http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/151229 2026-04-12T15:58:51Z 2026-04-12T15:58:51Z Shved, A.D. Kukharenko, O.P. http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/152999 2019-06-13T22:29:03Z 2013-01-01T00:00:00Z

Development of the system for gene therapy of AIDS on the basis of antisense RNAs Shved, A.D.; Kukharenko, O.P. Based on adeno-associated virus derived plasmid construct that are able to synthesize in cells antisense RNAs directed against key genes of HIV. Gematopoietic human cells carrying the created structure, acquired resistance to HIV infection, as evidenced by the reduction in infectious titer of HIV in cell culture. The resulting system of intracellular resistance to retrovirus can be seen as a model of gene therapy of AIDS.; На базі аденоасоційованого вірусу отримано плазмідну конструкцію, здатну до синтезу в клітині антисенсових РНК, спрямованих проти ключових генів ВІЛ. Гемопоетичні клітині людини, що несуть в собі створену конструкцію, набувають стійкості до ВІЛ-інфекції, що засвідчує зниження інфекційного титру ВІЛ у культурі клітин. Одержану систему внутрішньоклітинної резистентності до ретровірусу можна розглядати як модель генотерапії СНІДу.; На базе аденоассоциированного вируса получена плазмидная конструкция, способная синтезировать в клетке антисмысловые РНК, направленные против ключевых генов ВИЧ. Гемопоетические клетки человека, несущие созданную конструкцию, приобретают устойчивость к ВИЧ-инфекции, о чем свидетельствует снижение инфекционного титра ВИЧ в культуре клеток. Полученную систему внутриклеточной резистентности к ретровирусу можна рассматривать как модель генотерапии СПИДа.

2013-01-01T00:00:00Z Tukalo, M.A. Yaremchuk, G.D. Kovalenko, O.P. Kriklivyi, I.A. Gudzera, O.I. http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/152997 2019-06-13T22:28:35Z 2013-01-01T00:00:00Z

