http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/151212 2026-04-09T13:57:20Z 2026-04-09T13:57:20Z Balynska, O.V. Baklaushev, V.P. Areshkov, P.O. Avdieiev, S.S. Boyko, O.I. Chekhonin, V.P. Kavsan, V.M. http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/156396 2019-06-18T22:24:51Z 2011-01-01T00:00:00Z

Characterization of new cell line stably expressing CHI3L1 oncogene Balynska, O.V.; Baklaushev, V.P.; Areshkov, P.O.; Avdieiev, S.S.; Boyko, O.I.; Chekhonin, V.P.; Kavsan, V.M. Aim. To characterize the immortalized 293 cell line afterstable transfection with human oncogene (CHI3L1). Methods. 293 cells, stably transfected with pcDNA3.1_CHI3L1, and 293 cells, stably transfected with pcDNA3.1 as a negative control, were used throughout all experiments. The clones of CHI3L1-expressing 293 cells and 293 cells, transfected with pcDNA3.1, were analyzed by immunofluorescence and confocal microscopy. Cell proliferation was measured using MTT assay; analyses of ERK1/2 and AKT activation and their cellular localization were performed with anti-phospho-ERK and anti-phospho-AKT antibodies. Specific activation of MAP and PI3 kinases was measured by densitometric analysis of Western-blot signals. Results. The obtained results show quite modest ability of CHI3L1 to stimulate cell growth and reflect rather an improved cellular plating efficiency of the 293 cells stably transfected with pcDNA3.1_CHI3L1 as compared to the 293 cells transfected with an «empty» vector. ERK1/2 and AKT are activated in the 293_CHI3L1 cells. In these cells phosphorylated ERK1/2 were localized in both cell cytoplasm and nuclei while AKT only in cytoplasm. The 293_CHI3L1 cells differed from the 293 cells, transfected with an «empty» vector, in their size and ability to adhere to the culture plates. Conclusions. The overexpression of CHI3L1 is likely to have an important role in tumorigenesis via a mechanism which involves activation of PI3K and ERK1/2 pathways. The tumors which can be induced by orthotopic implantation of the transformed human cells with overexpressed human oncogene CHI3L1 into the rat brain can be used as a target for anticancer drug development. Key words: chitinase 3-like 1 protein (CHI3L1), brain tumor, MAP kinase, PI3 kinase.; Мета. Охарактеризувати імморталізовану клітинну лінію 293 після стабільної трансфекції онкогена CHI3L1. Методи. Клітини 293, стабільно трансфековані pcDNA3.1_CHI3L1, та клітини 293, стабільно трансфековані pcDNA3.1 як негативний контроль, використано в усіх експериментах. Клони 293 експресуючих CHI3L1 клітин та клітини 293, трансфековані «порожнім» вектором, проаналізовано методами імунофлуоресценції та конфокальної мікроскопії. Клітинну проліферацію визначено за допомогою MTT, активацію ERK1/2 i AKT та їxню локалізацію в клітинax – із застосуванням анти-фосфо-ERK- та анти-фосфо-AKT-антитіл. Специфічну активацію кіназ MAP і PI3 визначено денситометричним аналізом Вестерн-блот сигналів. Результати. Отримані результати демонструють помірну здатність CHI3L1 стимулювати клітинний ріст, алe відображають скоріше підвищену здатність до прикріплення 293 клітин, стабільно трансфекованих pcDNA3.1_CHI3L1 порівняно з клітинами 293, трансфекованими «порожнім» вектором. У 293_ CHI3L1 клітинах ERK1/2 та AKT перебувають в активованому стані. У цих клітинах фосфорильованi ERK1/2 локалізованi як у цитоплазмі, так і в ядрі, тоді як AKT – лише в цитоплазмі. 293_CHI3L1-клітини відрізняються від клітин 293_pcDNA3.1 за морфологією та їхньою здатністю до прикріплення до культуральних чашок. Висновки. Нaдeкспресія CHI3L1, очевидно, має важливе значення в пухлиноутворунні і опоседковується активацією PI3K- і MAPK- сигнальних шляхів. Пухлини, спричинені ортотопічною імплантацією трансформованих клітин людини з нaдекспресованимCHI3L1 у мозок щурів, стають вірогідною мішенню для антиракової терапії. Ключові слова: хітиназа 3-подібний білок 1 (CHI3L1), пухлини гoлoвного мозку, MAP-кіназа, PI3-кіназа.; Цель. Охарактеризовать иммортализованную клеточную линию 293 после стабильной трансфекции онкогена CHI3L1. Методы. Клетки 293, стабильно трансфецированные pcDNA3.1_CHI3L1, и клетки 293, стабильно трансфецированные pcDNA3.1 в качестве отрицательного контроля, использованы во всех экспериментах. Клоны 293_CHI3L1 и клетки 293_ pcDNA3.1 анализировали методами иммунофлюоресценции и конфокальной микроскопии. Клеточную пролиферацию определяли с помощью MTT, активацию и локализацию ERK1/2 и AKT анализировали с применением анти-фосфо-ERK- и анти-фосфо-AKT-антител. Специфическую активацию MAP- и PI3-киназ определяли денситометрическим анализом Вестерн-блот сигналов. Результаты. Полученные ре - зультаты демонстрируют умеренную способность CHI3L1 стимулировать клеточный рост и отражают скорее повышенную способность к прикреплению клеток, стабильно трансфецированных pcDNA3.1_CHI3L1 по сравнению с 293-клетками, транс - фецированными «пустым» вектором. ERK1/2 и AKT в клетках 293_CHI3L1 находятся в активированном состоянии. В этих клетках фосфорилированныe ERK1/2 локализованы как в цитоплазме, так и в ядре, в то время как AKT – только в цитоплазме. Клетки 293_CHI3L1 отличаются от клеток 293_pcDNA3.1 по морфологии и способности прикрепления к культуральным чашкам. Выводы. Сверхэкспрессия CHI3L1, очевидно, имеет важное значение в опухолеобразовании и опосредуется активацией PI3Kи MAPK-сигнальных путей. Опухоли, которые индуцируются ортотопической имплантацией трансформированных человеческих клеток со сверхэкспрессированным CHI3L1 в мозг крыс, мо - гут служить мишенью для антираковой терапии. Ключевые слова: хитиназа 3-подобный белок 1 (CHI3L1), опухоли гoлoвного мозга, MAP-киназа, PI3-киназа

