http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/151196 2026-04-22T05:02:08Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/153007 Визначення генів мішеней транскрипційного фактора ISGF-3 Токовенко, Б.Т.; Драгущенко, О.О.; Куклін, А.В.; Оболенська, М.Ю. Транскрипційний фактор ISGF-3 активується в результаті передачі сигналу від ІФНα домінуючим шляхом Jak-STAT. Мета роботи полягала у пошуку сайтів звязування ISGF-3, що дозволяє виявляти гени первинної відповіді на ІФНα. Методи. COTRASIF це веб-інструмент для всегеномного пошуку еволюційно консервтивних регуляторних ділянок у промоторах генів еукаріотів, що пропонує три методи позиційно-вагових матриць (ПВМ), гібридний метод на основі прихованих моделей Маркова (ПВМ-ПММ) та філогенетичний футпринтинг. Результати. Показано, що ме тод ПВМ-ПММ має вищу специфічність пошуку. Метод застосовано для виявлення генів мішеней транскрипційного фактора ISGF-3. Із за стосуванням філогенетичного футпринтингу сформовано групу зі 162 генів імовірної первинної відповіді на ІФНα. Розроблено та застосовано показник надійності виявлених генів-мішеней. Висновки. На основі результатів пошуку сайту звязування ISGF-3, статистичного аналізу з використанням Онтології Генів та обчислених показників надійності генів-мішеней 24 білок-кодуючих гени щура визначено як перспективні для вивчення первинної відповіді на ІФНα.; Aim. Transcription factor ISGF-3 is activated as a result of the signal transduction from IFNα via the dominating Jak-STAT pathway. The discovery of ISGF-3 binding sites will assist in identifying genes of primary response to IFNα. Methods. COTRASIF is a web-based tool for the genome-wide identification of the evolutionary-conservative regulatory sites in the promoters of eukaryotic genes. It offers 3 search methods: based on position-weight matrices (PWM), hybrid method based on hidden Markov models (PWM-HMM), and phylogenetic footprinting. Results. We have demonstrated that PWM-HMM method has higher search specificity, and used this method to identify the gene targets of ISGF-3 transcription factor. After applying phylogenetic foot-printing, we have obtained a list of 162 genes of putative primary response to IFNα. The reliability metrics to these gene targets has been developed and applied. Conclusions. Based on the search results, Gene Ontology over-representation analysis, and reliability metrics, we have identified 24 rat protein-coding genes as promising targets for further studies on the primary response to IFNα.; Транскрипционных факторов ISGF-3 активируется в результате передачи сигнала от ИФНα доминирующим путем Jak-STAT. Цель работы заключалась в поиске сайтов связывания ISGF-3, позволяет выявлять гены первичного ответа на ИФНα. Методы. COTRASIF - веб-инструмент для всегеномного поиска эволюционно консервтивних регуляторных участков в промоторов генов эукариот, предлагающий три метода позиционно-весовых матриц (ТСМ), гибридный метод на основе скрытых моделей Маркова (ТСМ-ГСМ) и филогенетический футпринтинг. Результаты. Показано, что метод ТСМ-ГСМ имеет высшую специфичность поиска. Метод применен для выявления генов мишеней транскрипционного фактора ISGF-3. С применением филогенетического футпринтинга сформирована группа из 162 генов вероятной первичного ответа на ИФНα. Разработан и применен показатель надежности выявленных генов-мишеней. Выводы. На основе результатов поиска сайта связывания ISGF-3, статистического анализа с использованием онтологии Генов и вычисленных показателей надежности генов-мишеней 24 белок-кодирующих гены крысы определены как перспективные для изучения первичного ответа на ИФНα. 2009-01-01T00:00:00Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/153005 Hsp90 molecular chaperone: structure, functions and participation in the cardio-vascular pathologies Kroupskaya, I.V. This review is devoted to analysis of structural and functional properties of molecular chaperon Hsp90. Hsp90 are highly widespread family of heat shock proteins . Protein is found in eubacteria and all branches of eukarya, but it is apparently absent in archaea. It is one of key regulators of numerous signalling pathways, cell growth and development, apoptosis, induction