http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/151217 2026-04-25T12:14:48Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/156830 Біоінформатичний аналіз вторинної структури тринскриптів інтрона 1 гена whp1 кукурудзи Сліщук, Г.І.; Волкова, Н.Е.; Сиволап, Ю.М. Цель. Анализ вторичной структуры транскриптов интрона 1 гена whp1 кукурузы. Методы. Выравнивание, фолдинг in silico. Результаты. Найдены сложные микросателлиты. Исследована вторичная структура 74 транскриптов интрона 1 гена whp1. Выводы. Сделано предположение о влиянии транскриптов интрона 1 гена whp1 на восстановление фертильности кукурузы с S-типом цитоплазматической мужской стерильности. Ключевые слова: биоинформатика, ген whp1, ЦМС, кукуруза, интрон, вторичная структура.; Мета. Аналіз вторинної структури транскриптів інтрона 1 гена whp1 кукурудзи. Методи. Вирівнювання, фолдинг in silico. Результати. Знайдено складні мікросателіти. Досліджено вторинну структуру 74 транскриптів інтрона 1 гена whp1. Висновки. Зроблено припущення щодо впливу транскриптів інтрона 1 гена whp1 на відновлення фертильності кукурудзи з S-типом цитоплазматичної чоловічої стерильності. Ключові слова: біоінформатика, ген whp1, ЦЧС, кукурудза, інтрон, вторинна структура.; Aim. Analysis of the secondary structure of maize whp1 gene intron 1 transcripts. Methods. Alignment, in silico folding. Results. Novel complex microsatellites of the whp1 gene were discovered. 74 whp1 intron 1 transcripts secondary structures were predicted. Conclusions. The influence of whp1 gene intron 1 transcripts on restoration of CMS- S sterile maize fertility has been proposed. Keywords: bioinformatics, whp1 gene, CMS, maize, intron, secondary structure. 2012-01-01T00:00:00Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/156829 Алелі гена Ppd-D1 у зразках колекції Aegilops tauschii і м’якої пшениці Чеботар, Г.О.; Чеботар, С.В.; Бабенко, Д.О.; Моцний, І.І.; Щербань, А.Б.; Cивола, Ю.М. Light period significantly influences on the growth and development of plants. One of the major genes of photoperiod sensitivity is Ppd-D1, located on the chromosome 2D. The aim of the work was to determine the alleles and molecular structure of Ppd-D1 gene in samples from the collection of Ae. tauschii accessions, which have different flowering periods, and in 29 Ukrainian wheat varieties. Methods. We used methods of allele-specific PCR with primers to the Ppd-D1 gene, sequencing and Blast-analysis. Results. The collection of Ae. tauschii accessions and several varieties of winter and spring wheat was studied. The molecular structure of the allelic variants (414, 429 and 453 b. p.) of Ppd-D1b gene was determined in the collection of Aegilops. tauschii accessions. Conclusions. The Ppd-D1a allele was present in all studied varieties of winter wheat. 60 % of spring wheat is characterized by Ppd-D1b allele (size of amplification products 414 b. p.). Blast-analysis of the sequence data banks on the basis of the reference sequence of sample k-1322 from the collection of Ae. tauschii accessions has shown a high homology (80 to 100 %) between the nucleotide sequences of PRR genes, that characterize the A and D genomes of representatives of the genera Triticum and Aegilops. Keywords: Aegilops tauschii, bread wheat, allele-specific PCR, phd-D1.; Світловий період суттєво впливає на ріст і розвиток рослин. Одним із головних генів чутливості до фотоперіоду є Ppd-D1 з родини PRR, розташований на хромосомі 2D. Мета роботи полягала у визначенні алельного стану і молекулярної структури гена Ppd-D1 у зразках з колекції Ae. tauschii з різними строками цвітіння та у 29 українських сортів м’якої пшениці. Методи. Алель-специфічна ПЛР з праймерами до гена Ppd-D1, секвенування і Blast-аналіз. Результати. Досліджено колекцію зразків Ае. tauschii та низку сортів озимої і ярої м’якої пшениці, визначено молекулярну структуру алельних варіантів (414, 429 і 453 п. н.) гена Ppd-D1b у колекції Ae. tauschii. Висновки. У досліджуваних сортів озимої м’якої пшениці присутній алель Ppd-D1a, а серед ярих сортів 60 % відрізняються наявністю алеля Ppd-D1b (розмір продуктів ампліфікації 414 п. н.). Blast-аналізом нуклеотидних послідовностей цього гена з банків даних у порівнянні з референсною послідовністю зразка k-1322 з колекції Ae. tauschii показано високий рівень гомології (від 80 до 100 %) між послідовностями генів PRR, характерних для геномів А і D представників родів Triticum і Aegilops. Ключові слова: Аеgilops tauschii, м’яка пшениця, алель-специфічна