http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/151236 2026-04-12T18:56:21Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/153802 A critical review of V. A. Kunakh’s monography «Mobile genetic elements and plant genome plasticity» (Kiyv: Logos, 2013; 288 p. ISBN 978-966-171-721-2) Dragavtsev, V.A. 2014-01-01T00:00:00Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/153801 A critical review of a book entitled «Mobile genetic elements and plasticity of plant genomes», written by prof. V. A. Kunakh (Kyiv: Logos, 2013) Fedak, G. 2014-01-01T00:00:00Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/153799 Adhesion and proliferation of adipose derived mesenchymal stromal cells on chitosan scaffolds with different degree of deacetylation Rogulska, O.Yu.; Petrenko, Yu.O.; Kalinkevich, O.V.; Kalinkevich, A.N.; Petrenko, O.Yu. Aim. Selection of the optimal scaffold for the creation of tissue engineering constructs is a key challenge of biotechnology. In this study we investigated the biocompatibility of human adipose derived mesenchymal stromal cells (MSCs) within the three-dimensional matrices based on the chitosan with a different degree of deacetylation. Methods. MSCs were seeded on the chitosan scaffolds by a perfusion method and cultured for 7 days. The morphology, viability, metabolic activity and distribution of the cells within the matrices were analyzed. Results. The level of MSCs adhesion to the surface of the chitosan scaffolds with low degree of deacetylation (67 %) was insignificant, the cells were round and formed aggregates. In the chitosan scaffolds with a high degree of deacetylation (82 %) the cells attached to the surface of matrices, were able to spread and proliferate. Conclusions. The chitosan scaffolds with a high degree of deacetylation and the human adipose derived MSCs can be used for the creation of bioengineered structures.; Вибір оптимального носія клітин для створення тканинно-інженерних конструкцій – ключова проблема сучасної біотехнології. Мета. Дослідити біосумісність мезенхімальних стромальних клітин (МСК) жирової тканини людини з об’ємними матрицями на основі хітозану з різним ступенем деацетилювання. Методи. Хітозанові носії заселяли МСК перфузійним методом і культивува- ли протягом 7 діб. Проводили аналіз морфологічних особливостей, життєздатності, метаболічної активності та розподілу клітин у матрицях. Результати. Рівень адгезії МСК до поверхні хітозанових носіїв з низьким ступенем деацетилювання (67 %) був незначним, клітини мали округлу форму та формували агрегати. У губках на основі хітозану з високим ступенем деацетилювання (82 %) клітини прикріплювались до поверхні носія, розпластувались і були здатними до проліферації. Висновки. Отримані результати свідчать про перспективність використання хітозанових носіїв з високим ступенем деацетилювання та МСК жирової тканини людини для створення біоінженерних конструкцій.; Выбор оптимального носителя клеток для создания тканеинженерных конструкций является ключевой проблемой современной биотехнологии. Цель. Исследовать биосовместимость мезенхимальных стромальных клеток (МСК) жировой ткани человека с объемными матрицами на основе хитозана с разной степенью деацетилирования. Методы. Хитозановые носители заселяли МСК перфузионным методом и культивировали в течение 7 суток. Проводили анализ морфологических особенностей, жизнеспособности, метаболической активности и распределения клеток в матрицах. Результаты. Уровень адгезии МСК к поверхности хитозановых носителей с низкой степенью деацетилирования (67 %) был незначительным, клетки имели округлую форму и формировали агрегаты. В губках на основе хитозана с высокой степенью деацетилирования (82 %) клетки прикреплялись к поверхности носителя, распластывались и пролиферировали в процессе культивирования. Выводы. Полученные результаты свидетельствует о перспективности использования хитозановых носителей с высокой степенью деацетилирования и МСК жировой ткани человека для создания биоинженерных конструкций. 2014-01-01T00:00:00Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/153798 The mechanisms of substrates interaction with the active site of Mycobacterium tuberculosis tyrosyl-tRNA synthetase studied by molecular dynamics simulations Mykuliak, V.V.; Kornelyuk, A.I. Aim. To study the mechanisms of substrates interaction with the active site of Mycobacterium tuberculosis tyrosyl-tRNA synthetase (MtTyrRS). Methods. Complexes of MtTyrRS with tyrosine, ATP and tyrosyl adenylate were constructed by superposition of the MtTyrRS structure and crystallographic structures of bacterial TyrRS. All complexes of MtTyrRS with substrates were investigated by molecular dynamics (MD) simulations in solution. Results. It was shown the formation of network of hydrogen bonds between substrates and the MtTyrRS active center, which were stable in the course of MD simulations. ATP binds in the active site both by hydrogen bonds and via electrostatic interactions with Lys231 and Lys234 of catalytic KFGKS motif. Conclusions. The L-tyrosine binding site in the enzyme active site is negatively charged, whereas the ATP binding site contains positive Lys231 and Lys234 residues of catalytic KFGKS motif. The occupancy of H-bonds between substrates and the enzyme evidences a significant conformational mobility of the active site.; Мета. Дослідити механізми взаємодії субстратів реакції аміноацилювання з активним центром тирозил-тРНК синтетази еубактерії Mycobacterium tuberculosis (MtTyrRS). Методи. Суперпозицією MtTyrRS з кристалографічними структурами бактерійних TyrRS побудовано комплекси з тирозином, тирозином, АТФ і тирозиладенілатом. Комплекси MtTyrRS з субстратами вивчали методом моделювання молекулярної динаміки (МД) у розчині. Результати. Показано водневі зв’язки між субстратами і активним центром MtTyrRS та їхню стабільність у процесі МД. Стабільність АТФ в активному центрі забезпечується водневими зв’язками, а також електростатичними взаємодіями з Lys231 та Lys 234 каталітичного мотиву KFGKS. Висновки. Ділянка зв’язування L-тирозину в активному центрі ферменту є негативно зарядженою, тоді як ділянка зв’язування АТФ має позитивно заряджені Lys231 і Lys234 каталітичної послідовності KFGKS. Процентне співвідношення тривалості існування водневих зв’язків, які формуються між субстратами та ферментом, до загального часу моделювання МД свідчить про конформаційну рухливість активного центра.; Цель. Исследовать механизмы взаимодействия субстратов реакции аминоацилирования с активным центром тирозил-тРНК синтетазы эубактерии Mycobacterium tuberculosis (MtTyrRS). Методы. Суперпозицией MtTyrRS с кристаллографическими структурами бактериальных TyrRS построены комплексы с тирози- ном, тирозином и АТФ и тирозиладенилатом. Комплексы MtTyrRS с субстратами изучали методом симуляции молекулярной динамики (МД) в растворе. Результаты. Показаны водородные связи между субстратами и активным центром MtTyrRS и их стабильность в процессе МД. Стабильность АТФ в активном центре обеспечивается водородными связями, а также электростатическими взаимодействиями с Lys231 и Lys234 каталитического мотива KFGKS. Выводы. Сайт связывания L-тирозина в активном центре фермента заряжен отрицательно, в то время как участок связывания АТФ имеет положительные Lys231 и Lys234 каталитической последовательности KFGKS. Процентное соотношение длительности существования водородных связей, формирующихся между субстратами и ферментом, к общему времени моделирования МД свидетельствует о конформационной подвижности активного центра. 2014-01-01T00:00:00Z