http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/151198 2026-04-15T11:34:20Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/154230 Application of equilibrium binding model for analysis of conformational transitions in poly(rA)poly(rU) complexes with metal ions Blagoi, Yu.P.; Egupov, S.A.; Usenko, E.L.; Gladchenko, G.O.; Sorokin, V.A. Aim. The study is aimed at generalization of the previous experimental results on the metal ion (Mg²⁺, Ni²⁺, Cd²⁺) effects on conformation transitions in poly(rA)poly(rU). The objective was to find out how the type of a metal ion-polynucleotide complex influences the phase transitions and to estimate the constants (K) of ions binding to polymers of different structures. Methods. The K values were obtained upon theoretical and experimental transition temperature fitting by the least-square method with the root mean square deviation minimized through the procedure of the gradient descent in the multidimensional space. Results. Calculations of diagrams with Mg²⁺ are shown to permit obtaining satisfactory results if concentration-independent, mean values of constants are used. For Ni²⁺ and Cd²⁺ the concentration dependence of K must be taken into account, especially for high ion contents at which compaction of single-stranded poly(rA) emerges. It was revealed that the main factor responsible for the differences in diagrams with Ni²⁺ and Cd²⁺ is a significant distinction of their constants of binding to poly(rA) and poly(rU). Conclusions. The model theory of equilibrium binding is capable to describe adequately conformation transitions in polynucleotides in the presence of metal ions.; Роботу присвячено узагальненню отриманих раніше експериментальних результатів щодо впливу іонів металів (Mg²⁺, Ni²⁺, Cd²⁺) на конформаційні переходи в poly(rA)poly(rU). Мета роботи полягала у з’ясуванні впливу типу комплексу іона металу з полінуклеотидом на вид фазового переходу і визначенні констант їхнього зв’язування (К) з полімерами різної структури. Методи. Величини К визначали підгонкою теоретично розрахованих значень температур переходів до експериментальних за методом найменших квадратів з мінімізацією середньоквадратичного відхилення методом градієнтного спуску в багатовимірному просторі. Результати. Розрахунки фазових діаграм за присутності іонів Mg²⁺ показали можливість одержання задовільних результатів при використанні постійних, незалежних від концентрації середніх значень констант. У разі Ni²⁺ і Cd²⁺ такі залежності мають бути враховані, особливо в межах великих концентрацій іонів, де відбувається компактизація однонитчастої poly(rA). Встановлено, що відмінність діаграм з Ni²⁺ і Cd²⁺ обумовлена значною різницею у їхніх константах зв’язування з poly(rA) та poly(rU). Висновки. Отримані результати свідчать про можливість успішного опису конформаційних переходів у полінуклеотидах за присутності іонів металів при використанні модельної теорії рівноважного зв’язування.; Работа посвящена обобщению полученных ранее экспериментальных результатов по влиянию ионов металлов (Mg²⁺, Ni²⁺, Cd²⁺) на конформационные переходы в poly(rA)poly(rU). Цель работы – выяснить, как тип комплекса иона металла с полинуклеотидом влияет на вид фазового перехода, и определить константы связывания (К) ионов с полимерами различной структуры. Методы. Значения К определяли подгонкой теоретически вычисленных значений температур переходов к экспериментальным по методу наименьших квадратов с минимизацией среднеквадратичного отклонения методом градиентного спуска в многомерном пространстве. Результаты. Расчеты фазовых диаграмм в присутствии Mg²⁺ показали возможность получения удовлетворительных результатов при использовании постоянных, не зависящих от концентрации средних значений констант. В случае Ni²⁺ и Cd²⁺ эту зависимость нужно учитывать, особенно в области больших концентраций ионов, где происходит компактизация однонитчатой poly(rA). Установлено, что отличие в диаграммах с Ni²⁺ и Cd²⁺обусловлено существенным различием их констант связывания с poly(rA) и poly(rU). Выводы. Полученные результаты свидетельствуют о возможности успешного описания конформационных переходов в полинуклеотидах в присутствии ионов металлов с помощью модельной теории равновесного связывания. 2010-01-01T00:00:00Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/154218 Некоторые аспекты репарации и редактирования РНК Ковальчук, М.