http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/151263 2026-04-20T18:13:25Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/152978 In Memoriam: Gennagiy Matsuka (1930–2017) Elska, G.V. On June 27, 2017, Gennadiy Kharlampiyovych Matsuka, an outstanding scientist and a wonderful person, Honorary Director of IMBG NAS of Ukraine, full member of NAS of Ukraine, Professor, parted from this life. It is hard to overestimate his scientific and organizational contribution into the development of molecular biology in Ukraine. First of all, G. Kh. Matsuka is one of the founders of the Institute of Molecular Biology and Genetics, NAS of Ukraine, well-known in the world, and a co- founder of the school of Ukrainian molecular biologists in the field of molecular biology of higher organisms. 2017-01-01T00:00:00Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/152977 Materials of XI annual Conference of Young Scientists Institute of Molecular Biology and Genetics NAS of Ukraine 2017-01-01T00:00:00Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/152976 Production, purification of the recombinant analog of Y-box-binding protein and its interaction with poly(ADP-ribose), RNA, single- and double-stranded DNAs Alemasova, E.E.; Naumenko, K.N.; Pestryakov, P.E.; Lavrik, O.I. Aim. Production and purification of the recombinant histidine-tagged Y-box- binding protein and study of its interaction with DNA and poly(ADP-ribose). Methods. Ligation-independent cloning, PCR, Sanger sequencing, protein chromatography, polyacrylamide gel electrophoresis, and electrophoresis mobility shift assay. Results. cDNA coding for the YB-1 protein has a previously undocumented two single nucleotide polymorphisms. The expression construct for production of the his-tagged YB-1 protein was designed to simplify the purification procedure and an appropriate protocol for protein purification was developed. Using electrophoresis mobility shift assay, we have shown that poly(ADP-ribose) competes with a double- and single-stranded DNA and RNA for binding to purified recombinant his-tagged YB-1. Conclusions. In the present work we developed and optimized the procedure of the recombinant YB-1 protein production and purification from bacterial cells. We found that poly(ADP-ribose) at high concentration is able to recruit YB-1 protein from the YB-1-DNA and YB-1-RNA complexes, suggesting a possible YB-1 involvement in DNA repair.; Мета. Отримання рекомбінантного гістидин-міченого Y-бокс-зв’язуючий білрк 1 і дослідження його взаємодії з ДНК, РНК та полі (АДФ-рибозою). Методи. Безлігазне клонування, ПЛР, секвенування по Сенгеру, хроматогра-фія, електрофорез в поліакриламідному гелі та метод затримки в гелі. Результати. кДНК YB-1 містить дві раніше недокументовані поодинокі нуклеотидні заміни. Сконструйовано вектор для експресії гистидин-міченого білка YB-1 і розроблена відповідна методика очищення білка. Методом затримки в гелі показано, що полі (АДФ-рибоза) конкурує з одно- і дволанцюговою ДНК, а також РНК, за зв›язування ре-комбінантного гістидин-міченого білка YB-1. Висновки. У цій роботі ми розробили та оптимізували процедуру отримання рекомбінантного білка YB-1 з бактеріальних клітин. Ми встановили, що полі (АДФ-рибоза) у високій концентрації здатна витісняти білок YB-1 з його комплексів з ДНК і РНК, що вказує на можливість участі YB-1 в репарації ДНК.; Цель. Получение рекомбинантного гистидин-меченого Y-бокс-связывающего белка 1 и исследование его взаимо-действий с ДНК, РНК и поли(АДФ-рибозой). Методы. Безлигазное клонирование, ПЦР, секвенирование по Сэнге-ру, хроматография, электрофорез в полиакриламидном геле и метод задержки в геле. Результаты. кДНК YB-1 со-держит две ранее недокументированные одиночные нуклеотидные замены. Сконструирован вектор для экспрес-сии гистидин-меченого белка YB-1 и разработана соответствующая методика очистки белка. Методом задержки в геле показано, что поли(АДФ-рибоза) конкурирует с одно- и двухцепочечными ДНК, а также РНК, за связывание рекомбинантного гистидин-меченого белка YB-1. Выводы. В настоящей работе