http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/151221 2026-04-21T04:04:33Z 2026-04-21T04:04:33Z Pydiura, N.A. Kornelyuk, A.I. http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/156942 2019-06-19T22:27:19Z 2012-01-01T00:00:00Z

Flexible 3D structure of Bos taurus tyrosyl-tRNA synthetase suggests the existence of the hinge mechanism provided by conservative Gly353 at interdomain linker Pydiura, N.A.; Kornelyuk, A.I. Mammalian tyrosyl-tRNA synthetase is composed of two structural modules: N-terminal catalytic miniTyrRS and non-catalytic cytokine-like C-terminal module connected by a flexible peptide linker. Till now, the 3D structure of any full-length mammalian TyrRS has not been solved by X-ray crystallography. The aim of this work was a homology modeling of 3D structure of full-lehgth B. taurus tyrosyl-tRNA synthetase. Methods. Homology modeling of TyrRS was performed by Modeller 9.1 package. Quality of the models was assessed using Biotech Validation Suite web-server. Results. Our BLAST search identified 34 % sequence homology between interdomain linker of TyrRS and linker of human c-Abl tyrosine kinase. In order to model the full-length TyrRS structure we assembled the models of three parts of the protein (N- and C- terminal domains and the linker) using Modeller 9.1 software. The best Abl-17 model structure was refined by energy minimization. Conclusions. High flexibility of the interdomain linker can generate multiple conformations of TyrRS. The hinge mechanism at interdomain linker may be provided by conservative Gly353. It is proposed, that due to the linker flexibility an open extended conformation of TyrRS could transform into closed conformations in the enzyme-substrate complexes.; Тирозил-тРНК синтетаза (TyrRS) ссавців складається з двох структурних модулів: N-кінцевого каталітичного модуля (mini TyrRS) і некаталітичного цитокін-подібного C-кінцевого модуля, з’єднаних гнучким пептидним лінкером. До сьогодні просторову структуру повнорозмірної TyrRS ссавців не вирішено методом рентгенівської кристалографії. Мета цієї роботи полягала в моделюванні за гомологією просторової структури повнорозмірної TyrRS B. taurus. Методи. Моделювання за гомологією TyrRS проведено з використанням Modeller 9.1. Якість моделей оцінювали за допомогою Biotech Validation Suite web-сервера. Результати. За даними BLAST-пошуку визначено 34 %-ву гомологію послідовності міждоменного лінкера TyrRS і лінкера c-Abl тирозинкінази людини. Для моделювання структури повнорозмірної TyrRS ми зібрали модель з трьох фрагментів білка (N-і С-кінцевих доменів і міждоменного лінкера), використовуючи Modeller 9.1. Кращу модель структури Abl-17 уточнено методом мінімізації енергії. Висновки. Висока гнучкість міждоменного лінкера може призводити до формування множинних конформацій TyrRS. Шарнірний механізм у міждоменному лінкері, вірогідно, забезпечується консервативним залишком Gly353. Передбачається, що завдяки високій гнучкості міждоменного лінкера відкрита конформація TyrRS може переходити в закриту конформацію у ферментно-субстратних комплексах.; Тирозил-тРНК синтетаза (TyrRS) млекопитающих состоит из двух структурных модулей: N-концевого каталитического модуля (miniTyrRS) и некаталитического цитокин-подобного C-концевого модуля, соединенных гибким пептидным линкером. До настоящего времени пространственная структура полноразмерной TyrRS млекопитающих не решена методом рентгеновской кристаллографии. Цель данной работы состояла в моделировании по гомологии пространственной структуры полноразмерной TyrRS B. taurus. Методы. Моделирование по гомологии TyrRS выполнено с помощью пакета Modeller 9.1. Качество моделей оценивали с помощью Biotech Validation Suite web-сервера. Результаты. По данным BLAST-поиска определена 34 %-я гомология последовательности междоменного линкера TyrRS и линкера c-Abl тирозинкиназы человека. Для моделирования структуры полноразмерной TyrRS, мы собрали модель из трех фрагментов белка (N- и С-концевых доменов и междоменного линкера), используя Modeller 9.1. Лучшая модель структуры Abl-17 уточнена методом минимизации энергии. Выводы. Высокая гибкость междоменного линкера может приводить к формированию множественных конформаций TyrRS. Шарнирный механизм в междоменном линкере, вероятно, обеспечивается консервативным остатком Gly 353. Предполагается, что из-за высокой гибкости междоменного линкера открытая конформация TyrRS может переходить в закрытую конформацию в ферментно-субстратных комплексах.