of autoimmunity and progression of heart failure. The full functional activity of Hsp90 shows up in a complex with other molecular chaperones and co-chaperones. Molecular interactions between chaperones, different signaling proteins and protein-partners are highly crucial for the normal functioning of signaling pathways and its destruction are causes the alteration of cell physiology up to its death.; Обзор посвящен анализу структурных и функциональных свойств молекулярного шаперона Hsp90. Hsp90 является представителем широко распространенного семейства белков теплового шока. Он обнаружен в бактериях и в эукариотах, но отсутствует в архебактериях, служит также одним из ключевых регуляторов многочисленных сигнальних путей, определяющих рост и развитие клеток, апоптоз, индукцию аутоиммунных реакций и прогрессию сердечной недостаточности. Полная функциональная активность этого белка проявляется в комплексе с другими молекулярними шаперонами и кошаперонами. Молекулярные взаимодействия между шаперонами, различными сигнальными белками и белками-партнерами критичны для нормального функционирования сигнальных путей, а нарушение их вызывает изменения в физиологии клетки вплоть до ее гибели.; Огляд присвячено аналізу структурних і функціональних властивостей молекулярного шаперону Hsp90. Hsp90 є представником широко розповсюдженої родини білків теплового шоку. Його знайдено в бактеріях та в еукаріотах, але він відсутній в архебактеріях, є одним із ключових регуляторів багаточисельних сигнальних шляхів, які обумовлюють ріст і розвиток клітин, апоптоз, індукцію автоімунних процесів і прогресію серцевої недостатності. Повна функціональна активність цього білка виявляється у комплексі з іншими молекулярними шаперонами та кошаперонами. Молекулярні взаємодії між шаперонами, різноманітними сигнальними білками і білками-партнерами критичні для нормального функціонування сигнальних шляхів, а їхнє порушення призводить до змін у фізіології клітини і навіть до її загибелі. 2009-01-01T00:00:00Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/153000 Semi-quantitative model of the gating of KcsA ion channel. 1. Geometry and energetics of the gating Kharkyanen, V.N.; Yesylevskyy, S.O.; Berezetskaya, N.M.; Boiteux, C.; Ramseyer, Ch. The aim of this series of papers is to develop the semi-quantitative theory of the gating of KcsA channel. For this purpose the available structural and electrophysiological data and the results of molecular dynamics simulations were used in the context of the concept of dynamical self-organization. In the first paper we describe the simplified model of the geometry and energetics of the gating process. This work is the first successful attempt of combining the structure and dynamics of a real protein and the general concept of dynamic self-organization.; Мета даної серії робіт полягає у розробці напівкількісної теорії воротних процесів в іонному каналі KcsA. Для цього залучено доступні експериментальні дані, а також результати молекулярної динаміки у контексті концепції динамічної самоорганізації. У першій роботі серії представлено спрощену модель геометрії та енергетики воротних процесів. Наведено першу успішну спробу об’єднання даних щодо структури та динаміки реального білка з концепцією динамічної самоорганізації.; Целью данной серии работ является разработка полуколи- чественной теории воротных процессов в ионном канале KcsA. Для этого использованы доступные экспериментальные данные, а также результаты молекулярной динамики в контексте концепции динамической самоорганизации. В первой работе серии представлена упрощенная модель геометрии и энергетики воротных процессов. Приведена первая успешная попытка объединения данных о структуре и динамике реального белка с концепцией динамической самоорганизации. 2009-01-01T00:00:00Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/152975 Materials of the Third Conference of Young Scientists, dedicated to Charles Darwin's 200th Birthday and the 150th Anniversary of the publication of his main book «On the Origin of Species by Means of Natural Selection, or the Preservation of Favoured Races in the Struggle for Life» (9-10 June 2009) 2009-01-01T00:00:00Z