http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/151222 2026-04-21T04:04:33Z 2026-04-21T04:04:33Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/156857 2019-06-19T22:28:59Z 2012-01-01T00:00:00Z

Саул Бенціонович Серебряний (до століття від дня народження)

2012-01-01T00:00:00Z Yesylevskyy, S.O. Hushcha, T.O. http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/156856 2019-06-19T22:28:58Z 2012-01-01T00:00:00Z

Conformational relaxations of human serum albumin studied by molecular dynamics simulations with pressure jumps Yesylevskyy, S.O.; Hushcha, T.O. Aim. In this work we developed a novel technique of obtaining the spectrum of conformational relaxations in a solvated protein using non-equilibrium molecular dynamics simulation. Methods. Structural relaxations in the protein are initiated by the abrupt jump of pressure in the NPT simulations. The change of the protein volume after the jump is monitored and the Maximum Entropy Method is used for spectral decomposition of the volume relaxation curve. The human serum albumin (HSA) is used as a test case. Results. The obtained relaxation spectrum of HSA contains one component attributed to the bulk water and five components caused by the relaxations of the protein globule and its hydration shell. All relaxation components are in good agreement with the available experimental data obtained by the time-resolved spectroscopy and the broadband acoustic spectroscopy of HSA. Conclusions. The developed technique allows obtaining spectra of conformational relaxations of soluble proteins in a range of time scales from ~0.1 ps to ~50 ns utilizing single non-equilibrium molecular dynamics simulation. Keywords: protein relaxations, molecular dynamics, maximum entropy method, pressure jump, HSA.; Мета. Розробка методики, що дозволяє отримувати спектри конформаційних релаксацій сольватованого білка методом нерівноважної молекулярної динаміки. Методи. Структурну релаксацію білка ініціювали різкою зміною тиску у процесі розрахунку в NPT- ансамблі. Проведено спектральну декомпозицію кривої зміни об’єму білка після стрибка тиску методом максимальної ентропії. Результати. Одержаний спектр релаксацій містить один компонент, що належить до чистої води, і п’ять компонентів, віднесених до білка та його гідратної оболонки. Конформації всіх компонентів відповідають структурам, отриманим методами оптичної і акустичної спектроскопії. Висновки. Розроблена методика дозволяє розраховувати спектри структурної релаксації сольватованих білків у діапазоні часів від ~0,1 пс до ~50 нс з однієї траєк- торії, одержаної методом нерівноважної молекулярної динаміки. Ключові слова: релаксація білка, молекулярна динаміка, метод максимальної ентропії, стрибки тиску, сироватковий альбумін людини.; Цель. Разработка новой методики получения спектра конформационных релаксаций сольватированного белка методом неравновесной молекулярной динамики. Методы. Структурную релаксацию белка инициировали резким изменением давления в процессе расчета в NPT-ансамбле. Проведена спектральная декомпозиция кривой изменения объема белка после скачка давления методом максимальной энтропии. В качестве тестового объекта использован сывороточный альбумин человека. Результаты. Полученный спектр релаксаций содержит один компонент, принадлежащий чистой воде, и пять компонентов, относящихся к белку и его гидратной оболочке. Конформации всех компонентов соответствуют таковым, полученным методами оптической и акустической спектроскопии. Выводы. Разработанная методика позволяет рассчитывать спектры конформационных релаксаций сольватированных белков в диапазоне времен от ~0,1 пс до ~50 нс из единственной траектории, вычисленной методом неравновесной молекулярной динамики. Ключевые слова: релаксация белка, молекулярная динамика, метод максимальной энтропии, скачки давления, сывороточный альбумин человека.

2012-01-01T00:00:00Z Palchykovska, L.G. Vasylchenko, O.V. Platonov, M.O. Kostina, V.G. Babkina, M.M. Tarasov, O.A. Starosyla, D.B. Samijlenko, S.P. Rybalko, S.L. Deriabin, O.M. Hovorun, D.M. http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/156855 2019-06-19T22:29:36Z 2012-01-01T00:00:00Z

