http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/151120 2026-04-12T17:17:08Z 2026-04-12T17:17:08Z Одинець, К.О. Корнелюк, О.І. http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/155881 2019-06-17T22:30:25Z 2005-01-01T00:00:00Z

Порівняльний аналіз структурної організації генів цитоплазматичної тирозил-тРНК синтетази еукаріотів Одинець, К.О.; Корнелюк, О.І. Проведено порівняльний біоінформаційний аналіз будови генів цитоплазматичних тирозил-тРНК синтетаз (TyrRS) 54 видів еукаріотів з різних таксонів. В окремих випадках перевірено коректність ідентифікації цих генів та їхніх екзонів шляхом зіставлення з відомими по­ слідовностями кДНК та EST. Порівняння екзонно-інтронної структури виявило, що гени TyrRS хребетних (16 видів) мають значно більшу кількість екзонів (13–14), ніж гени комах (2–7 екзонів), дріжджів і протозоа (1–8 екзонів). У ході еволюції значно збільшується довжина інтронів за рахунок їхнього насичення геномними повторами. Позиції окремих інтронів є консервативними впродовж еволюції генів, що свідчить на користь їхньої ранньої інтеграції у ген спільного попередника хребетних і членистоногих. Для гена TyrRS людини детально про­ аналізовано альтернативні форми сплайсингу мРНК та геномні повтори, присутні в інтронах.; Проведен сравнительный биоинформационный анализ строения генов цитоплазматических тирозил-тРНК синтетаз (TyrRS) 54 видов эукариотов из разных таксонов. В отдельных случаях проверена корректность идентификации этих генов и их экзонов путем сопоставления с известными последовательно­стями кДНК и EST. Сравнение экзонно-интронной структуры показало, что гены TyrRS позвоночных (16 видов) имеют значительно большее количество экзонов (13–14), чем гены насекомых (2–7 экзонов), дрожжей и протозоа (1–8 экзонов), несмотря на эволюционную консервативность доменной орга­низации соответствующих TyrRS. В ходе эволюции значи­тельно увеличивается длина интронов за счет их насыщения геномными повторами. Позиции отдельных интронов сохра­няются консервативными в ходе эволюции, что свидетельст­вует в пользу их ранней интеграции в ген общего предшест­венника позвоночных и членистоногих. Для гена TyrRS челове­ка детально проанализированы альтернативные формы сплай­синга мРНК и геномные повторы, присутствующие в интронах.; A comparative bioinformational analysis has been performed for the structure of cytoplasmic tyrosyl-tRNA synthetase (TyrRS) genes from 54 eukaryotic organisms from different taxones. In some cases, the identification of the genes and their exons was verified by comparison with the experimental cDNA and EST sequences. The comparison of exon-intron structures shows that TyrRS genes of Chordata (16 species) have much more exons (13–14) than genes of Insecta (2–7 exons), yeasts and Protozoa (1–8 exons). The intron lengths increase intensively during the evolution due to integration of genomic repeats. The positions of some introns are conservative that marks their earlier integration into the gene of common ancestor of Chordata and Insecta. The TyrRS gene of human is analyzed in detail for alternative splicing mRNAs and genomic repeats.

2005-01-01T00:00:00Z Пальчиковська, Л.Г. Платонов, М.О. Алексєєва, І.В. Швед, А.Д. http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/155880 2019-06-17T22:30:11Z 2005-01-01T00:00:00Z

Механізм взаємодії N1-глікозидів 6-азацитозину з каталітичним сайтом ДНК-залежної РНК-полімерази фага Т7: модельне квантово-хімічне дослідження Пальчиковська, Л.Г.; Платонов, М.О.; Алексєєва, І.В.; Швед, А.Д. Неемпіричним методом квантової хімії на рівні теорії HFl6-31G(d, р) вперше зафіксовано знание збільшення величини заряду атома N6 азануклеозидів у моделі каталітичного сайта ДНК-залежної РНК-полімерази фага 77. Блокування іона Mg²⁺ додатковою взаємодією з атомом азоту N6 в комплексі азануклеозид–метал–Туг639 знижує швидкість елонгації, що експериментально під­тверджено істотним зменшенням кількості синтезованої РНК за одиницю часу.; Неэмпирическим методом квантовой химии на уровне теории HF/ 6-31G(d, р) впервые зафиксировано значительное увеличе­ние величины заряда атома N6 азануклеозидов в модели каталитического сайта ДНК-зависимой РНК-полимеразы фа­га 77. Блокирование иона Mg дополнительным взаимодейст­вием с атомом азота N6 в комплексе азану клеозид–металл–Туг639 снижает скорость элонгации, что экспериментально подтверждено значительным снижением количества синтези­рованной РНК в единицу времени.; By the quantum-chemistry approach at the HF/6-31G (d, p) theory level for the first time considerable increase in the charge value of the atom N6 of azanucleosides in the model of catalytic site of phage T7 DNA-dependent RNA-polymerase was recorded. The blocking of Mg²⁺ ion by the additional interaction with N6 atom in the azanucleoside–metal–Tyr639 complex seems to reduce the rate of elongation, that was confirmed experimentally by the significant decrease in the amount of synthesized RNA in a unit of time.