В. Молекулы РНК в клетках повреждаются так же, как и молекулы ДНК, а иногда и намного масштабнее. В настоящем обзоре рассмотрены агенты, повреждающие РНК, и некоторые аспекты репарации и редактирования РНК, а также их отличие от механизмов репарации ДНК.; Молекули РНК у клітинах пошкоджуються так само, як і молекули ДНК, а інколи й набагато масштабніше. У представленому огляді розглянуто агенти, які пошкоджують РНК, та деякі аспекти репарації і редагування РНК, а також їхні відмінності від механізмів репарації ДНК.; All cellular RNA molecules are damaged at the scale of DNA molecules, or even more. In the present review the RNA damaging agents, some mechanisms of RNA repair and editing, their difference from DNA repair mechanisms have been discussed. 2010-01-01T00:00:00Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/154217 Genetic and epigenetic changes in malignant cells of tumors of urogenital organs Gordiyuk, V.V. More than 90 % of human malignant neoplasms are presented by epithelial tumors. Cancer of urogenital organs is a serious problem because of wide spread of disease and high mortality rates. Tumorogenesis is associated with different defects of genetic apparatus of cells as well as epigenetic factors (DNA methylation disorders, chromatin reorganizations in processes of histones modifications, regulation of gene expression with small non-coding RNAs). In this review we analyzed genetic and epigenetic changes in the urogenital tumors.; Більше 90 % злоякісних новоутворень людини становлять пухлини епітеліального походження. Рак органів урогенітальної сфери є значною проблемою через свою розповсюдженість і високий показник смертності. Виникнення пухлин обумовлено різними пошкодженнями генетичного апарату клітини, а також епігенетичними факторами (перебудови хроматину при модифікаціях гістонів, регуляція експресії генів за участі некодуючих малих РНК, порушення процесів метилювання ДНК). В огляді проаналізовано генетичні та епігенетичні зміни при раку органів урогенітальної сфери.; Более 90 % злокачественных новообразований у человека имеют эпителиальное происхождение. Рак органов урогенитальной сферы представляет серьезную проблему в связи с его распространенностью и высоким показателем смертности. Образование опухолей обусловлено различными повреждениями генетического аппарата клетки, а также эпигенетическими факторами (перестройки хроматина при модификациях гистонов, регуляция экспрессии генов с участием некодирующих малых РНК, нарушение процессов метилирования ДНК). В обзоре проанализированы генетические и эпигенетические изменения при раке органов урогенитальной сферы. 2010-01-01T00:00:00Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/154216 Взаимодействие бакуловирусов с клетками позвоночных в системе in vitro Соломко, А.П.; Захарук, Е.А.; Чащина, Л.И.; Строковская, Л.И. Проанализированы данные литературы относительно изучения новой векторной системы для клеток позвоночных, основанной на вирусах насекомых – бакуловирусах. Рассмотрены пути и механизмы проникновения рекомбинантных бакуловирусов в клетки, факторы, влияющие на эффективность трансдукции, принципы модификации вирусного дисплея, реакция разных типов клеток на внедрение вируса. Обсуждаются перспективы использования рекомбинантных бакуловирусов в клеточной инженерии.; Проаналізовано дані літератури стосовно вивчення нової векторної системи для клітин хребетних, заснованої на вірусах комах – бакуловірусах. Розглядаються шляхи та механізми проникнення рекомбінантних бакуловирусів у клітини, фактори, що впливають на ефективність трансдукції, принципи модифікації вірусного дисплея, реакція різних типів клітин на вбудовування вірусу. Обговорюються перспективи використання рекомбінантних бакуловірусів у клітинній інженерії.; In this review the literature data are analyzed relative to the study of a new vector system for the cells of vertebrates, based on the insect viruses – baculoviruses. The ways and mechanisms of recombinant baculoviruses penetration into cells, the factors, which influence the effectiveness of transduction, the principles of the modification of virus display, and the reaction of the different types of cells on virus introduction are examined. The prospects of using recombinant baculoviruses in cellular engineering are discussed. 2010-01-01T00:00:00Z