http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/151238 2026-04-23T00:50:32Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/154641 Dynamics of dye release from nanocarriers of different types in model cell membranes and living cells Tkacheva, T.N.; Yefimova, S.L.; Klochkov, V.K.; Sorokin, A.V.; Malyukin, Yu.V. Aim. To study the dynamics of lipophilic content release from nanocarriers of different types, organic molecular ensembles and inorganic nanoparticles (NPs) in vitro experiments. Methods. Two-channel ratiometric fluorescence detection method based on Forster Resonance Energy Transfer, fluorescent spectroscopy and micro-spectroscopy have been used. Results. It has been found that the profiles of lipophilic dyes release from organic nanocarriers (PC liposomes and SDS micelles) and inorganic ones (GdYVO₄:Eu³⁺ and CeO₂ NPs) are well fitted by the first-order reaction kinetics in both model cell membranes and living cells (rat hepatocytes). The dye release constants (K) and half-lives (t1/2) were analyzed. Conclusions. GdYVO₄:Eu³⁺ and CeO₂ NPs have been shown to provide faster lipophilic content release in model cell membranes as compared to PC liposomes. Negatively charged or lipophilic compounds added into nanocarriers can decrease the rate of lipophilic dyes release. Specific interaction of GdYVO₄:Eu³⁺ NPs with rat hepatocytes has been observed.; Мета. Вивчення динаміки вилучення ліпофильного вмісту з наноконтейнерів різного типу, органічних молекулярних ансамблів і неорганічних наночастинок (НЧ) в експериментах in vitro. Методи. Двоканальний ратіометричний метод реєстрації інтенсивності флуоресценції із застосуванням безвипромінювального перенесення енергії електронного збудження, метод флуоресцентної спектроскопії і мікроспектроскопії. Результати. Вивільнення ліпофильных барвників з органічних (ліпосоми і міцели) і неорганічних (на основі НЧ GdYVO₄:Eu³⁺ і CeO₂) наноконтейнерів може бути описано кінетичною реакцією першого порядку як у модельних клітинних мембранах, так і в живих клітинах. Отримано константи швидкості вивільнення (K) і час напіввиведення (t1/2) барвників. Висновки. Наноконтейнери на основі НЧ GdYVO₄:Eu³⁺ і CeO₂ забезпечують швидше вивільнення ліпофильного вмісту в модельних клітинних мембранах порівняно з ліпосомами. Проте додавання негативно заряджених або ліпофильних компонент у систему знижує швидкість вивільнення барвників. Виявлено специфічність взаємодії НЧ GdYVO₄:Eu³⁺ з гепатоцитами щурів.; Цель. Изучение динамики высвобождения липофильного содержимого из наноконтейнеров различного типа, органических молекулярных ансамблей и неорганический наночастиц (НЧ) в экспериментах in vitro. Методы. Использовали двуканальный ратиометрический метод регистрации интенсивности флуоресценции на основе безызлучательного переноса энергии электронного возбуждения, а также метод флуоресцентной спектроскопии и микро- спектроскопии. Результаты. Выход липофильных красителей из органических (липосомы и мицеллы) и неорганических (на основе НЧ GdYVO₄:Eu³⁺ и CeO₂) наноконтейнеров может быть описан кинетической реакцией первого порядка как в модельных клеточных мембранах, так и в живых клетках. Получены константы скорости высвобождения (K) и время полувыведения (t1/2) красителей. Выводы. Наноконтейнеры на основе НЧ GdYVO₄:Eu³⁺ и CeO₂ обеспечивают более быстрое высвобождение липофильного содержимого в модельных клеточных мембранах по сравнению с липосомами. Однако добавление отрицательно заряженных или липофильных компонент в систему снижаает скорость высвобождения красителей. Обнаружена специфичность взаимодействия НЧ GdYVO₄:Eu³⁺ с гепатоцитами крыс. 2014-01-01T00:00:00Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/154434 Study of dephosphorylated 2'-5'-linked oligoadenylates impact on apo-S100A1 protein conformation by heteronuclear NMR and circular dichroism Skorobogatov, O.Yu.; Lozhko, D.N.; Zhukov, I.Yu.; Kozlov, O.V.; Tkachuk, Z.Yu. Low molecular weight natural mediators, 2'-5'-linked oligoadenylates, play an important role in interferon-based antiviral mechanism; participate in growth, apoptosis and other important cellular processes. The aim of current study was to find the evidence for the cell interaction with human apo-S100A1 using the methods of circular dichroism (CD) and heteronuclear NMR spectroscopy. Taking