2011-01-01T00:00:00Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/156395 2019-06-18T22:25:08Z 2011-01-01T00:00:00Z

Materials of the 5th Conference of IMBG Young Scientists, dedicated to O. O. Bogomolets 130th Anniversary (24–25 May 2011)

2011-01-01T00:00:00Z Kozeretska, I.A. http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/156393 2019-06-18T22:25:10Z 2011-01-01T00:00:00Z

Recombination and dynamics of transposable elements in natural populations. A drosophilist’s view Kozeretska, I.A. The concept of the tight link between crossing over and the dynamics of transposable elements is presented. The behavior of transposable elementsinfluences the processes of homologous recombination, both at the moment of activation and as a result the changes in a genome caused by active transposition of the autonomous nucleotide sequences. Keywords: crossing over, transposable elements, drosophila.; Викладено уявлення про те, що процеси кросинговеру та динаміки мобільних генетичних елементів перебувають у тісному взаємозв’язку. Поведінка мобільних елементів геному впливає на процеси гомологічної рекомбінації як безпосередньо в момент активації, так і внаслідок змін, що відбуваються в геномах у результаті активного переміщення автономних нуклеотидних послідовностей. Ключові слова: рекомбінація, мобільні генетичні елементи, дрозофіла; Изложено представление о том, что процессы кроссинговера и динамики мобильных генетических элементов находятся в тесной взаимосвязи. Поведение мобильных элементов генома влияет на процессы гомологичной рекомбинации как непосредственно в момент активации, так и вследствие изменений, происходящих в геномах в результате активного перемещения автономных нуклеотидных последовательностей. Ключевые слова: рекомбинация, мобильные генетические элементы, дрозофила.

2011-01-01T00:00:00Z Ніколаєнко, Т.Ю. Булавін, Л.А. Говорун, Д.М. http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/156392 2019-06-18T22:25:03Z 2011-01-01T00:00:00Z