Ò7 Evaluation of antibacterial and antiviral activity of N-arylamides of 9-methyl- and 9-methoxyphenazine-1-carboxylic acids – inhibitors of the phage T7 model transctiption Palchykovska, L.G.; Vasylchenko, O.V.; Platonov, M.O.; Kostina, V.G.; Babkina, M.M.; Tarasov, O.A.; Starosyla, D.B.; Samijlenko, S.P.; Rybalko, S.L.; Deriabin, O.M.; Hovorun, D.M. Aim. Search for compounds with antibacterial and antiviral properties among N-arylamides of 9-substituted phenazine-1-carboxylic acids (PCA), inhibitors of the RNA synthesis. Methods. Influence of N-aryl-amides on the RNA synthesis was tested in vitro in the model system of the DNA-dependent RNA polymerase of phage T7 (T7 RNAP). Antimicrobial activities of the N-arylamides against bacteria Erysipelothrix rhusiopathiae VR-2 var. IVM, Klebsiella spp. and Escherichia coli ATCC25922 were investigated by the method of two-fold dilution in a liquid medium. Antiviral effects against Bovine Viral Diarrhea Virus (BVDV) and cytotoxicity of the N-arylamides were evaluated using Madin-Darby bovine kidney (MDBK) cells. Results. Twenty N-arylamides appeared to be efficacious inhibitors of the RNA synthesis at concentrations of 0.48–61 µM. The compound 16 proved to be the most effective inhibitor of T7 RNAP with the IC50 value being 0.48 µM. Fourteen N-arylamides demonstrated antibacterial properties against gram positive and gram negative bacteria at the 0.1–10 µg/ml concentrations. A number of the N-arylamides revealed a multiplicity of their antimicrobial actions: 7 compounds against two bacteria and two compounds, 2 and 3, against three bacteria investigated. N-arylamides 16 and 26 showed high inhibitory activity as to BVDV with the IC50 values 0.43 and 0.88 µg/ml and SI values 160 and 10 correspondingly. Conclusions. The obtained data evidence that the most likely targets of the N-arylamides 9-substituted PCA in bacteria and viruses are their RNA synthesizing complexes. Keywords: N-arylamides 9-substituted PCA, model system of the DNA-dependent RNA-polymerase of phage T7, antibacterial activity, antiviral activity.; Мета. Пошук серед N-ариламідів 9-заміщених феназин-1-карбонових кислот (ФКК-1) – інгібіторів синтезу РНК – сполук з антибактерійними та антивірусними властивостями. Методи. Вплив N-ариламідів на синтез РНК in vitro визначали із застосуванням модельної системи ДНК-залежної РНК-полімерази бактеріофага Т7; антимікробну активність N-ариламідів – методом дворазових розведень у рідкому середовищі проти бактерій Erysipelothrix rhusiopathiae VR-2 var. IVM, Klebsiella spp. та Escherichia coli ATCC25922. Антивірусну дію щодо вірусу бичачої вірусної діареї (ВБВД) і цитотоксичність N-арил-амідів оцінювали на перещеплюваній лінії культури клітин нирки теляти. Результати. Двадцять N-ариламідів виявилися ефективними інгібіторами синтезу РНК у межах концентрацій 0,48–63 мкМ. Найвищу активність продемонструвала сполука 16, ІС50 якої становить 0,48 мкМ. Антибактерійні властивості стосовно грампозитивних і грамнегативних бактерій проявили 14 N-ариламідів при концентраціях 0,1– 10 мкг/мл. Для низки N-ариламідів встановлено множинний характер антибактерійної дії: сім сполук проти двох і дві (2 і 3) – проти трьох досліджуваних бактерій. N-ариламіди 16 і 26 виявили високу інгібіторну здатність проти ВБВД з показниками ІС50 0,43 і 0,88 мкМ і SІ > 160 і 10 відповідно. Висновки. Отримані результати дають підставу вважати, що вірогідними мішенями для N-ариламідів 9-заміщених ФКК-1 у бактерій і вірусіможуть бути є їхні РНК-синтезувальні комплекси. Ключові слова: N-ариламіди 9-заміщених ФКК-1, модельна система транскрипції фага Т7, антибактерійна активність, антивірусна активність.; Цель. Поиск среди 9-замещенных N-ариламидов феназин-1-карбоновой кислоты (ФКК-1) – ингибиторов синтеза РНК – соединений с антибактериальными и антивирусными свойствами. Методы. Влияние N-ариламидов на синтез РНК in vitro определяли с использованием модельной системы ДНК-зависимой РНК-полимеразы бактериофага Т7; антимикробную активность N-арил- амидов – методом двукратных розведений в жидкой среде против бактерий Erysipelothrix rhusiopathiae VR-2 var. IVM, Klebsiella spp. и Escherichia coli ATCC25922. Антивирусное действие по отношению к вирусу бычьей вирусной диареи (ВБВД) и цитотоксичность N-ариламидов оценивали на перевиваемой линии культуры клеток почки теленка. Результаты. Двадцать N-ариламидов оказались эффективными ингибиторами синтеза РНК в диапазоне концентраций 0,48–63 мкМ. Наивысшую активность продемонстрировало соединение 16, ІС50 которого составляет 0,48 мкМ. Антибактериальные свойства относительно грампозитивных и грамнегативных бактерий проявили 14 N-ариламидов в концентрациях 0,1–10 мкг/мл. Для ряда N-ариламидов установлен множественный характер антибактериального действия: семь соединений против двух, а два (2 и 3) – против трех исследуемых бактерий. N-ариламиды 16 и 26 выявили высокий ингибиторный потенциал против ВБВД с показателями ІС50 0,43 и 0,88 мкМ и SІ > 160 и 10 соответственно. Выводы. Полученные результаты дают основание полагать, что возможными мишенями для N-арил-амидов 9-замещенных ФКК-1 у бактерий и вирусов могут быть их РНК-синтезирующие комплексы. Ключевые слова: N-ариламиды 9-замещенных ФКК-1, модельная система транскрипции фага Т7, антибактериальная активность, антивирусная активность.