ПЛР, Ppd-D1.; Световой период существенно влияет на рост и развитие растений. Одним из главных генов чувствительности к фотопериоду является Ppd-D1, расположенный на хромосоме 2D. Цель работы состояла в определении аллельного состояния и молекулярной структуры гена Ppd-D1 в образцах из коллекции Ae. tauschii с разными сроками цветения и в 29 украинских сортах мягкой пшеницы. Методы. Аллель-специфичная ПЦР с праймерами к гену Ppd-D1, секвенирование и Blast-анализ. Результаты. Исследована коллекция образцов Ае. tauschii и ряд сортов озимой и яровой мягкой пшеницы, определена молекулярная структура аллельных вариантов (414, 429 и 453 п. н.) гена Ppd-D1b в коллекции Ae. tauschii. Выводы. У исследованых сортов озимой мягкой пшеницы присутствует аллель Ppd-D1a, а среди яровых сортов у 60 % определен аллель Ppd-D1b (размер продуктов амплификации 414 п. н.). Blast-анализом нуклеотидных последовательностей этого гена из банков данных в сравнении с референсной последовательностью образца k-1322 из коллекции Ae. tauschii показан высокий уровень гомологии (от 80 до 100 %) между последовательностями генов PRR, характерных для Аи D-геномов представителей родов Triticum и Aegilops. Ключевые слова: Аеgilops tauschii, мягкая пшеница, алель-специфичная ПЦР, Ppd-D1. 2012-01-01T00:00:00Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/156828 Bioaffinity sorbent based on immobilized protein A Staphylococcus aureus: development and application Gorbatiuk, O.B.; Tsapenko, M.V.; Pavlova, M.V.; Okunev, O.V.; Kordium, V.A. Цель. Создание биоаффинного сорбента на основе ориентированно иммобилизованного белка А Staphylococcus aureus (SPA) через два целлюлозосвязывающих домена (СBD) Clostridium thermocellum и его применение для очистки антител. Методы. С использованием последовательностей ДНК, кодирующих SPA и два СBD, сконструирован ген слитного белка SPA-CBD2 и обеспечено его получение в растворимой форме экспрессией в клетках Escherichia coli. Целевой белок иммобилизовали методом биоаффинного связывния на микрокристаллической целлюлозе. Результаты. Установлены такие характеристики биоаффинного сорбента, как емкость (1 мг SPA-CBD2 /1 мл целлюлози), динамическая емкость (3 мг иммуноглобулинов мыши/1 мл сорбента) и продуктивность, а также показана его стабильность при долгосрочном хранении. С помощью биоаффинного сорбента выделены фракции иммуноглобулинов с чистотой более 95 %. Определено, что очищенные таким способом антитела с высокой чувствительностью выявляют соответствующие антигены. Выводы. Предложенный биоаффинный сорбент позволяет получать очищенные функционально активные полии моноклональные антитела, а также проводить фракционирование на подклассы иммуноглобулинов G мыши. Ключевые слова: антитела, белок А, целлюлозосвязывающий домен, иммобилизация белка, аффинная хроматография.; Мета. Створення біоафінного сорбента на основі орієнтовано іммобілізованого білка А Staphylococcus aureus (SPA) через два целюлозозв’язувальних домени (СBD) Clostridium thermocellum та його застосування для очищення антитіл. Методи. З використанням послідовностей ДНК, кодуючих SPA і два СBD, сконструйовано ген злитого білка SPA-CBD2 та забезпечено його отримання в розчинній формі експресією у клітинах Escherichia coli. Цільовий білок іммобілізовано методом біоафінного зв’язування на мікрокристалічній целюлозі. Результати. Встановлено такі характеристики біоафінного сорбента, як ємність (1 мг SPACBD2/1 мл целюлози), динамічна ємність (3 мг імуноглобулінів миші/1 мл сорбента) і продуктивність, а також показано його стабільність при тривалому зберіганні. За допомогою біоафінного сорбента виділено фракції імуноглобулінів з чистотою понад 95 %. Визначено, що очищені у такий спосіб антитіла з високою чутливістю виявляють відповідні антигени. Висновки. Запропонований біоафінний сорбент дозволяє отримувати очищені функціонально активні поліі моноклональні анттіла, а також проводити фракціонування на підкласи імуноглобулінів G миші. Ключові слова: антитіла, білок А, целюлозозв’язувальний домен, іммобілізація білка, афінна хроматографія.; Aim. The obtaining of bioaffinity sorbent based on the immobilized protein A of S. aureus (SPA) using two cellulose-binding domains (CBD), and its application for purification of antibodies. Methods. The DNA sequences encoding SPA and two CBD were genetically fused, expressed in the high-productive Escherichia coli system and the protein SPA-CBD2 was obtained in a soluble form. The SPA-CBD2 fusion protein was affinity immobilized on the microcrystalline