Квантово-механічне дослідження конформаційних можливостей молекули 5'-дезоксигуанілової кислоти Ніколаєнко, Т.Ю.; Булавін, Л.А.; Говорун, Д.М. Мета. Повний конформаційний аналіз ізольованої молекули 5'-дезоксигуанілової кислоти (дГК). Методи. Конформацію молекули описували за допомогою торсійних кутів b = РО5'С5'С4', g = О5'С5'С4'С3', e = = С4'С3'O3'HO3', c = О4'С1'N9C4 , a' = C5'O5'POP , z1 = O5'POP1HP1, z2 = O5'POP2HP2, кута P та амплітуди nmax псевдообертання фуранозного кільця. Стартові геометрії будували, виходячи з отриманих раніше повних конформаційних сімейств молекул 2'-дезоксигуанозину, метилдигідрофосфату та 1,2-дидезоксирибофуранози-5-фосфату. Оптимізацію геометрії виконували на рівні теорії DFT B3LYP/6-31G(d,p), а розрахунок електронних енергій – MP2/6-311++G(d,p). Результати. Виявлено 745 конформерів ізольованої молекули дГК з відносними енергіями Гіббса за нормальних умов в межах 0¸16,4 ккал/моль. Охарактеризовано конформаційну мінливість довжин хімічних зв’язків, валентних кутів та ендо- і екзоциклічних торсійних кутів нуклеотидної основи. Висновки. Встановлено, що енергетично найвигідніший конформер має syn-орієнтацію основи та C1'exo-конформацію фуранозного кільця. Серед знайдених конформерів структура 13 подібна до нуклеотидів ДНК у її AI-, AII-, BI-, ZI- чи ZII-формах, причому найменшу енергію Гіббса (DG = 9,1 ккал/моль) серед цих конформерів має BI-ДНК-подібний. Продемонстровано роль внутрішньомолекулярних H-зв’язків у підтриманні просторової структури конформерів. Ключові слова: 5'-дезоксигуанілова кислота, конформаційний аналіз, ДНК, розрахунки ab initio.; Aim. Exhaustive conformational analysis of the isolated 5'-deoxyguanylic acid (dGA) molecule. Methods. Torsion angles b = РО5'С5'С4', g = О5'С5'С4'С3', e= С4'С3'O3'HO3', c = О4'С1'N9C4 , a' = C5'O5'POP , z1 = = O5'POP1HP1, z2 = O5'POP2HP2 as well as sugar pseudorotation phase and amplitude have been used to identify the molecule conformation. Initial geometries were built using full sets of conformers of the 2'-deoxyguanosine, methyl dihydrogen phosphate and 1,2-dideoxyribofuranose-5-phosphate molecules obtained previously. Geometry optimization has been carried out at the DFT B3LYP/6-31G(d,p) theory level while the MP2/6-311++G(d,p) theory level has been used to calculate electronic energies of optimized structures. Results. As many as 745 different conformations of dGA molecule have been revealed with relative Gibbs free energies under standard conditions within 0¸16,4 kcal/ mole. Conformational variability of chemical bond lengths, valence angles and endo- and exocyclic torsion angles of guanine has been characterized. Conclusions. It has been found that the energetically most favorable structure has syn orientation of nitrogenous base and C1'exo sugar puckering. 13 conformers of isolated dGA have been shown to be similar to the structure of nucleotides in AI-, AII-, BI-, ZI- or ZIIforms of DNA. Among them the BI-DNA-like one has the lowest Gibbs free energy (9,1 kcal/mole). The role of intramolecular hydrogen bondsin stabilizing dGA conformerstructures has been demonstrated. Keywords: 5'-deoxyguanylic acid, conformational analysis, DNA, ab initio calculations.; Цель. Полный конформационный анализ изолированной молекулы 5'-дезоксигуаниловой кислоты (дГК). Методы. Конформацию молекулы описывали при помощи торсионных углов b = РО5'С5'С4', g = = О5'С5'С4'С3', e = С4'С3'O3'HO3' , c = О4'С1'N9C4 , a' = C5'O5'POP , z1 = = O5'POP1HP1, z2 = O5'POP2HP2, угла P и амплитуды nmax псевдовра - щения фуранозного кольца. Стартовые геометрии создавали на основе ранее полученных семейств конформеров молекул 2'-дезоксигуанозина, метилдигидрофосфата и 1,2-дидезоксирибофуранозы-5-фосфата. Оптимизацию геометрии проводили на уровне теории DFT B3LYP/6-31G(d,p), а расчет электронных энергий – MP2/ 6-311++G(d,p). Результаты. Выявлены 745 конформеров изолированной молекулы дГК с относительными энергиями Гиббса при нормальных условиях в пределах 0¸16,4 ккал/моль. Охарактеризовано влияние конформации молекулы на длины химических связей, величины валентных, а также эндо- и экзоциклических торсионных углов нуклеотидной основы. Выводы. Установлено, что наиболее энергетически выгодный конформер имеет syn-ориентацию основания и C1'exo-конформацию фуранозного кольца. Среди найденных конформеров структура 13 подобна таковой нуклеотидов ДНК в AI-, AII-, BI-, ZI- или ZII-формах, причем наименьшей энергией Гиббса (DG = 9,1 ккал/моль) среди них обладает BI-ДНК-подобный. Продемонстрирована роль внутримолекулярных H-связей в стабилизации пространственной структуры конформеров. Ключевые слова: 5'-дезоксигуаниловая кислота, конформационный анализ, ДНК, расчеты ab initio.

2011-01-01T00:00:00Z