into account their concentration within living cells, the 2'-5'A3 oligoadenylates may act as additional biologically active substrates, capable of regulating the S100A1 protein functioning in vivo. The obtained results demonstrated the occurrence of the secondary structure changes in human S100A1 protein upon the interaction with 2'-5'-linked oligoadenylates as well as indicated specific residues involved in this process. Our study points to the 2'-5'-linked oligoadenylates as possible additional elements of the complex system of fine regulation of the Ca2+-signal transduction pathway in human cells.; Низькомолекулярні медіатори природного походження – 2'-5' олігоаденілати – відіграють важливу роль в антивірусному механізмі, пов’язаному з інтерфероном, вони причетні до росту клітин, апоптозу та інших важливих процесів, що протікають у клітині. Мета даного дослідження полягала в пошуку доказів мож- ливості взаємодії 2'-5' олігоаденілатів з апо-формою білка S100A1 людини. Методи. Використано методи ЯМР і КД. Результати. Зважаючи на значну концентрацію 2'-5' олігоаденілатів всередині живої клітини, можна припустити, що вони слугують додатковими біологічно активними субстратами і здатні регулювати функціонування білка S100A1 in vivo. Отримані дані вказують на те, що внаслідок взаємодії між 2'-5' олігоаденілатами та S100A1 відбуваються перебудови у вторинній структурі останнього. Крім того, вдалося визначити, які саме амінокислотні залишки беруть учать у цій взаємодії. Висновки. Ймовірно, 2'-5' олігоаденілати є додатковими елементами складної системи регуляції процесів, опосередкованих іонами Са2+.; Низкомолекулярные медиаторы природного происхождения – 2'-5' олигоаденилаты – играют важную роль в антивирусном механизме, связанном с интерфероном, они причастны к росту клеток, апоптозу и другим важным процессам, происходящим в клетке. Цель данного исследования состояла в поиске доказательств возможности взаимодействия 2'-5' олигоаденилатов с апо-формой белка S100A1 человека. Методы. Использованы методы ЯМР и КД. Результаты. Учитывая концентрацию 2'-5' олигоаденилатов внутри живой клетки, можно предположить, что они служат дополнительными биологически активными соединениями, способными регулировать функционирование белка S100A1 in vivo. Полученные данные указывают на то, что в итоге взаимодействия между 2'-5' олигоаденилатами и белком S100A1 происходят изменения вторичной структуры последнего. Кроме того, удалось определить аминокислотные остатки, непосредственно участвующие в этом взаимодействии. Выводы. Вероятно, что 2'-5' олигоаденилаты являются дополнительными элементами сложной системы, регулирующей процессы, опосредованные ионами Са2+. 2014-01-01T00:00:00Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/154433 Satellite DNA and related diseases Rich, J.; Ogryzko, V.V.; Pirozhkova, I.V. Satellite DNA, also known as tandemly repeated DNA, consists of clusters of repeated sequences and represents a diverse class of highly repetitive elements. Satellite DNA can be divided into several classes according to the size of an individual repeat: microsatellites, minisatellites, midisatellites, and macrosatellites. Originally considered as «junk» DNA, satellite DNA has more recently been reconsidered as having various functions. Moreover, due to the repetitive nature of the composing elements, their presence in the genome is associated with high frequency mutations, epigenetic changes and modifications in gene expression patterns, with a potential to lead to human disease. Therefore, the satellite DNA study will be beneficial for developing a treatment of satellite-related diseases, such as FSHD, neurological, developmental disorders and cancers.; Сателітна ДНК, також відома як тандемно повторювана ДНК, складається з кластерів повторюваних послідовностей, об’єднаних у широкий клас часто повторюваних елементів. Сателітнi ДНК можна розділити на декілька класів залежно від розміру ок- ремого повтора: мікросателітні, мінісателітні, мідісателітні і макросателітні ДНК. Сателітну ДНК спочатку розглядали як «сміттєву». Лише зовсім недавно таку концепцію було переглянуто і наразі сателітну ДНК відносять до ДНК, якій притаманні різні функції. Крім того, присутність у геномі повторюваних послідовностей пов’язана з високою частотою мутацій, епігенетичними змінами і