мы разработали и оптимизировали процедуру получения рекомбинантного белка YB-1 из бактериальных клеток. Мы установили, что поли(АДФ-рибоза) в высокой концентрации способна вытеснять белок YB-1 из его комплексов с ДНК и РНК, что указывает на возможность участия YB-1 в репарации ДНК. 2017-01-01T00:00:00Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/152932 Similarity and dissimilarity of primary structures of some Streptomyces spp. genomes and the Streptomyces globisporus 1912-2 chromosomal DNA Polishchuk, L.V. Aim. To determine the similarity and dissimilarity of the nucleotide sequences of the S. globisporus 1912-2 chromosome and primary structures of genomes of some Streptomycetes strains. Methods. NCBI tools (BLAST: blastn and bl2seq: megablast) and Internet NCBI databases (Genome, Nucleotide) were used for in silico analysis of the primary structure contigs of S. grlobisporus 1912-2. Results. A few strains with significant identity of their DNA primary structures to the nucleotide sequences of the chromosomal DNA of S. globisporus 1912-2 (identity 88–97 %) and a degree of query cover (55–82 %) were identified. Primary structures of genomes of the strains S. globisporus C-1027 and S. griseus NBRC13350 were chosen as most identical to the nucleotide sequence of the S. globisporus 1912-2 chromosomal DNA. No fragments with a homologous primary structure to seven S. globisporus 1912-2 contigs were found in Streptomycetes spp. from the NCBI databases. Conclusions. S. globisporus 1912-2 strain is a member of the S. griseus clade. We detected a high biosynthetic potential of the strain S. globisporus 1912-2 due to many unique nucleotide sequences.; Мета. Визначити подібності та відмінності первинних структур геномів ряду штамів стрептоміцетів і хромосомної ДНК S. globisporus 1912-2 in silico. Методи. Використовували ресурси сервера NCBI (BLAST: blastn і bl2seq: megablast) для in silico аналізу первинної структури контигів S. grlobisporus 1912-2 і ряду Інтернет баз даних NCBI (Genome, Nucleotide). Результати. Виявлено ряд штамів зі значними показниками гомології їх первинної структури ДНК і нуклеотидної послідовності хромосомної ДНК S. globisporus 1912-2 (ступенем ідентичності (88–97 %) і ступенем покриттям (55–82 %)). Максимальна ідентичність нуклеотидній послідовності хромосомної ДНК S. globisporus 1912-2 було виявлена у геномів штамів S. globisporus C-1027 (97 %) і S. griseus NBRC13350 (96%). Жодного фрагмента з первинною структурою, гомологичною структурам семи контігов S. globisporus 1912-2 не було знайдено серед нуклеотидних послідовностей стрептоміцетів з базах даних NCBI. Висновки. Встановлено, що штам S. globisporus 1912-2 є членом клади S. griseus. Ми виявили великий біосинтетичний потенціал штаму S. globisporus 1912-2, можливий завдяки його багатьом унікальним нуклеотидним послідовностям.; Цель. Определить in silico сходство и отличие первичных структур геномов ряда штаммов стрептомицетов и хромосомной ДНК S. globisporus 1912-2. Методы. Использовали ресурсы сервера NCBI (BLAST: blastn и bl2seq: megablast) для in silico анализа первичной структуры контигов S. globisporus 1912‑2 и ряда Интернет баз данных NCBI (Genome, Nucleotide). Результаты. Выявлено ряд штаммов со значительными показателями гомологии их первичной структуры ДНК и нуклеотидной последовательности хромосомной ДНК S. globisporus 1912-2 (степенью идентичности (88–97 %) и степенью покрытием (55–82 %)). Максимальная идентичность нуклеотидной последовательности хромосомной ДНК S. globisporus 1912‑2 была выявлена у геномов штаммов S. globisporus C-1027 (97 %) и S. griseus NBRC13350 (96 %). Ни одного фрагмента с первичной структурой, гомологичной структурам семи контигов S. globisporus 1912‑2 не было найдено среди нуклеотидных последовательностей стрептомицетов из базы данных NCBI. Выводы. Установлено, что штамм S. globisporus 1912‑2 является членом клады S. griseus. Мы выявили большой биосинтетический потенциал штамма S. globisporus 1912-2, возможный благодаря его многим уникальным нуклеотидным последовательностям. 2017-01-01T00:00:00Z