http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/151204 2026-04-23T01:07:36Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/154138 Multisubunit complex eEF1H in human glial tumors: from mRNA to protein Veremieva, M.V.; Malysheva, T.A.; Zozulya, Y.P.; Rozumenko, V.D.; Sidorik, L.L.; Kavsan, V.M.; Negrutskii, B.S.; El'skaya, A.V. Aim. To investigate protein level of all subunits of the eukaryotic elongation translation factor eEF1H (eEF1A, eEF1Bα, eEF1Bβ and eEF1Bγ) in glial tumors of human brain in comparison with normal brain. Methods. The eEF1H components content has been investigated in human glioblastoma clinical samples by Western blot analysis. Results. To determine the eEF1Bα, eEF1Bβ and eEF1Bγ content, the polyclonal antibodies against all eEF1H subunits were obtained. The tendency of the eEF1Bγ protein level to increase in glioblastomas was observed. There were no significant differences in the eEF1A, eEF1Bα and eEF1Bβ protein contents. Conclusions. In the previous report we analysed the expression of all eEF1H subunits in human glial brain tumor on the mRNA level. This study showed that eEF1Bγ was overexpressed while no significant changes in other eEF1H subunits were observed. It suggests a possible function of eEFBγ which is cancer-related and is not connected with the functioning of eEF1H complex in translation.; Мета. Проаналізувати вміст усіх субодиниць фактора елонгації трансляції eEF1H (eEF1A, eEF1Bα, eEF1Bβ і eEF1Bγ) в гліальних пухлинах головного мозку людини порівняно з умовною нормою. Методи. Компоненти комплексу eEF1H досліджували у клінічних зразках гліальних пухлин людини Вестерн-блот-аналізом. Результати. Для визначення вмісту білків eEF1Bα, eEF1Bβ і eEF1Bγ отримано поліклональні антитіла до цих субодиниць. Спостерігали тенденцію до підвищення рівня білка eEF1B в гліобластомах. Відмінності в рівні білків eEF1A, eEF1Bα та eEF1Bβ в гліальних пухлинах у порівнянні з умовною нормою виявилися несуттєвими. Висновки. Ця робота є продовженням попередніх досліджень, де вивчали рівень мРНК, які кодують субодиниці комплексу eEF1H у пухлинах головного мозку людини. Виявлене зростання концентрації білка eEF1Bγ в гліобластомах, що відбувалося на фоні практичної відсутності розбіжностей в експресії інших субодиниць комплексу, може свідчити про виконання субодиницею eEF1Bγ певної пухлинозалежної ролі, окремої від трансляційної функції комплексу eEF1H.; Цель. Проанализировать содержание всех субъединиц фактора элонгации трансляции eEF1H (eEF1A, eEF1Bα, eEF1Bβ и eEF1Bγ) в глиальных опухолях головного мозга человека по сравнению с условной нормой. Методы. Компоненты комплекса eEF1H исследовали в клинических образцах глиальных опухолей человека Вестерн-блот-анализом. Результаты. Для определения содержания белков eEF1Bα, eEF1Bβ и eEF1Bγ получены поликлональные антитела против этих субъединиц. Наблюдалась тенденция к повышению уровня белка eEF1Bγ в глиобластомах. Отличия в уровнях белков eEF1A, eEF1Bα и eEF1Вβ оказались несущественными. Выводы. Эта работа продолжает предыдущие исследования по изучению уровня мРНК, кодирующих субъединицы комплекса eEF1H в опухолях головного мозга человека. Выявленное увеличение концентрации белка eEF1Bγ в глиобластомах, происходящее на фоне практически отсутствующих изменений в уровнях экспрессии других субъединиц комплекса, может указывать на выполнение субъединицей eEF1Bγ определенной опухоль-зависимой роли, отдельной от трансляционного комплекса eEF1H. 2010-01-01T00:00:00Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/154136 Ischemic stroke in Ukrainian population: possible involvement of the F2 G20210A, F5 G1691A and MTHFR C677T gene variants Tatarskyy, P.F.; Kucherenko, A.M.; Kravchenko, S.A.; Shulzhenko, D.V.; Kuznetsova, S.M.; Livshits, L.A. Aim. To evaluate a possible involvement of the F2, F5, MTHFR gene variants into ischemic stroke pathogenesis in population of Ukraine. Methods. Polymorphic variants were analyzed in unrelated 183 stroke patients, 100 individuals from the general population of Ukraine and 88 healthy individuals elder than 65 years using PCR followed by RFLP