а також основні конформаційні рівноваги за нормальних умов; Впервые квантово-химическим методом функционала плотно­сти на уровне теории MP2/6-311++G(d, p)//DFT B3LYP/6-31G(d, p) проведен полный конформационный анализ 2'-дезоксиаденозина. Представлены основные геометрические, энерге­тические и полярные характеристики всех его 88 устойчивых конформеров, а также основные конформационные равновесия при нормальных условиях; For the first time the comprehensive conformational analysis of 2'-deoxyadenosine is performed by means of the quantum-chemical density functional method on MP2/6-311++G(d, p)//DFT B3LYP/6-31G(d, p) theory level. Main geometric, energetic, and polar characteristics for all of its 88 stable conformers as well as conformational equilibrium at normal conditions are presented. Mon, 01 Jan 2007 00:00:00 GMT http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/156911 2007-01-01T00:00:00Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/156910 Неэмпирическое квантово-химическое исследование различных структурных форм алкалоида берберина Данилов, В.И.; Дайлидонис, В.У.; Говорун, Д.Н.; Заика, Д.Н.; Курита, Н.; Потопальский, А.И.; Харченко, В.М. Представлены результаты неэмпирического квантово-химического исследования энергетических и структурных свойств всех возможных форм алкалоида берберина (катиона и трех таутомеров), обладающих большим разнообразием биологической и фармакологической активности. Катион берберина изучен методом DFT с обменно-корреляционными (комбинированными) (PW91, BLYP PBEPW91) и гибридными (B3LYP, B3PW91) функционалами, а также более современным методом MP2, учитывающим коррекцию электронов. Молекулярные орбитали представлены атомными базисными системами 6-31G(d, p) и 6-311G(d, p). Аммониевая, карбинольная (псевдооснование) и аминоальдегидная формы рассчитаны методом DFT на уровне теории B3LYP/6-31G(d, p). Обнаружено, что полная оптимизация геометрии независимо от уровня используемой теории приводит к неплоской пропеллер-закрученной и изогнутой пространственной структуре всех форм берберина. Вычисленные значения длин и углов связей находятся в хорошем согласии с экспериментальными рентгеноструктурными данными. Выяснено, что в газовой фазе карбинольная форма является наиболее предпочтительным таутомером, тогда как аминоальдегидная – менее стабильна (на 12,65 ккал/моль). Самым нестабильным таутомером оказалась аммониевая форма – она на 10,65 ккал/моль менее выгодна, чем аминоальдегидный таутомер.; Представлено результати неемпiричного квантово-хiмiчного дослiдження енергетичних i структурних властивостей усiх можливих форм алкалоїду берберину (катiона i трьох таутомерiв) з великим рiзноманiттям біологічної i фармакологiчно ї активностi. Катiон берберину вивчено методом DFT з обмiнно-кореляцiйними (комбiнованими) (PW91, BLYP PBEPW91) та гiбридними (B3LYP, B3PW91) функцiоналами, а також бiльш сучасним методом MP2, який врахову є корекцiю електронiв. Молекулярнi орбiталi представлено атомними базисними системами 6-31G(d, p) i 6-311G(d, p). Амонi єва, карбiнольна (псевдооснова) i амiноальдегiдна форми розраховано методом DFT на рiвнi теорi ї B3LYP/6-31G(d, p). Виявлено, що повна оптимiзацiя геометрi ї на рiзних рiвнях теорi ї призводить до неплоско ї пропелер-закручено ї i вигнуто ї просторово ї структури берберинових форм. Обчисленi величини довжин зв'язкiв i кутiв мiж ними узгоджуються з експериментальними рентгеноструктурними даними. З'ясовано, що карбiнольна форма є найвигiднiшим таутомером у газовiй фазi, а амiноальдегiдна — менш стабiльна (на 12,65 ккал/моль). Найнестабiльнiшим таутомером виявилася амонi єва форма, яка на 10,65 ккал/мiль менш вигiдна, нiж амiноальдегiдний таутомер.; The results of the extensive theoretical study on the energy and structural properties of all possible alkaloid berberine forms (berberine cation and three tautomeric forms of berberine), displaying a great variety of biological and pharmacological activities, are presented. The DFT method with exchange-correlation (combined) functionals (PW91, BLYP, PBEPW91) and hybrid functionals (B3LYP, B3PW91) as well as MP2 method were used for the berberine cation. Molecular orbitals were represented by the atomic basis sets 6-31G(d, p) and 6-311G(d, p). The ammonium, carbinol (pseudobase) and amino-aldehyde forms were calculated by the DFT method with B3LYP/6-31G(d, p) functional. Full geometry optimization regardless of the theory level was shown to result in the intrinsically non-planar propeller-twisted and buckled spatial structure of all berberine forms. The calculated lengths and angles of bonds were shown to have good correlation with the experimental data obtained by X-ray analysis. From the comparison of relative stabilities of the tautomeric forms, it was elucidated that carbinol form is the most preferable tautomer in gas phase, while amino-aldehyde form is less stable (by 12.65 kcal/mol). The least stable tautomer was the ammonium one, being 10.65 kcal/mol less stable than amino aldehyde tautomer. Mon, 01 Jan 2007 00:00:00 GMT http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/156910 2007-01-01T00:00:00Z