2012-01-01T00:00:00Z Vislovukh, A.A. Shalak, V.F. Savytskyi, O.V. Kovalenko, N.I. Gralievska, N.L. Negrutskii, B.S. El’skaya, A.V. http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/156941 2019-06-20T22:26:55Z 2012-01-01T00:00:00Z

PTI-1: novel way to oncogenicity Vislovukh, A.A.; Shalak, V.F.; Savytskyi, O.V.; Kovalenko, N.I.; Gralievska, N.L.; Negrutskii, B.S.; El’skaya, A.V. Aim. The prostate tumor-inducing oncogene (PTI-1), presumably encoding a truncated form of eukaryotic translation elongation factor 1A1 (eEF1A1), was discovered as a gene overexpressed in prostate tumor samples and absent in normal tissues. The mechanism of PTI-1 oncogenicity remains obscure. Methods. Several bioinformatics methods were applied to analyze the PTI-1 mRNA structure, translation efficiency and coding potential. Results. In silico analysis of 5'UTR of its mRNA suggest that PTI-1 mRNA most probably belongs to the class of templates with low translation efficiency. Additionally, novel open reading frame (ORF) starting with alternative initiation site situated upstream of the main ORF start codon was found. Finally, the peptide that does not resemble eEF1A1 but is partially homologous to relaxin can be synthesized. Conclusions. We suggest that the alternative upstream start codon may initiate synthesis of a peptide (uPTI-1) homologous to relaxin, the hormone shown to promote the prostate cancer progression. uPTI-1 protein may interact with the respective relaxin-specific receptors, suggesting that the tumorigenic outcome of PTI-1 is possibly realized via the relaxin-dependent pathway. Keywords: prostate cancer, PTI-1, eEF1A1, non-coding RNA, relaxin, ORF, uAUG.; Мета. Онкоген, який індукує рак простати (PTI-1), може кодувати вкорочену форму фактора елонгації eEF1A1. PTI-1 відкрито як ген, що надекспресується у зразках раку простати і не екпресується у нормальній тканині. Механізм онкогенної дії PTI-1 на сьогодні залишається нез’ясованим. Методи. Біоінформатичні методи застосовано для аналізу структури, ефективності трансляції і кодуючого потенціалу мРНК PTI-1. Результати. Аналізом in silico 5'UTR мРНК PTI-1 виявлено, що зазначений транскрипт належить до класу мРНК з низькою ефективністю трансляції. Додатково визначено нову відкриту рамку зчитування (ORF), яка починається з альтернативного старт-кодону і передує основній ORF. Пептид, що не має гомології з eEF1A1, але частково гомологічний релаксину, потенційно може синтезуватися з цієї альтернативної ORF. Висновки. Ми припустили, що з альтернативного старт-кодону починається синтез пептиду (uPTI-1), гомологічного релаксину, – гормону, що, як відомо, бере участь в індукції раку простати. Білок uPTI-1 може взаємодіяти з відповідним рецептором клітини, специфічним для релаксину, спричиняючи її трансформацію. Таким чином, онкогенна дія гена PTI-1 може реалізуватися релаксин-опосередкованим шляхом. Ключові слова: рак простати, PTI-1, eEF1A1, некодуюча РНК, релаксин, ORF, uAUG.; Цель. Онкоген, индуцирующий рак простаты (PTI-1), может кодировать укороченную форму фактора элонгации eEF1A1. PTI-1 открыт как ген, сверхэкспрессирующийся в образцах рака простаты и не экспрессирующийся в нормальной ткани. Механизм онкогенного действия PTI-1 на сегодня остается неизвестным. Методы. Биоинформатические методы применены для анализа