analysis. Results. Unfavourable polymorphic variants F2 20210A, F5 1691A and MTHFR 677T were observed more frequently in patients with ischemic stroke comparing to control groups. Conclusions. F5 1691A and MTHFR 677T polymorphic variants are associated with the occurrence of ischemic stroke in women. F2 20210A is associated with the occurrence of ischemic stroke in men. Cumulative risk factor for stroke development is revealed in a combination of unfavorable polymorphic variants 20210A, 1691A and 677T of F2, F5 and MTHFR genes.; Мета. Провести аналіз зв’язку поліморфнних варіантів генів F2, F5, MTHFR та патогенезу інсульту серед населення України. Методи. Алельні варіанти визначали серед 183 неспоріднених пацієнтів з інсультом, 100 індивідуумів із загальної популяції та 88 – здорових індивідуумів старших 65 років, методом ПЛР та ПДРФ-аналізу. Результати. «Несприятливі» поліморфні варіанти F2 20210A, F5 1691A та MTHFR 677T спостерігалися частіше серед пацієнтів з ішемічним інсультом порівняно з контрольними групами. Висновки. Поліморфні варіанти F5 1691A та MTHFR 677Т асоційовані з випадками ішемічного інсульту у жінок, варіант F2 20210A – з випадками ішемічного інсульту у чоловіків. Комбінація виявлених мутантних варіантів 1691А, 20210А і 677T генів F5, F2 і MTHFR проявляється як адитивний фактор ризику виникнення инсульту.; Цель. Провести анализ ассоциации полиморфных вариантов генов F2, F5, MTHFR и патогенеза инсульта среди населения Украины. Методы. Аллельные варианты анализировали среди 183 неродственных пациентов с инсультом, 100 индивидуумов из общей популяции Украины и 88 здоровых индивидуумов старше 65 лет методами ПЦР и ПДРФ-анализа. Результаты. «Неблагоприятные» полиморфные варианты F2 20210A, F5 1691A и MTHFR 677T выявлялись чаще у пациентов с ишемическим инсультом по сравнению с контрольными группами. Выводы. Полиморфные варианты F5 1691A и MTHFR 677Т ассоциированы со случаями ишемического инсульта у женщин, вариант F2 20210A – со случаями ишемического инсульта у мужчин. Комбинации выявленных мутантных вариантов 1691А, 20210А и 677T генов F5, F2 и MTHFR проявляются как аддитивный фактор риска возникновения инсульта. 2010-01-01T00:00:00Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/154135 Identification of hierarchy of dynamic domains in proteins: comparison of HDWA and HCCP techniques Yesylevskyy, S.O. Aim. There are several techniques for the identification of hierarchy of dynamic domains in proteins. The goal of this work is to compare systematically two recently developed techniques, HCCP and HDWA,on a set of proteins from diverse structural classes. Methods. HDWA and HCCP techniques are used. The HDWA technique is designed to identify hierarchically organized dynamic domains in proteins using the Molecular Dynamics (MD) trajectories, while HCCP utilizes the normal modes of simplified elastic network models. Results. It is shown that the dynamic domains found by HDWA are consistent with the domains identified by HCCP and other techniques. At the same time HDWA identifies flexible mobile loops of proteins correctly, which is hard to achieve with other model-based domain identification techniques. Conclusion. HDWA is shown to be a powerful method of analysis of MD trajectories, which can be used in various areas of protein science.; Існує кілька методів для визначення ієрархії динамічних доменів у білках. Мета даної роботи полягала у проведенні систематичного аналізу двох нещодавно створених методів – HCCP та HDWA – на основі тестового набору білків з різних структурних класів. Методи. Використано методи HDWA та HCCP. Перший розроблено для визначення ієрархії доменів з використанням траєкторій молекулярної динаміки, тоді як другий грунтується на нормальних коливаннях спрощеної ела- стичної моделі білка. Результати. Встановлено, що динамічні домени, знайдені методом HDWA, добре узгоджуються з доменами, визначеними методом HCCP та із застосуванням інших підходів. У той же час HDWA правильно визначає рухливі петлі в білках, чого важко досягти іншим способом. Висновки. Показано, що HDWA є потужним методом аналізу траєкторій