http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/151200 2026-04-15T10:02:10Z 2026-04-15T10:02:10Z Броварець, О.О. Говорун, Д.М. http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/153866 2019-07-06T18:36:43Z 2010-01-01T00:00:00Z

Наскільки стійкими структурами є мутагенні таутомери основ ДНК? Броварець, О.О.; Говорун, Д.М. Мета. Визначити час життя мутагенних таутомерів основ ДНК, досліджуючи фізико-хімічні механізми їхньої внутрішньомолекулярної таутомеризації. Методи. Неемпірична квантова хімія, аналіз топології електронної густини за Бейдером, фізико-хімічна кінетика. Результати. Вивчено фізико-хімічну природу перехідного стану внутрішньомолекулярної таутомеризації основ ДНК, встановлено час життя мутагенних таутомерів останніх. Висновки. Час життя мутагенних таутомерів основ ДНК на 3–10 порядків перевищує характерний час реплікації ДНК в клітині (~103 с). Це підтверджує адекватність постулату, на якому ґрунтується таутомерна гіпотеза Вотсона-Крика щодо спонтанних транзицій. Їхня висока стійкість обумовлена відсутністю як в основній, так і мутагенній таутомерній формі внутрішньомолекулярних Н-зв’язків.; Aim. To determine the lifetime of the mutagenic tautomers of DNA base pairs through the investigation of the physicochemical mechanisms of their intramolecular proton transfer. Methods. Non-empirical quantum chemistry, the analysis of the electron density by means of Bader’s atom in molecules (AIM) theory and physicochemical kinetics were used. Results. Physicochemical character of the transition state of the intramolecular tautome- risation of DNA bases was investigated, the lifetime of mutagenic tautomers was calculated. Conclusions. The lifetime of the DNA bases mutagenic tautomers by 3–10 orders exceeds typical time of DNA replication in the cell (~103 s). This fact confirms that the postulate, on which the Watson-Crick tautomeric hypothesis of spontaneous transitions grounds, is adequate. The absence of intramolecular H-bonds in the canonical and mutagenic tautomeric forms determine their high stability.; Цель. Определить время жизни мутагенных таутомеров оснований ДНК, исследуя физико-химические механизмы их внутримолекулярной таутомеризации. Методы. Неэмпирическая квантовая химия, анализ топологии электронной плотности по Бейдеру, физико-химическая кинетика. Результаты. Изучена физико-химическая природа переходного состояния внутримолекулярной таутомеризации оснований ДНК, установлено время жизни мутагенных таутомеров последних. Выводы. Время жизни мутагенных таутомеров оснований ДНК на 3–10 порядков превышает характерное время репликации ДНК в клетке (~103 с). Это подтверждает адекватность постулата, на котором базируется таутомерная гипотеза Уотсона-Крика спонтанных транзиций. Высокая стабильность мутагенных таутомеров обусловлена отсутствием как в основной, так и мутагенной таутомерной форме внутримолекулярных Н-связей.

2010-01-01T00:00:00Z Минаева, В.А. Минаев, Б.Ф. Капинус, С.С. http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/153864 2019-07-06T18:36:12Z 2010-01-01T00:00:00Z

Исследование инфракрасного спектра тестостерона и этистерона квантово-химическим методом функционала плотности Минаева, В.А.; Минаев, Б.Ф.; Капинус, С.С. Цель. Провести полное отнесение ИК спектров стероидных гормонов тестостерона и этистерона и связать частоты и интенсивности ИК полос с особенностями их электронной структуры и строения указанных гормонов. Методы. Колебательные частоты и интенсивности ИК полос поглощения молекул стероидных гормонов рассчитаны квантово-химическим методом функционала плотности на уровне теории B3LYP/6-31G** с полной оптимизацией геометрии методом градиента полной энергии. Результаты. Дана полная расшифровка ИК полос поглощения тестостерона и этистерона. Выводы. Впервые предсказаны частоты и формы низкочастотных колебаний. Кратко обсуждается биологическое значение полученных результатов.; Мета. Провести повне віднесення ІЧ спектрів стероїдних гормонів тестостерону та етистерону і встановити зв’язок між частотами та інтенсивністю ІЧ смуг і особливостями їхньої електронної структури та будови зазначених гормонів. Методи. Коливальні частоти та інтенсивності ІЧ смуг поглинання молекул стероїдних гормонів розраховано квантово-хімічним методом функціоналу густини на рівні теорії B3LYP/6-31G** з повною оптимізацією геометрії методом градієнта повної енергії. Результати. Зроблено повне розшифрування ІЧ смуг поглинання тестостерону та етистерону. Висновки. Вперше передбачено частоти і форми низькочастотних коливань. Стисло обговорюється біологічне значення отриманих результатів.; Aim. To perform full assignment of IR spectra of steroid hormones, testosterone and ethyniltestosterone and to connect vibrational frequency and intensity of IR absorption bands with the peculiarities of electronic structure and geometry of the above hormones. Methods. Calculations of vibrational frequency and intensity of IR bands of testosterone and ethyniltestosterone are performed using the density functional theory within the B3LYP/6-31G** approach with a complete geometry optimization by the gradient method. Results. Complete assignment of IR absor- ption bands of testosterone and ethyniltestosterone is performed. Conclusions. For the first time the frequencies and normal modes of vibrations are predicted in the low-frequency region of the IR spectrum. Biological importance of the obtained results is discussed.