2005-01-01T00:00:00Z Андрианов, А.М. http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/155879 2019-07-06T13:18:22Z 2005-01-01T00:00:00Z

Локальная структура петли V3 белка gp120 HIV-1. Сравнительный анализ конформаций фрагмента в вирусных штаммах HIV-MN и HIV-Thailand Андрианов, А.М. Определены элементы вторичной структуры и конформаций нерегулярных сегментов петли V3 белка gp120 HIV-MN, в состав которой входит иммунодоминантный эпитоп вируса, а также детерминанты, ответственные за процессы клеточного тропизма и слияния клеток. Расчеты, проведенные с использованием литературных данных спектроскопии ЯМР в водном растворе, показали, что N-концевой фрагмент петли V3 формирует «вытянутый» участок с 1-го по 14-й аминокислотный остаток (а. о.), разделенный двойным β-изгибом 15–20 а. о. с неупорядоченной С-концевой областью 21–35 а. о. Результаты сравнительного анализа рассчитанной конформаций и установленной ранее локальной структуры петли V3 белка gp120 HIV-Thailand свидетельству­ют о том, что различия между ними статистически значимы. Однако, несмотря на существен­ные структурные отличия, 14 а. о. фрагмента, семь из которых входят в его функционально активные сайты, сохраняют конформационные состояния в вирусных штаммах HIV-MN и HIV-Thailand. Структурно консервативные остатки можно рассматривать как потенциальные мишени для методов белковой инженерии, используемых в работах по созданию противовирусных препаратов.; Визначено елементи вторинної структури і конформації нере­гулярних сегментів петлі V3 білка gp120 HIV-MN, до складу якої входять імунодомінантний епітоп вірусу, а також де­термінанти, відповідальні за процеси клітинного тропізму ізлиття клітин Розрахунки, здійснені з використанням літе­ратурних даних щодо спектроскопії ЯМР у водному розчині, показали, що N-кінцевий фрагмент петлі V3 формує «витяг­нуту» ділянку з 1-го по 14-й амінокислотний залишок (а. з.), розділений подвійним β-згином 15–20 а. з. з неупорядкованою С-кінцевою областю 21–35 а. з. Результати порівняльного аналізу розрахованої конформації та встановленої раніше ло­кальної структури петлі V3 білка gp120 HIV-Thailand свід­чать про те, що розбіжності між ними статистично значущі Проте, незважаючи на суттєву різницю в структурі, 14 а з. фрагмента, сім з яких входять до його функцінально актив­них сайтів, зберігають конформаційні стани у вірусних шта­мах HIV-MN і HIV-Thailand. Структурно консервативні за­лишки можна розглядати як потенційні мішені для методів білкової інженерії, що застосовують у работах із створення противірусних препаратів.; Secondary structure elements and conformations of irregular stretches for the HIV-MN gp120 V3 loop, comprising the virus immunogenic crown as well as the sites liable for cell tropism and cell fusion, were defined using the theoretical method developed previously. Computations based on the published data of NMR spectroscopy in water point out that the V3 loop N-terminal segment exhibits the extended site 1–14 separated by a double (β-turn 15–20 from its unordered C-terminal region 21–35. Collating the conformation obtained with the one derived earlier for the Thailand HIV-1 gp120 V3 loop indicates that the differences in their local structures are statistically significant. Despite the essential structures divergence, fourteen amino acids of the stretch under consideration, seven of which reside in its functionally active sites, were shown to preserve their conformational states in the MN and Thailand HIV-1 isolates. The residues keeping their conformations can be considered as the potential targets for the protein engineering methods used in the studies on developing the antiviral agents.

2005-01-01T00:00:00Z Суховія, М.І. Шафраньош, М.І. Маргітич, М.О. Шафраньош, І.І. http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/155878 2019-06-17T22:29:32Z 2005-01-01T00:00:00Z

Утворення негативних іонів молекули цитозину при електронному ударі та його можливе біофізичне значення Суховія, М.І.; Шафраньош, М.І.; Маргітич, М.О.; Шафраньош, І.І. Оригінальним методом електронного та молекулярного пучків, що перетинаються, вперше отримано дані про абсолютні величини перерізів утворення негативних іонів канонічної азотистої основи — цитозину. Показано, що максимальних значень переріз досягає при енергії налітаючих електронів 1,5 еВ, і його абсолютна величина становить 4,2 10',s см . Обговорюється можливе біофізичне значення отриманих результатів.; Оригинальным методом пересекающихся электронного и молекулярного пучков впервые получены данные по абсолютным величинам сечений образования отрицательных ионов канонического азотистого основания – цитозина. Показано, что максимальных значений сечение образования отрицательных ионов достигает при энергии налетающих электронов 1,5 эВ и его абсолютная величина составляет 4,2⁻¹⁰ cm . Обсуждается возможное биофизическое значение полученных результатов.; he absolute cross sections for negative ions formations of the nucleic acid base – cytosine were found first using the modern technic of normally crossed molecular and electron beams. The ionization cross section had maximum at 1.45 eV of the electron energy and was 4.2×10⁻¹⁸ cm². Biophysical consequences of the obtained results are discussing.

2005-01-01T00:00:00Z