структуры, эффективности трансляции и кодирующего потенциала мРНК PTI-1. Результаты. С использованием анализа in silico 5'UTR мРНК PTI-1 виявлено, что указанный транскрипт принадлежит к классу мРНК с низкой эффективностью трансляции. Дополнительно определена новая открытая рамка считывания (ORF), начинающаяся с альтернативного старт-кодона и находящаяся перед основной ORF. Пептид, не имеющий гомологии с eEF1A1, но частично гомологичный релаксину, потенциально может синтезироваться с этой альтернативной ORF. Выводы. Мы предположили, что с альтернативного старт-кодона начинается синтез пептида (uPTI-1), гомологичного релаксину, – гормону, участвующему, как известно, в индукции рака простаты. Белок uPTI-1 может взаимодействовать с соответствующим рецептором клетки, специфическим для релаксина, приводя к ее трансформации. Таким образом, онкогенное действие гена PTI-1 может реализоваться релаксин-опосредованным путем. Ключевые слова: рак простаты, PTI-1, eEF1A1, некодирующая РНК, релаксин, ORF, uAUG.

2012-01-01T00:00:00Z Chaban, T.I. Panchuk, R.R. Klenina, O.V. Skorokhyd, N.R. Ogurtsov, V.V. Chaban, I.G. http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/156904 2019-06-19T22:26:45Z 2012-01-01T00:00:00Z

Synthesis and evaluation of antitumor activity of some thiazolo[4,5-b]pyridines Chaban, T.I.; Panchuk, R.R.; Klenina, O.V.; Skorokhyd, N.R.; Ogurtsov, V.V.; Chaban, I.G. Aim. To synthesize a series of novel 3H-thiazolo[4,5-b]pyridine-2-ones by structural modification of the core heterocycle in its N3- and N6-positions and to evaluate their anticancer activity in vitro on several tumor cell lines. Methods. Organic synthesis, 1 H-NMR spectroscopy, trypan blue cell viability assay. Results. A new convenient synthetic approach was developed and optimized conditions were studied for the reaction of preparation of 3Hthiazolo[4,5-b]pyridin-2-one derivatives. 5,7-Dimethyl-3H-thiazolo[4,5-b]pyridin-2-one and 6-phenylazo-5,7- dimethyl-3H-thiazolo[4,5-b]pyridin-2-one were obtained by [3 + 3]cyclocondensation of 4-iminothiazolidone2 with acetylacetone and -phenylazoacetylacetone in methanol medium in the presence of sodium methylate. They were used as starting compounds for further structural modification of the core thiazolo[4,5-b]pyridine heterocycle in its 3- and 6-positions. On the basis of in vitro cytotoxicity studies of synthesized compounds several structure-functional relationships underlying anticancer potential of 5,7-dimethyl-3H-thiazolo[4,5-b]pyridin2-one derivatives were identified. Conclusions. 3H-thiazolo[4,5-b]pyridin-2-one can be considered as a promising molecular scaffold for rational design of potential anticancer drug candidates. Introduction of phenylazo substitute at C6-position of 3H-thiazolo[4,5-b]pyridin-2-one proved to be the most efficient, as it led to 3-fold increase of its anticancer potential. Keywords: thiazolo[4,5-b]pyridines, [3+ 3]cyclocondensation, structural modification, antitumor activity; Мета. Синтезувати серію нових похідних 3H-тіазоло[4,5-b]піридин-2-ону, модифікуючи структуру базового гетероциклу за 3-м і 6-м положеннями. Дослідити протипухлинну активність одержаних сполук in vitro на деяких лініях злоякісних клітин ссавців. Методи. Органічний синтез, ПМР-спектроскопія, визначення життєздатності клітин за їхнім забарвленням трипановим