молекулярної динаміки для багатодоменних білків.; Существует несколько методов для определения иерархии динамических доменов в белках. Цель данной работы состояла в систематическом анализе двух недавно созданных методов – HCCP и HDWA – на основе тестового набора белков из разных структурных классов. Методы. Использованы методы HDWA и HCCP. Первый разработан для определения иерархии динамических доменов с использованием траекторий молекулярной динамики, тогда как второй основан на нормальных колебаниях упрощенной эластичной модели белка. Результаты. Установлено, что динамические домены, найденные методом HDWA, хорошо соответствуют доменам, определенным методом HCCP и с применением других подходов. В то же время HDWA правильно определяет подвижные петли в белках, чего трудно достичь другим способом. Выводы. Показано, что HDWA является мощным методом анализа траекторий молекулярной динамики для многодоменных белков. 2010-01-01T00:00:00Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/154134 Cтабільність мутагенних таутомерів урацилу та його галогенових похідних: результати квантово-механічного дослідження Броварець, О.О.; Говорун, Д.М. Мета. Дослідити квантово-механічними методами внутрішньомолекулярну таутомеризацію урацилу (Ura) та вплив на цей процес заміни метильної (Me) групи тиміну (Thy) на галоген. Методи. Неемпірична квантова механіка, аналіз топології електронної густини за Бейдером, фізико-хімічна кінетика. Результати. Вперше встановлено, що заміна Me-групи тиміну на галоген (Br, F, Cl) практично не впливає на основні фізико-хімічні характеристики внутрішньомолекулярної таутомеризації. Водночас енергія таутомеризації Ura у порівнянні з аналогічною величиною для Thy збільшується на 3,08 ккал/моль за нормальних умов. Висновки. Таким чином, Thy (на противагу від Ura), очевидно, здатний як канонічна нуклеотидна основа ДНК забезпечити разом із Ade, Gua і Cyt прийнятний рівень мінливості геному з точки зору його адаптаційного резерву. Мутагенна дія галогенпохідних Ura безпосередньо не пов’язана з їхньою таутомеризацією.; Aim. To investigate by quantum-mechanical methods the uracil (Ura) intramolecular tautomerisation and effect of changing the thymine (Thy) methyl (Me) group with halogen on this process. Methods. Non-empirical quantum mechanics, analysis of the electron density by means of Bader’s atom in molecules (AIM) theory and physical-chemical kinetics were used. Results. It has been established for the first time that the substitution of halogen (Br, F, Cl) for thymine Me-group has practically no effect on the main physical-chemical characteristics of the intramolecular tautomerisation. At the same time, the energy of Ura tautomerisation increases by 3.08 kcal/mole in comparison with the corresponding value for Thy under standard conditions. Conclusions. Thus, Thy, unlike Ura, is obviously able, as a canonical DNA nucleotide base, to provide together with Ade, Gua and Cyt an acceptable mutability degree of the genom from the point of view of its adaptation reserve. A mutagenic action of the Ura halogen derivatives is not directly associated with their tautomerisation.; Цель. Исследовать квантово-механическими методами внутримолекулярную таутомеризацию урацила (Ura) и влияние на этот процесс замещения метильной (Ме) группы тимина (Thy) на галоген. Методы. Неэмпирическая квантовая механика, анализ топологии электронной плотности по Бейдеру, физико-химическая кинетика. Результаты. Впервые установлено, что замещение Ме-группы тимина на галоген (Br, F, Cl) практически не влияет на основные физико-химические характеристики внутримолекулярной таутомеризации. В то же время энергия таутомеризации Ura в сравнении с аналогичной величиной для Thy возрастает на 3,08 ккал/моль при нормальных условиях. Выводы. Таким образом, Thy в отличие от Ura как каноническое нуклеотидное основание ДНК способен, очевидно, обеспечивать вместе с Ade, Gua и Cyt приемлемый уровень изменчивости генома с точки зрения его адаптационного резерва. Мутагенное действие галогенпроизводных Ura не связано непосредственно с их таутомеризацией. 2010-01-01T00:00:00Z