http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/151115 Sun, 12 Apr 2026 14:02:29 GMT 2026-04-12T14:02:29Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/bitstream/id/449671/ http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/151115 http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/155120 Возможный молекулярный механизм нелинейности мышечного сокращения и его экспериментальное обоснование Ноздренко, Д.Н.; Шут, А.Н.; Прилуцкий, Ю.И. Исследованы сократительные процессы – изменения длины и силы мышечного волокна –при модулированной электростимуляции в зависимости от температуры физиологического раствора. Обнаруженные нелинейные эффекты мышечного сокращения объяснены в рамках оригинального молекулярного механизма.; Досліджено скорочувальні процеси — зміни довжини і сили м'я­зового волокна — при модульованій електростимуляції залеж­но від температури фізіологічного розчину. Виявлені нелінійні ефекти м'язового скорочення витлумачено в рамках оригі­нального молекулярного механізму.; A study of the contracting processes of changing in the length and force of muscle fiber is carry ouied under the modulated electrical stimulation in the dependence of physiological solution temperature. The revealed nonlinear effects of muscle contraction are explained within the framework of molecular mechanism proposed. Sat, 01 Jan 2005 00:00:00 GMT http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/155120 2005-01-01T00:00:00Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/155119 Зміни концентрації гліального фібрилярного кислого білка у медіальному таламусі при формуванні умовної реакції активного уникнення Дроздов, О.Л.; Чорна, В.І. Досліджено зміни концентрації маркера проміжних філаментів цитоскелета астрогліальних клітин — гліального фібрилярного кислого білка (ГФКБ) — у медіальному таламусі головного мозку щурів при виробленні умовної реакції активного уникнення (УРАУ). Кількісну оцінку вмісту ГФКБ у цитоскелетних фракціях тканини медіальної частини таламуса здійснювали методом твердофазного імуноферментного аналізу через 2 год та 1, З, 7, 14, 21 і 30 діб після початку вироблення УРАУ. Вірогідне підвищення концентрації філаментноі форми ГФКБ через 2 год та на першу добу після початку навчання з наступним зниженням даного показника до контрольного рівня на 30-ту добу свідчить про участь ГФКБ у процесах формування пам'ятного сліду у медіальному таламусі головного мозку щурів на ранніх етапах вироблення умовно-рефлекторної пам'яті.; Исследованы изменения концентрации маркера промежуточ­ных филаментов цитоскелета астроглиальних клеток – гли­ального фибриллярного кислого белка (ГФКБ) – в медиальном таламусе головного мозга крыс при выработке условной реак­ции активного избегания (УРАИ). Количественную оценку содержания ГФКБ в цитоскелетных фракциях ткани медиаль­ного таламуса проводили методом твердофазного иммуноло­гического анализа через 2 ч и 1, 3, 7, 14, 21 и 30 сут посленачала выработки УРАИ. Достоверное повышение концентра­ции филаментной формы ГФКБ через 2 ч и в первые сутки после начала обучения с последующим снижением данного показателя до нормы к 30 суш свидетельствует об участии ГФКБ в процессах формирования памятного следа в медиаль­ ном таламусе головного мозга крыс на ранних этапах выра­ботки условно-рефлекторной памяти.; The changes in concentration of glial fibrillary acidic protein (GFAP), a marker of glial intermediate filaments in astrocytes of medial part of vision tuber, are studied for the rat brain during generation of conditioned reaction of active avoidance. The increase in GFAP level in membrane fractions of medial part of vision tuber has been shown to be statistically significant in 2 hrs and 24 hrs after the start of training. The data obtained suggest the GFAP participation in the processes connected with learning and me­morization. Sat, 01 Jan 2005 00:00:00 GMT http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/155119 2005-01-01T00:00:00Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/155118 Intra- and intermolecular interactions mediated by adaptor protein Ruk/CIN85/SETA Ilnytska, O.M.; Drel, V.R.; Shuvayeva, H.Yu.; Havrylov, S.V.; Fedyshyn, Ya.Ya.; Mayevska, O.M.; Ihumentseva, N.I.; Gout, I.T.; Buchman, V.L. Ruk/CIN85l SETA is a member of a separate and evolutionary conserved family of adapter I scaffold proteins implicated in apoptic