синім. Результати. Запропоновано зручний синтетичний підхід і знайдено оптимальні умови для проведення реакцій отримання 3H-тіазоло[4,5-b]піридин-2-онів. Реакцією [3 + 3] циклоконденсації 4-іміно-2-тіазолідону з ацетилацетоном і фенілазоацетилацетоном у середовищі метанолу за присутності метилату натрію одержано 5,7-диметил-3H-тіазоло[4,5-b]піридин-2-он і 6-фенілазо-5,7-диметил-3H-тіазоло[4,5-b]піридин-2-он, які використано як вихідні речовини для майбутньої структурної модифікації базового тіазоло[4,5-b]піридинового гетероциклу за 3-м і 6-м положеннями. Введенням вихідних сполук у реакції ціаноетилювання з подальшим гідролізом отриманого продукту алкілування, яке відбувається через стадію одержання відповідних калійних солей, з наступним гідразинолізом продуктів, а також у реакцію відновлювального розщеплення з дальшим ацилюванням продуктів одержано серію нових похідних 3H-тіазоло[4,5-b]піридин-2-ону. Висновки. Тіазоло[4,5-b]піридин-2-он можна вважати перспективним молекулярним каркасом, що дозволяє застосовувати зазначену конденсовану систему для раціонального дизайну потенційних лікарських засобів з широким спектром різних видів біологічної активності. Найефективнішим виявилося введення в 6-те положення тіазоло[4,5-b]піридин-2-ону фенілазо замісника, що дало можливість утричі підвищити його протипухлинний потенціал. Ключові слова: тіазоло[4,5-b]піридини, [3+3] циклоконденсація, структурна модифікація, протипухлинна активність.; Цель. Синтезировать серию новых производных 3H-тиазоло[4,5- b]пиридин-2-она, модифицируя структуру базового гетероцикла в 3-м и 6-м положениях. Исследовать противоопухолевую активность полученных соединений in vitro на некоторых линиях злокачестенных клеток млекопитающих. Методы. Органический синтез, ПМР-спектроскопия, определение жизнеспособности клеток окрашиванием трипановым синим. Результаты. Предложен удобный синтетический подход и установлены оптимальные условия для проведения реакций получения 3H-тиазоло[4,5-b]пиридин-2-онов. Реакцией [3+3] циклоконденсации 4-имино-2-тиазолидона с ацетилацетоном и фенилазоацетилацетоном в среде метанола в присутствии метилата натрия получены 5,7-диметил-3H-тиазоло[4,5-b]пиридин-2-он и 6-фенилазо-5,7-диметил- 3H-тиазоло[4,5-b] пиридин-2-он, которые использованы как исходные вещества для будущей структурной модификации базового тиазоло[4,5-b]пиридинового гетероцикла в 3-м и 6-м положениях. Введением исходных соединений в реакции цианоэтилирования с последующим гидролизом полученного продукта алкилирования, проходящего через стадию выделения соответствующих калийных солей, с дальнейшим гидразинолизом продуктов, а также в реакцию восстановительного расщепления со следующим ацилированием продуктов получена серия новых производных 3H-тиазоло[4,5-b]пиридин-2-она. Выводы. Тиазоло[4,5-b]пиридин- 2-он можна считать перспективным молекулярным каркасом, позволяющим использовать указанную конденсированную систему для рационального дизайна потенциальных лекарственных средств с широким спектром разных видов биологической активности. Наиболее эффективним оказалось введение в 6-е положение тиазоло[4,5-b]пиридин-2-она фенилазо заместителя, что дало возможность втрое повысить его противоопухолевый потенциал. Ключевые слова: тиазоло[4,5-b]пиридины, [3 + 3] циклоконденсация, структурная модификация, противоопухолевая активность.