Recognition of tRNAs with a long variable arm by aminoacyl-tRNA synthetases Tukalo, M.A.; Yaremchuk, G.D.; Kovalenko, O.P.; Kriklivyi, I.A.; Gudzera, O.I. In prokaryotic cells three tRNA species, tRNASer, tRNALeu and tRNATyr, possess a long variable arm of 11–20 nucleotides (type 2 tRNA) rather than usual 4 or 5 nucleotides (type 1 tRNA). In this review we have summarized the results of our research on the structural basis for recognition and discrimination of type 2 tRNAs by Thermus thermophilus seryl-, tyrosyl- and leucyl-tRNA synthetases (SerRS, TyrRS and LeuRS) obtained by X-ray crystallography and chemical probing tRNA in solution. Crystal structures are now known of all three aminoacyl-tRNA synthetases complexed with type 2 tRNAs and the different modes of tRNA recognition represented by these structures will be discussed. In particular, emphasis will be given to the results on recognition of characteristic shape of type 2 tRNAs by cognate synthetases. In tRNASer, tRNATyr and tRNALeu the orientation of the long variable arm with respect to the body of the tRNA is different and is controlled by different packing of the core. In the case of SerRS the N-terminal domain and in the case of TyrRS, the C-terminal domain, bind to the characteristic long variable arm of the cognate RNA, thus recognizing the unique shape of the tRNA. The core of T. thermophilus tRNALeu has several layers of unusual base-pairs, which are revealed by the crystal structure of tRNALeu complexed with T. thermophilus LeuRS and by probing a ligand-free tRNA by specific chemical reagents in solution. In the crystal structure of the LeuRS-tRNALeu complex the unique D-stem structure is recognized by the C-terminal domain of LeuRS and these data are in good agreement with those obtained in solution. LeuRS has canonical class I mode of tRNA recognition, approaching the tRNA acceptor stem from the D-stem and minor groove of the acceptor stem side. SerRS also has canonical class II mode of tRNA recognition and approaches tRNASer from opposite, variable stem and major groove of acceptor stem site. And finally, TyrRS in strong contrast to canonical class I system has class II mode of tRNA recognition.; У клітинах евкаріотів тРНК трьох специфічностей – тРНКSer, тРНКLeu і тРНКTyr – мають довгу варіабельну гілку довжиною 11–20 нуклеотидів (2-га група тРНК) на відміну від чотирьох або п’яти нуклеотидів 1-ї групи тРНК. Підсумовано результати наших досліджень структурних основ упізнавання і дискримінації тРНК 2-ї групи серил-, тирозил- і лейцил-тРНК синтетазами з Thermus thermophilus (СерРС, ТирРС і ЛейРС), отриманих методами рентгенівської кристалографії і хімічної модифікації тРНК у розчині. На сьогодні кристалічна структура відома для всіх трьох комплексів аміноацил-тРНК синтетаз з відповідними тРНК 2-ї групи, різні типи впізнавання яких обговорюються в огляді. Зокрема, особливу увагу приділено результатам аналізу впізнавання гомологічними синтетазами характерних рис просторової структури тРНК 2-ї групи. У тРНКSer, тРНКLeu і тРНКTyr орієнтація довгої варіабельної гілки відносно основного тіла тРНК відрізняється і контролюється різною упаковкою корової частини молекули. У разі СерРС N-кінцевий, а в разі ТирРС – C-кінцевий домени зв’язуються з певними структурами довгих варіабельних гілок гомологічних РНК, упізнаючи таким чином унікальну структурну форму тРНК. Корова частина тРНКLeu має кілька шарів незвичайних пар основ, виявлених при вивченні кристалографічної структури комплексу тРНКLeu з ЛейРС із T. thermophilus та при дослідженні вільної тРНК у розчині методом хімічної модифікації з використанням специфічних реагентів. У кристалографічній структурі комплексу ЛейРС-тРНКLeu унікальна будова D-стебла впізнається С-кінцевим доменом ЛейРС і ці дані добре узгоджуються з результатами, отриманими в розчині. ЛейРС притаманний канонічний для синтетаз І структурного класу тип упізнавання тРНК – з боку D-стебла і малої борозенки акцепторного стебла. Для СерРС також характерний канонічний для синтетаз ІІ структурного класу тип упізнавання тРНК – з протилежного боку, тобто з боку варіабельного стебла і великої борозенки акцепторного стебла. І, нарешті, ТирРС на відміну від канонічного для ферментів І класу типу має тип упізнавання тРНК, властивий синтетазам ІІ класу.; В клетках эукариотов тРНК трех специфичностей – тРНКSer, тРНКLeu и тРНКTyr – имеют длинную вариабельную ветку длиной 11–20 нуклеотидов (2-я группа тРНК) в отличие от четырех или пяти нуклеотидов 1-й группы тРНК. Суммированы результаты наших исследований структурных основ узнавания и дискриминации тРНК 2-й группы серил-, тирозил- и лейцил-тРНК синтетазами из Thermus thermophilus (СерРС, ТирРС и ЛейРС), полученные методами рентгеновской кристаллографии и химической модификации тРНК в растворе. На сегодня кристаллическая структура известна для всех трех комплексов аминоацил-тРНК синтетаз с соответствующими тРНК 2-й группы, разные типы узнавания которых обсуждаются в обзоре. В частности, особенное внимание уделено результатам анализа узнавания гомологичными синтетазами характерных черт пространственной структуры тРНК 2-й группы. У тРНКSer, тРНКLeu и тРНКTyr ориентация длинной вариабельной ветви относительно основного тела тРНК отличается и контролируется разной упаковкой коровой части молекулы. В случае СерРС N-концевой, а в случае ТирРС – C-концевой домены связываются с определенными структурами длинных вариабельных веток гомологичных РНК, узнавая тем самым уникальную структурную форму тРНК. Коровая часть тРНКLeu имеет несколько слоев необычных пар оснований, выявленных при изучении кристаллографической структуры комплекса тРНКLeu с ЛейРС из T. thermophilus и при исследовании свободной тРНК в растворе методом химической модификации с использованием специфических реагентов. В кристаллографической структуре комплекса ЛейРС–тРНКLeu уникальное строение D-стебля узнается С-концевым доменом ЛейРС и эти данные хорошо согласуются с результатами, полученными в растворе. ЛейРС свойствен канонический для синтетаз І структурного класса тип узнавания тРНК – со стороны D-стебля и малой бороздки акцепторного стебля. Для СерРС также характерный канонический для синтетаз ІІ структурного класса тип узнавания тРНК – с противоположной стороны, т. е. со стороны вариабельного стебля и большой бороздки акцепторного стебля. И, наконец, ТирРС в отличие от канонического для ферментов І класса типа имеет тип узнавания тРНК, присущий синтетазам ІІ класса.

2013-01-01T00:00:00Z Yarmoluk, S.M. Nyporko, A.Yu. Bdzhola, V.G. http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/152995 2019-06-13T22:29:02Z 2013-01-01T00:00:00Z

Rational design of protein kinase inhibitors Yarmoluk, S.M.; Nyporko, A.Yu.; Bdzhola, V.G. Modern methodological approaches to rational design of low molecular weight compounds with specific activity in relation to predetermined biomolecular targets are considered by example of development of high effective protein kinase inhibitors. The application of new computational methods that allow to significantly improve the quality of computational experiments (in, particular, accuracy of low molecular weight compounds activity prediction) without increase of computational and time costs are highlighted. The effectiveness of strategy of rational design is demonstrated by examples of several own investigations devoted to development of new inhibitors that are high effective and selective towards protein kinases CK2, FGFR1 and ASK1.; Сучасні методологічні підходи до раціонального дизайну низькомолекулярних сполук, що характеризуються специфічною активністю щодо заданих біомолекулярних мішеней, розглянуто на прикладі розробки високоефективних інгібіторів протеїнкіназ. Висвітлено нові обчислювальні методи, застосування яких дає змогу суттєво покращити якість комп’ютерних експериментів (зокрема, точність передбачення активності низькомолекулярних сполук) без збільшення розрахункових потужностей та витрати часу. Ефективність стратегії раціонального дизайну підтверджено низкою власних досліджень з розробки нових інгібіторів протеїнкіназ СК2, FGFR1 і ASK1.; Современные методологические подходы к рациональному дизайну низкомолекулярных соединений, характеризующихся специфической активностью по отношению к заданным биомолекулярным мишеням, рассмотрены на примере разработки высокоэффективных ингибиторов протеинкиназ. Освещены новые вычислительные методы, применение которых дает возможность значительно улучшить качество компьютерных экспериментнов (в частности, точность предсказания активности низкомолекулярных соединений) без увеличения расчетных мощностей и затрат времени. Эффективность стратегии рационального дизайна подтверждена рядом собственных исследований по созданию новых ингибиторов протеинкиназ СК2, FGFR1 и ASK1.