and receptor tyrosine kinases signalling, rearrangement of actin cytoskeleton and cell adhesion, podocyte and T cell functions. Self-regulation through intra- and intercellular interactions can be supposed for RuklCIN85l SETA as this protein contains SH3 domains and proline-rich sequence, localized within one polypeptide chain, as well as C-terminal coiled-coil region. The ability of Ruk proline-rich motifs to interact with its own SH3 domains in an intramolecular fashion and coiled-coil region to mediate oligomerization between different isoforms was assessed in GST pull down experiments. It was shown that both Ruk SH3A and to a less extent SH3B domains can interact with its own proline-rich sequences in a cooperative manner, while coiled-coil region provide for isoforms oligomerization. SH3C domain appear exerts conformational constraints, imposed on coiled-coil region, restricting the level of oligomerization. We also demonstrated that the ability of exogenous ligands to interact with Ruk polyprotine motifs is changing during the course of TNFa-induced apoptosis of human myelomonocytic W37 cells.; RuklCIN85lSETA є представником окремої еволюційно кон­сервативної родини адаптернихі риштувальних білків, залуче­них до апоптичного сигналювання і сигналювання, залежного від рецепторних тирозинових протеїнкіназ, перебудови актинового цитоскелету і адгезії клітин, контролю функцій подоцитів і Т клітин. Оскільки Ruk/CIN85/ SETA містить одно­ часно SH3 домени і багаті на пролін послідовності на рівні одного поліпептидного ланцюга та С-кінцевий суперспіралізований район, можна припустити, що його біологічна ак­тивність регулюється за рахунок внутрішньо- і міжмолеку­лярних взаємодій. Здатність багатих на пролін мотивів Ruk взаємодіяти з власними SH3 доменами та суперспіралізованої ділянки — опосередковувати олігомеризацію різних ізоформ до­сліджували за допомогою методу зв'язування in vitro GST-зли­тих білків. Показано, шр SH3A і, в меншій мірі, SH3B домени Ruk кооперативно взаємодіють із власними багатими на пролін послідовностями, у той час як суперспіралізований район забезпечує олігомеризацію ізоформ. Не виключено при цьому, що SH3C домен чинить конформаційний вплив на суперспіралізований район, обмежуючи, в такий спосіб, ступінь олігомеризації. Нами також встановлено, що здатність екзо­генних лігандів взаємодіяти з багатими на пролін мотивами Ruk координовано змінюється протягом TNFa-індукованого апоптозу мієломоноцитарних клітин лінії U937.; Ruk/CIN85l SETA is a member of a separate and evolutionary conserved family of adapter I scaffold proteins implicated in apoptic and receptor tyrosine kinases signalling, rearrangement of actin cytoskeleton and cell adhesion, podocyte and T cell functions. Self-regulation through intra- and intercellular interactions can be supposed for RuklCIN85l SETA as this protein contains SH3 domains and proline-rich sequence, localized within one polypeptide chain, as well as C-terminal coiled-coil region. The ability of Ruk proline-rich motifs to interact with its own SH3 domains in an intramolecular fashion and coiled-coil region to mediate oligomerization between different isoforms was assessed in GST pull down experiments. It was shown that both Ruk SH3A and to a less extent SH3B domains can interact with its own proline-rich sequences in a cooperative manner, while coiled-coil region provide for isoforms oligomerization. SH3C domain appear exerts conformational constraints, imposed on coiled-coil region, restricting the level of oligomerization. We also demonstrated that the ability of exogenous ligands to interact with Ruk polyprotine motifs is changing during the course of TNFa-induced apoptosis of human myelomonocytic W37 cells. Sat, 01 Jan 2005 00:00:00 GMT http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/155118 2005-01-01T00:00:00Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/155116 The molecular mechanism of the spontaneous substitution mutations caused by tautomerism of bases: Post Hartree-Fock study of the DNA rare base pairs Danilov, V.I.; Hovorun, D.M.; Kurita, N. Gas-phase gradient optimization of the DNA rare base pairs containing lactam-lactim and amino-imino tautomers was carried oat using the Hartree-Fock (HF), Density Functional Theory (DFT) and the second-order Moller-Plesset perturbation (MP2) methods at the 6-31G(d, p) basis set. It