2012-01-01T00:00:00Z Andrianov, A.M. Anishchenko, I.V. Kisel, M.A. Kornoushenko, Yu.V. Nikolayevich, V.A. Eremin, V.F. Kucherov, I.I. Tuzikov, A.V. http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/156854 2019-06-19T22:29:12Z 2012-01-01T00:00:00Z

Computer-aided design of novel HIV-1 entry inhibitors blocking the virus envelope gp120 V3 loop Andrianov, A.M.; Anishchenko, I.V.; Kisel, M.A.; Kornoushenko, Yu.V.; Nikolayevich, V.A.; Eremin, V.F.; Kucherov, I.I.; Tuzikov, A.V. Aim. The object of this study was to implement computer-aided design of the water-soluble analog of glycolipid β -galactosylceramide (β-GalCer), which presents a potential HIV-1 entry inhibitor, by the analysis of intermolecular interactions of β-GalCer with the central region of the virus envelope gp120 V3 loop followed by synthesis of this glycolipid derivative and testing for antiviral activity. Methods. To reach the object of view, computer modeling procedures, such as quantum chemical calculations, molecular docking, molecular dynamics and free energy simulations, were involved in the studies in conjunction with chemical synthesis and anti-HIV-1 assay methods. Results. As a result, the high probability of exhibiting of antiviral activity was predicted for the designed β-GalCer analog. The data of molecular modeling were confirmed by those of primary medical trials of the synthesized compound. Conclusions. In the light of the findings obtained, the designed analog of β-GalCer may be considered as the basic structure for simulation of its more potent structural forms and for posterior selection of drug candidates most promising for synthesis and anti-HIV-1 assays. Keywords: HIV-1 gp120 V3 loop, glycolipids, computer modeling, chemical synthesis, anti-AIDS drugs.; Мета. На основі аналізу міжмолекулярних взаємодій гліколіпіду β-галактозилцераміду (β-GalCer) з центральною областю петлі V3 білка gp120 оболонки вірусу здійснити комп’ютерне конструювання водорозчинного аналога β-GalCer – потенційного інгібітора адсорбції ВІЛ-1 – з наступним синтезом цього похідного гліколіпіду і тестуванням на противірусну активність. Методи. Комп’ютерне моделювання: квантово-хімічні розрахунки, молекулярний докінг, молекулярна динаміка і оцінка вільної енергії утворення надмолекулярних структур, а також методи хімічного синтезу та тестування на анти-ВІЛ активність. Результати. Для сконструйованого аналога β-GalCer передбачено високу ймовірність прояву противірусної активності. Дані молекулярного моделювання підтверджено результатами первинних медичних випробувань синтезованої хімічної сполуки. Висновки. Отриманий аналог β-GalCer можна розглядати як базову структуру для моделювання його більш ефективних модифікованих форм і подальшого відбору молекул, перспективних для синтезу і тестування на анти-ВІЛ активність. Ключові слова: петля V3 білка gp120 ВІЛ-1, гліколіпіди, комп’ютерне моделювання, хімічний синтез, лікарські препарати проти СНІДу.; Цель. На основе анализа межмолекулярных взаимодействий гликолипида β-галактозилцерамида (β-GalCer) с центральной областью петли V3 белка gp120 оболочки вируса осуществить компьютерное конструирование водорастворимого аналога β-GalCer – потенциального ингибитора адсорбции ВИЧ-1 – с последующим синтезом этого производного гликолипида и тестированием на противовирусную активность. Методы. Компьютерное моделирование: квантово-химические расчеты, молекулярный докинг, молекулярная динамика и оценка свободной энергии образования надмолекулярных структур, а также методы химического синтеза и тестирования на анти-ВИЧ активность. Результаты. Для сконструированного аналога β-GalCer предсказана высокая вероятность проявления противовирусной активности. Данные молекулярного моделирования подтверждены результатами первичных медицинских испытаний синтезированного химического соединения. Выводы. Полученный аналог β-GalCer можно рассматривать как базовую структуру для моделирования его более эффективных модифицированных форм и последующего отбора молекул, перспективных для синтеза и тестирования на анти-ВИЧ активность. Ключевые слова: петля V3 белка gp120 ВИЧ-1, гликолипиды, компьютерное моделирование, химический синтез, лекарственные препараты против СПИДа.

2012-01-01T00:00:00Z