2013-01-01T00:00:00Z Livshits, L.A. Kravchenko, S.A. Nechyporenko, M.V. Pampukha, V.M. Hryshchenko, N.V. Livshyts, G.B. Soloviov, O.O. Tatarskyy, P.F. Fesai, O.A. Chernushyn, S.Yu. Kucherenko, A.M. Gulkovskyy, R.V. http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/152994 2019-06-13T22:28:56Z 2013-01-01T00:00:00Z

Human genome mutation and rearrangement studies – the way to investigate monogenic and complex disease pathogenesis Livshits, L.A.; Kravchenko, S.A.; Nechyporenko, M.V.; Pampukha, V.M.; Hryshchenko, N.V.; Livshyts, G.B.; Soloviov, O.O.; Tatarskyy, P.F.; Fesai, O.A.; Chernushyn, S.Yu.; Kucherenko, A.M.; Gulkovskyy, R.V. The summarized results of 25-year studies of department of human genomics of IMBG NASU are presented. The investigations were focused on identification of molecular genetic nature of human genome coding and non-coding region mutations (genetic polymorphisms) and rearrangements, their spectrum, and origin in Ukrainian population. The role of genome heterogeneity in some severe monogenic and complex disorder pathogenesis has been shown. The data concerning correlation between certain determinator gene mutations and phenotypical manifestation of most common in Ukraine monogenic diseases have been demonstrated. Moreover, the role of modifying genes in specific clinical phenotype variations has been shown. Origin of particular mutant alleles and main mechanisms of their frequency maintenance in Ukrainian population have been investigated. The data about association of some polymorphic variants with infertility, cardiovascular diseases (ischemic stroke) as well as mass infectious diseases (hepatitis C, AIDS) outcome and standard therapy efficiency have been presented. The first results and prospects for candidate genes of neurodegenerative disorders and intellectual disability search using whole genome CNVs screening are shown.; Підсумоввано результати 25-літніх досліджень співробітників відділу геноміки людини ІМБіГ НАН України, спрямованих на з’ясування молекулярно-генетичної природи, спектра і походження в популяції України мутацій (генетичних поліморфізмів) та реорганізацій кодуючих і некодуючих ділянок геному людини. Встановлено роль гетерогенності геному в патогенезі тяжких моногенних і мультифакторних патологій. Отримано дані щодо кореляції певних мутацій генів-детермінаторів з фенотиповими проявами моногенних захворювань, а також обговорено роль генів-модифікаторів у варіаціях клінічного фенотипу. Досліджено походження окремих мутантних алелів та знайдено основні закономірності процесів підтримання їхньої частоти в популяції України. Представлено дані стосовно асоціації деяких поліморфних варіантів з безпліддям, серцево-судинними захворюваннями (ішемічний інсульт), а також з масовими інфекційними хворобами (гепатит С, СНІД) та показано ефективність стандартної терапії. Продемонстровано перші результати і перспективи нової стратегії пошуку генів – маркерів нейродегенеративних захворювань та інтелектуальної недієздатності за рахунок повногеномного скринінгу геномних реорганізацій типу CNV.; Обобщены результаты 25-летних исследований сотрудников отдела геномики человека ИМБиГ НАН Украины, направленных на выяснение молекулярно-генетической природы, спектра и происхождения в популяции Украины мутаций (генетических полиморфизмов) и реорганизаций в кодирующих и некодирующих участках генома человека. Установлена роль гетерогенности генома в патогенезе тяжелых моногенных и мультифакторных патологий. Получены данные о корреляции определенных мутаций генов-детерминаторов с фенотипическими проявлениями моногенных заболеваний, а также обсуждена роль генов-модификаторов в вариациях клинического фенотипа. Исследовано происхождение отдельных мутантных аллелей и установлены основные закономерности процессов поддержания их частоты в популяции Украины. Представлены данные об ассоциации некоторых полиморфных вариантов с бесплодием, сердечно-сосудистыми заболеваниями (ишемический инсульт), а также с массовыми инфекционными болезнями (гепатит С, СПИД) и показана эффективность стандартной терапии. Продемонстрированы первые результаты и перспективы новой стратегии поиска генов – маркеров нейродегенеративных заболеваний и интеллектуальной недееспособности за счет полногеномного скрининга геномных реорганизаций типа CNV.

2013-01-01T00:00:00Z