http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/151245 2026-04-17T16:31:51Z 2026-04-17T16:31:51Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/152819 2019-06-13T22:26:23Z 2015-01-01T00:00:00Z

Strengthening Cooperation in Molecular Biomedicine between EU and Ukraine: the COMBIOM experience

2015-01-01T00:00:00Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/152818 2019-06-13T22:26:18Z 2015-01-01T00:00:00Z

«Biopolymers and Cell» celebrates its 30th anniversary!

2015-01-01T00:00:00Z Jurisic, A. Robin, C. Ogryzko, V. http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/152436 2019-06-12T22:25:39Z 2015-01-01T00:00:00Z

Topokaryotyping – a proposal for a novel approach to study nuclear organization Jurisic, A.; Robin, C.; Ogryzko, V. Gene positioning in the nucleus plays an important role in gene activity and genome stability, both in norm and pathology. We propose a new principle for the analysis of the large scale chromatin organization at the single-cell level, termed Topokaryotyping. It is based on coexpression in cells of (i) biotin ligase BirA targeted to a particular intranuclear domain (via its fusion with a protein-marker of this domain) together with (ii) BAP-histone fusion. The application of biotin pulse chase followed by (i) generation of mitotic spreads, (ii) detection of the biotin label and (iii) karyotyping technique to identify the chromosomes should provide information on the association of particular chromosome regions with the nuclear domain under study. We discuss potential advantages of the proposed approach as compared to other methods to study genome topology in the nucleus.; Позиція генів в ядрі критична для їх функціонування та стабільності геному, в нормальних і патологічних станах клітини. Ми пропонуємо новий принцип аналізу організації хроматину на ядерному рівні в індивідуальних клітках, званий Топокаріотіпірованіе. Він заснований на спільній експресії в клітинах (i) Біотин лігази BirA локалізованої в конкретному ядерному домені (за рахунок її фузірованія (злиття) з білком-маркером цього домену) і (ii) гістонові гена злитого з BAP доменом (пептидом-акцептором біотину). Мічення клітин біотином і їх подальша відмивання, за якою слідують (i) створення препаратів метафазних хромосом, (ii) детектування біотіновой мітки на хромосомах і (iii) каріотипування з метою ідентифікації хромосом - повинні надати інформацію про асоціацію даного хромосомного регіону з досліджуваним ядерним доменом. Ми обговорюємо потенційні переваги запропонованого методу з іншими підходами до вивчення топології генома в клітинному ядрі.; Позиция генов в ядре критична для их функционирования и стабильности генома, в нормальных и патологических состояниях клетки. Мы предлагаем новый принцип анализа организации хроматина на ядерном уровне в индивидуальых клетках, называемый Топокариотипирование. Он основан на совместной экспрессии в клетках (i) Биотин лигазы BirA локализованной в конкретном ядерном домене (за счет ее фузирования (слияния) с белком-маркером этого домена) и (ii) гистонового гена слитого с BAP доменом (пептидом-акцептором биотина). Мечение клеток биотином и их последующая отмывка, за которой следуют (i) создание препаратов метафазных хромосом, (ii) детектирование биотиновой метки на хромосомах и (iii) кариотипирование с целью идентификации хромосом – должны предоставить информацию об ассоциации данного хромосомного региона с исследуемым ядерным доменом. Мы обсуждаем потенциальные достоинства предлагаемого метода с другими подходами к изучению топологии генома в клеточном ядре.

2015-01-01T00:00:00Z Shevchenko, T.P. Tymchyshyn, O.V. AlDalain, E. Bysov, A.S. Budzanivska, I.G. Shevchenko, O.V. Polishchuk, V.P. http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/152435 2019-06-11T22:26:01Z 2015-01-01T00:00:00Z