2012-01-01T00:00:00Z Shyian, А. Kostianets, O.I. Tsuvariev, O.Yu. Stolyaruk, A.V. Antoniuk, A.V. Filonenko, V.V. Kiyamova, R.G. http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/156893 2019-06-19T22:25:37Z 2012-01-01T00:00:00Z

The peculiarities of gene expression of medullary breast carcinoma tumor-associated antigens in different types of breast tumors Shyian, А.; Kostianets, O.I.; Tsuvariev, O.Yu.; Stolyaruk, A.V.; Antoniuk, A.V.; Filonenko, V.V.; Kiyamova, R.G. Aim. To investigate gene expression profile of human medullary breast carcinoma’s tumor-associated antigens in different histological types of breast tumors. To analyze a correlation between alterations in gene expression level and induction of immune response against the corresponding antigens. Methods. Real-time polymerase chain reaction. Results. Differential gene expression profile of 6 (RAD50, HMGN2, RBPJ, PABPC4, BRAP, DEK) medullary breast carcinoma tumor-associated antigens have been revealed in breast tumors of different histological types. Correlation between changes in tumor-associated antigens gene expression level and induction of immune response has not been found. Conclusions. The genes of human medullary breast carcinoma tumor-associated antigens with differential expression profile in different histological types of breast tumors are potential diagnostic markers of breast cancer. Alteration of tumor-associated antigens gene expression level is not a prelude to an immune response against their corresponding protein products. Keywords: medullary breast carcinoma, tumor-associated antigens, immunoreactivity.; Мета. Дослідити особливості експресії генів дев’яти пухлиноасоційованих антигенів медулярної карциноми молочної залози (МКМЗ) у пухлинах молочної залози різних гістологічних типів і проаналізувати можливість існування кореляції між змінами в рівні експресії генів та наявністю імунної відповіді проти відповідних антигенів. Методи. Полімеразна ланцюгової реакції у режимі реального часу. Результати. Виявлено диференційний профіль експресії шести (RAD50, HMGN2, RBPJ, PABPC4, BRAP і DEK) з дев’яти досліджуваних генів у різних гістологічних типах пухлин молочної залози. Кореляції між змінами в рівні експресії генів та наявністю імунної відповіді проти відповідних антигенів не встановлено. Висновки. Гени RAD50, HMGN2, RBPJ, PABPC4, BRAP і DEK антигенів МКМЗ, які мають диференційний профіль експресії у різних гістологічних типах пухлин молочної залози, є потенційними діагностичними маркерами раку молочної залози. Встановлено, що зміна експресії досліджених генів не є обов’язковою умовою виникнення імунної відповіді проти їхніх білкових продуктів. Ключові слова: карцинома молочної залози, пухлиноасоційовані антигени, імунореактивність.; Цель. Исследовать особенности экспрессии генов девяти опухоль-ассоциированных антигенов медуллярной карциномы молочной железы (МКМЖ) в опухолях молочной железы разных гистологических типов и проанализировать возможность существования корреляции между изменениями в уровне экспрессии генов и наличием иммунного ответа против соответствующих антигенов. Методы. Уровень экспрессии генов изучали методом полимеразной цепной реакции в режиме реального времени. Результаты. Выявлен дифференциальный профиль экспрессии шести (RAD50, HMGN2, RBPJ, PABPC4, BRAP и DEK) из девяти исследуемых генов в различных гистологических типах опухолей молочной железы. Корреляции между изменениями в уровне экспрессии генов и наличием иммунного ответа против соответствующих антигенов не обнаружено. Выводы. Гены RAD50, HMGN2, RBPJ, PABPC4, BRAP и DEK антигенов МКМЖ, имеющих дифференциальный профиль экспрессии в различных гистологических типах опухолей молочной железы, являются потенциальными диагностическими маркерами рака молочной железы. Установлено, что изменение экспрессии исследованных генов не является обязательным условием возникновения иммунного ответа против их белковых продуктов. Ключевые слова: карцинома молочной железы, опухоль-ассоциированные антигены, иммунореактивность.

2012-01-01T00:00:00Z