cellulose. Results. Capacity of bioaffinity sorbent (1 mg SPA-CBD2/1 ml CC31-cellulose), dynamic capacity (3 mg mouse IgG/1 ml bioaffinity sorbent), efficiency and stability during prolonged storage were determined. The bioffinity sorbent was used for purification of antibodies. The purity of antibodies in eluted fractions was more than 95 %. The purified antibodies detected target antigens with a high sensitivity. Conclusions. The designed bioaffinity sorbent provides obtaining pure poly- and monoclonal antibodies in functionally active form and can be useful for the fractionation of mouse immunoglobulin G. Keywords: antibodies, protein A, cellulose-binding domain, protein immobilization, affinity chromatography. 2012-01-01T00:00:00Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/156827 Action of booster immunization with E2 CSFV on immune response elicited by marker DNA-vaccine against CSF Pokholenko, Ia.O.; Gulko, T.P.; Deryabina, O.G.; Kordium, V.A. Цель. Исследовать влияние бустерной иммунизации рекомбинантным фрагментом Е2 ВКЧС на гуморальный иммунный ответ, индуцированный кандидатной маркированной ДНК-вакциной против КЧС. Методы. Наличие фрагмента гена Е2 ВКЧС детектировали методом ПЦР, а экспрессию белка – продукта этого гена – иммуногистохимическим методом. Титр антител, специфичных к целевому антигену, в сыворотке крови после иммунизации определяли с использованием ИФА. Результаты. Продемонстрировано, что кандидатная маркированная ДНК-вакцина трансфецирует in situ миоциты бицепса. На основе данных иммуногистохимического анализа установлено, что с введенной плазмидной конструкции осуществляется экспрессия фрагмента Е2 ВКЧС. Бустерная иммунизация рекомбинантным фрагментом Е2 ВКЧС после двух иммунизаций маркированной ДНК-вакциной приводит к увеличению титра антител к целевому антигену по сравнению с трехкратной иммунизацией ДНК-вакциной. Выводы. Результаты проведенных исследований свидетельствуют о том, что использование бустерной иммунизации рекомбинантным фрагментом Е2 способствует усилению гуморального иммунного ответа на кандидатную маркированную ДНК-вакцину против КЧС. Ключевые слова: маркированная ДНК-вакцина, бустерная иммунизация, гуморальный иммунный ответ, вирус классической чумы свиней.; Мета. Дослідити вплив бустерної імунізації рекомбінантним фрагметом Е2 ВКЧС на гуморальну імунну відповідь, індуковану кандидатною маркованою ДНК-вакциною проти КЧС. Методи. Наявність фрагмента гена Е2 ВКЧС детектували методом ПЛР, а експресію білка – продукту цього гена – імуногістохімічним методом. Титр антитіл, специфічних до цільового антигену, у сироватці крові після імунізації визначали, використовуючи ІФА. Результати. Продемонстровано, що кандидатна маркована ДНКвакцина in situ трансфікує міоцити біцепса. На основі даних імуногістохімічного аналізу встановлено, що з введеної плазмідної конструкції здійснюється експресія фрагмента Е2 ВКЧС. Бустерна імунізація рекомбінантним Е2 ВКЧС після двох імунізацій маркованою ДНК-вакциною спричиняє зростання титру антитіл до цільового антигену у порівнянні з триразовою імунізацією ДНК-вакциною. Висновки. Результати проведених досліджень свідчать про те, що використання бустерної імунізації рекомбінантним фрагментом Е2 сприяє посиленню гуморальної імунної відповіді на кандидатну марковану ДНК-вакцину проти КЧС. Ключові слова: маркована ДНК-вакцина, бустерна імунізація, гуморальна імунна відповідь, вірус класичної чуми свиней.; The aim was to study the influence of booster immunization with recombinant fragment of E2 CSFV on humoral immune response, elicited by candidate marker DNA-vaccine against CSF. Methods. The fragment of E2 CSFV gene has been detected by PCR, and the expression of encoded protein – by immunohistochemical analysis. The anti-E2 antibodies in blood serum after immunization have been detected by ELISA. Results. It has been shown that candidate marker DNA-vaccine transfected myocytes of murine biceps in situ. The data of immuno-histochemical analysis revealed the expression of fragment of glycoprotein E2 CSFV from the plasmid introduced. The booster immunization with recombinant E2 led to the significant increase of the titer of antibodies specific to the antigen studied. Conclusions. The data obtained show that boosting with recombinant E2 enhances humoral immune response elicited by the candidate marker DNA-vaccine against CSF. Keywords: marker DNA-vaccine, booster immunization, humoral immune response, classical swine fever virus. 2012-01-01T00:00:00Z