is shown that full geometry optimization at the MP2 level leads to an intrinsically nonplanar propeller-twisted and buckled geometry of G*-T and G-T* base pairs. The nonplanarity of the pairs is caused by pyramidalization of the amino nitrogen atoms, which is underestimated by the HF and DFT methods. This justifies the importance of geometry optimization at the MP2 level for obtaining reliable prediction of the charge distribution, molecular dipole moments and geometrical structure of the base pairs. The comparison of the formation energies for the rare base pairs shows the energetical preference of the G*-T and A-C* base pairs as compared with the G-T* and A*-C ones, respectively. It is detected that the stabilization energies of the G-T* and A*-C base pairs describing the interaction between monomers are essentially larger than those of the G*-T and A-C* base pairs, respectively. An analysis of the decomposition members for molecular HF interaction energies by Morokuma-Kitaura (MK) and the Reduced Variational Space (RVS) methods showed that the nature of a larger stability of the G-T* and A*-C base pairs as compared to the G*-T and A-C* ones is due to the electrostatic interactions by 60–65 % and the polarization and charge transfer interactions by 35–40 %.; Здійснено газофазну градієнтну оптимізацію рідкісних пар основ ДНК, які включають у себе лактам-лактимні і аміно-імінні таутомери, за допомогою методу Хартрі-Фока (ХФ), теорії функціонала густини (ТФГ) та другого порядку теорії збурень Моллера-Плессета (МП2) у базисі 6-31G(d, р). Пока­зано, що повна оптимізація геометрії на рівні МП2 веде до внутрішньо неплоскої пропелер-обертальної і вигнутої гео­метрії пар основ G*-T і G-T*. Неплощинність пар обумовлена пірамідалізацією атомів азоту аміногрупи, яка недооціню­ється методами ХФ і ТФГ. Це виправдовує важливість оптимізації геометрії на рівні МП2 для отримання помірко­ ваного передбачення розподілу зарядів, молекулярних диполь­них моментів і геометричної структури пар основ. Порів­няння енергій формування рідкісних пар основ демонструє енергетичну перевагу пар основ G*-T і А-С* стосовно пар G-T* і А*-С. Виявлено, що величини енергій стабілізації пар основ G-T* і А*-С, які описують взаємодію між мономерами, значно більші за аналогічні значення пар основ G*-T і А-С* відповідно. Використовуючи аналіз членів розкладання ХФ енергій молеку­лярної взаємодії методами Морокуми-Кітаури і зменшеного варіаційного простору, знайдено, що природа більшої стабіль­ності пар основ G-T* і А*-С порівняно з парами G*-T і А-С* на 60–65 % обумовлена електростатичними взаємодіями і на 35–40 % — поляризаційними взаємодіями і взаємодіями з перенесенням заряду відповідно.; Gas-phase gradient optimization of the DNA rare base pairs containing lactam-lactim and amino-imino tautomers was carried oat using the Hartree-Fock (HF), Density Functional Theory (DFT) and the second-order Moller-Plesset perturbation (MP2) methods at the 6-31G(d, p) basis set. It is shown that full geometry optimization at the MP2 level leads to an intrinsically nonplanar propeller-twisted and buckled geometry of G*-T and G-T* base pairs. The nonplanarity of the pairs is caused by pyramidalization of the amino nitrogen atoms, which is underestimated by the HF and DFT methods. This justifies the importance of geometry optimization at the MP2 level for obtaining reliable prediction of the charge distribution, molecular dipole moments and geometrical structure of the base pairs. The comparison of the formation energies for the rare base pairs shows the energetical preference of the G*-T and A-C* base pairs as compared with the G-T* and A*-C ones, respectively. It is detected that the stabilization energies of the G-T* and A*-C base pairs describing the interaction between monomers are essentially larger than those of the G*-T and A-C* base pairs, respectively. An analysis of the decomposition members for molecular HF interaction energies by Morokuma-Kitaura (MK) and the Reduced Variational Space (RVS) methods showed that the nature of a larger stability of the G-T* and A*-C base pairs as compared to the G*-T and A-C* ones is due to the electrostatic interactions by 60–65 % and the polarization and charge transfer interactions by 35–40 %. Sat, 01 Jan 2005 00:00:00 GMT http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/155116 2005-01-01T00:00:00Z