The first evidence of subgroup IB isolates of Cucumber mosaic virus in Ukraine Shevchenko, T.P.; Tymchyshyn, O.V.; AlDalain, E.; Bysov, A.S.; Budzanivska, I.G.; Shevchenko, O.V.; Polishchuk, V.P. Aim. In current work, we proceeded with the strain attribution of Ukrainian isolates CMV based on the phylogenetic analysis of the partial sequences of the coat protein gene. Methods. ELISA, RT-PCR, DNA sequencing and phylogenetic analysis. Results. Cucumber mosaic virus (CMV) is widespread among the variety of crops from the Cucurbitaceae and Solanaceae families in Ukraine. The symptomatic samples from different regions of Ukraine were collected and tested for the presence of CMV. The coat protein (CP) gene of two isolates was amplified and sequenced. The partial nucleotide sequences of CP gene were determined and compared to those of other CMV strains belonging to the IA, IB and II subgroups. Comparison of the nucleotide sequences of Ukrainian isolates showed their similar identity percentages and close relationships with the subgroup IB strains from other countries. The highest nucleotide homology was shared with the strains ABI (Korea) and SD (China). Conclusions. Based on the highest identities of the coat protein gene sequences and close phylogenetic relationships with the subgroup IB members of CMV, the Ukrainian isolates under study were identified as belonging to the subgroup IB. Our findings show for the first time an occurrence of the IB subgroup isolates of CMV in Ukraine.; Мета. Встановлення штамової приналежності українських ізолятів вірусу огіркової мозаїки (ВОМ) на основі філогенетичного аналізу фрагмента послідовності гена капсидного білка. Методи. Імуноферментний аналіз (ІФА), полімеразна ланцюгова реакція зі зворотною транскрипцією (ЗТ-ПЛР), сиквенування ДНК та філогенетичний аналіз. Результати. ВОМ є широко розповсюдженим патогеном сільськогосподарських культур в Україні. Були відібрані й проаналізовані зразки рослин з вірусоподібними симптомами представників родин Cucurbitaceae і Solanaceae. Виходячи з результатів візуальної та серологічної діагностики, два зразки Lycopersicon esculentum і Cucurbita pepo з Полтавської області були обрані для подальших молекулярних досліджень. Були ампліфіковані й сиквеновані часткові послідовності гена капсидного білка. Отримані послідовності кДНК гена капсидного білка цих ізолятів порівняли з опублікованими в Генбанку послідовностями штамів ВОМ різних підгруп. Найбільша гомологія українських ізолятів продемонстрована зі штамами ВОМ підгрупи ІВ. Найбільш спорідненими до українських ізолятів виявилися штам АВІ з Кореї та штам SD з Китаю. Висновки. Спираючись на результати філогенетичного аналізу, можна стверджувати, що де­тек­товані українські ізоляти вірусу огіркової мозаїки належать до групи ІВ. Наші результати є першим по­відомленням про наявність ізолятів ВОМ підгрупи ІВ на території України.; Цель. Установить штаммовую принадлежности украинских изолятов вируса мозаики огурца (ВМО) на основании филогенетичного анализа частичной последовательности гена капсидного белка. Методы. Иммуноферментный анализ (ИФА), полимеразная цепная реакция с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР), секвенирование ДНК и филогенетический анализ. Результаты. ВМО широко распространён в Украине среди сельскохозяйственных культур. Были отобраны и проанализированы образцы растений с вирусоподобными симптомами семейств Cucurbitaceae и Solanaceae. На основе визуальной и серологической диагностики два образца Lycopersicon esculentum и Cucurbita pepo из Полтавской области были избраны для дальнейших молекулярных исследований. Были амплифицированы и секвенированы частичные последовательности гена капсидного белка. Проведено сравнение полученных последовательностей кДНК гена капсидного белка этих изолятов с опубликованными в Генбанке последовательностями штам­мов ВМО различных подгрупп. Наибольшая гомология украинских изолятов продемонстрирована с представителями подгруппы ІВ. Наиболее родственными к украинским изолятам показаны штаммы АВІ (Корея) и SD (Китай). Выводы. Исходя из результатов филогенетического анализа, украинские изоляты ВОМ принадлежат к подгруппе ІВ. Результаты этой работы являются первым свидетельством присутствия изолятов подгруппы ІВ ВМО на территории Украины.

2015-01-01T00:00:00Z