модифікаціями в профілі експресії генів, що потенційно може призвести до різних патологій. Таким чином, вивчення сателітної ДНК буде корисним при розробці терапії, спрямованої на лікування захворювань, пов’язаних iз сателітною ДНК, таких як м’язова дистрофія FSHD, неврологічні патології, хвороби, обумовлені порушеннями розвитку, та онкологічні захворювання.; Сателлитная ДНК, также известная как тандемно повторяющаяся ДНК, состоит из кластеров повторяющихся последовательностей, объединенных в широкий класс часто повторяющихся элементов. Сателлитную ДНК можно разделить на несколько классов в зависимости от размера отдельного повтора: микросателлитная, минисателлитная, мидисателлитная и макросателлитная ДНК. Сателлитную ДНК первоначально рассматривали как «мусорную». Только совсем недавно эта концепция была пересмотрена, в результате чего сателлитную ДНК относят к ДНК, обладающей различными функциями. Кроме того, присутствие в геноме повторяющихся последовательностей связано с высокой частотой мутаций, эпигенетическими изменениями и модификациями в профиле экспрессии генов, что потенциально может привести к различным патологиям. Таким образом, изучение сателлитной ДНК будет полезно при разработке терапии, направленной на лечение заболеваний, таких как мышечная дистрофия FSHD, неврологические патологии, болезни, обусловленные нарушениями развития, и онкологические заболевания. 2014-01-01T00:00:00Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/154432 Transcription factor CTCF and mammalian genome organization Kotova, E.S.; Akopov, S.B.; Sverdlov, E.D.; Nikolaev, L.G. The CTCF transcription factor is thought to be one of the main participants in various gene regulatory networks including transcription activation and repression, formation of independently functioning chromatin domains, regulation of imprinting etc. Sequencing of human and other genomes opened up a possibility to ascertain the genomic distribution of CTCF binding sites and to identify CTCF-dependent cis-regulatory elements, including insulators. In the review, we summarized recent data on CTCF functioning within a framework of the chromatin loop domain hypothesis of large-scale regulation of the genome activity. Its fundamental properties allow CTCF to serve as a transcription factor, an insulator protein and a dispersed genome-wide demarcation tool able to recruit various factors that emerge in response to diverse external and internal signals, and thus to exert its signal-specific function(s).; Фактор транскрипції CTCF вважають одним з основних учасни- ків різних мереж регуляції генів, з-поміж яких активація і репресія транскрипції, утворення незалежно функціонуючих доменів хроматину, регуляція імпринтингу тощо. Секвенування геномів людини та інших организмів дозволяє виявляти геномний розподіл сайтів зв’язування CTCF та ідентифікувати CTCF-залежні регуляторні елементи, до яких належать інсулятори. В огляді підсумовано нові дані з функціонування CTCF у рамках гіпотези участі петельних доменів хроматину у великомасштабній регуляції активності геному. Фундаментальні властивості CTCF дозволяють йому діяти як регулятор транскрипції, інсуляторний білок, а також як розподілений по геному прикордонний елемент,здатний залучати різні фактори, які з’являються у відповідь на різноманітні зовнішні та внутрішні чинники і таким чином виконувати свої сигнал-специфічні функції.; Фактор транскрипции CTCF считается одним из основных участников различных сетей регуляции генов, включая активацию и репрессию транскрипции, образование независимо функционирующих доменов хроматина, регуляцию импринтинга и т. д. Секвенирование геномов человека и других организмов позволяет выявить геномное рапределение сайтов связывания CTCF и идентифицировать CTCF-зависимые регуляторные элементы, включая инсуляторы. В обзоре суммированы новые данные по функционированию CTCF в рамках гипотезы участия петельных доменов хроматина в крупномасштабной регуляции активности генома. Фундаментальные свойства CTCF позволяют ему действовать как регулятор транскрипции, инсуляторный белок, а также как распределенный по геному пограничный элемент, способный привлекать различные факторы, появляющиеся в ответ на разнообразные внешние и внутренние воздействия и таким образом осуществлять свои сигнал-специфичные функции. 2014-01-01T00:00:00Z