2010-01-01T00:00:00Z Lituiev, D.S. Kiyamova, R.G. http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/153863 2019-07-06T18:38:13Z 2010-01-01T00:00:00Z

Mutations in the gene of human type IIb sodium-phosphate cotransporter SLC34A2 Lituiev, D.S.; Kiyamova, R.G. Type IIb sodium-phosphate cotransporter (NaPi2b) provides phosphate intake in the cells of some epithelial tissues, osteoblasts and odontoblasts. Abnormal expression of NaPi2b has been detected in some types of epithelial tumors. An alteration in NaPi2b activity, caused by mutations in transporter gene SLC34A2, has been recently revealed in patients with pulmonary alveolar microlithiasis, an autosomal recessively inherited disease, characterized by deposition of calcium-phosphate precipitates in the lungs. In the present study we have combined the information about all mutations found to date in the coding sequence of SLC34A2 and its transcript, compiled their map, and analysed their relevance to the function of NaPi2b.; Натрій-фосфатний котранспортер IIb типу (NaPi2b) забезпечує поглинання фосфатів у клітинах деяких епітеліальних тканин, в остеобластах та одонтобластах. В окремих типах епітеліальних пухлин показано зміну експресії NaPi2, а також нещодавно виявлено порушення активності NaPi2b, зумовлені мутаціями в гені транспортера (SLC34A2), у пацієнтів з альвеолярним мікролітіазом легень – захворюванні з аутосомно-рецесивним типом успадкування, при якому накопичуються нерозчинні кальцій-фосфатні солі в легенях. У цій роботі зібрано та узагальнено інформацію щодо всіх мутацій, знайдених у кодуючій ділянці гена SLC34A2 і його транскриптів, та обговорено дані стосовно їхнього впливу на функцію NaPi2b.; Натрий-фосфатный котранспортер IIb типа (NaPi2b) обеспечивает поглощение фосфатов в клетках некоторых эпителиальных тканей, остеобластах и одонтобластах. В некоторых типах эпителиальных опухолей показано изменение экспрессии NaPi2, а также недавно выявлены нарушения активности NaPi2b, вызванные мутациями в гене транспортера (SLC34A), у пациентов с альвеолярным микролитиазом легких – заболевании с аутосомно-рецессивным типом наследования, при котором в легких накапливаются нерастворимые кальций-фосфатные соли. В данной работе собрана информация о мутациях, обнаруженных в кодирующем участке гена SLC34A2 и его транскриптах, и обсуждаются данные об их влиянии на функцию NaPi2b.

2010-01-01T00:00:00Z Starokadomskyy, P.L. http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/153862 2019-07-06T18:38:39Z 2010-01-01T00:00:00Z

Protein splicing and its evolution in eukaryotes Starokadomskyy, P.L. Inteins, or protein introns, are parts of protein sequences that are post-translationally excised, their flanking regions (exteins) being spliced together. This process was called protein splicing. Originally inteins were found in prokaryotic or unicellular eukaryotic organisms. But the general principles of post-translation protein rearrangement are evolving yielding different post-translation modification of proteins in multicellular organisms. For clarity, these non-intein mediated events call either protein rearrangements or protein editing. The most intriguing example of protein editing is proteasome-mediated splicing of antigens in vertebrates that may play important role in antigen presentation. Other examples of protein rearrangements are maturation of Hg-proteins (critical receptors in embryogenesis) as well as maturation of several metabolic enzymes. Despite a lack of experimental data we try to analyze some intriguing examples of protein splicing evolution.; Інтеїни, або білкові інтрони, – це білкові послідовності, якi автокаталітично вирізаються після трансляції, зшиваючи фланкуючі ділянки (екстеїни). Такий процес названо білковим сплайсингом. Спочатку інтеїни виявлено у прокаріотів і одноклітинних еукаріотів. Але загальний принцип посттрансляційної перестановки білків еволюціонував разом із живою матерією. На сьогодні ціла низка білків у багатоклітинних організмів модифікується за механізмами, принципово схожими з білковим сплайсингом у бактерій. Ці процеси отримали назву білкового редагування. Найцікавішим випадком білкового редагування є «тасування» епітопів антигенів протеасомою, що відіграє важливу роль у процесі презентації антигену клітинами. Іншими прикладами слугують дозрівання Hg-білків (рецепторів, критичних для коректного протікання ембріогенезу) або дозрівання низки метаболічних ферментів. Незважаючи на брак експериментальних даних, в огляді зроблено спробу описати найяскравіші приклади еволюції у вищих еукаріотів.; Интеины, или белковые интроны, являются частью белковой последовательности, которая самовырезается после трансляции, сшивая фланкирующие участки (экстеины). Такой процесс назван белковым сплайсингом. Изначально интеины обнаружены у прокариотов и одноклеточных эукариотов. Но общий принцип посттрансляционной белковой перестановки эволюционировал вместе с живой материей. На сегодня целый ряд белков у многоклеточных организмов подвергается модификациям, принципиально схожим с белковым сплайсингом у бактерий. Эти процессы получили название белкового редактирования. Наиболее интересным случаем белкового редактирования является «перетасовка» эпитопов антигенов протеасомами, что, по-видимому, может играть определенную роль в процессе презентации антигена клетками. Другими примерами служат дозревание Hg-белков (рецепторов, критических для корректного протекания эмбриогенеза) или дозревание ряда метаболических ферментов. Несмотря на недостаток экспериментальных данных, в обзоре сделана попытка описать наиболее яркие примеры эволюции белкового сплайсинга у высших эукариотов.

2010-01-01T00:00:00Z