http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/150950 2026-04-21T14:06:06Z 2026-04-21T14:06:06Z Кирпичников, М.П. Ярцев, А.П. Минченкова, Л.Е. Чернов, Б.К. Иванов, В.И. http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/152747 2019-07-02T15:11:39Z 1986-01-01T00:00:00Z

Специфическое взаимодействие cro-репрессора с моделями операторных участков. Изучение методом кругового дихроизма Кирпичников, М.П.; Ярцев, А.П.; Минченкова, Л.Е.; Чернов, Б.К.; Иванов, В.И. Метод кругового дихроизма (КД) был использован для изучения взаимодействия cro-репрессора фага λ с синтетическим OR3 оператора размером 17 пар оснований и его фрагментом (9 пар оснований) 5 'TATCCCTT [GCGGTGATA] 3 'ATAGGGAA [CGCCACTAT] В обоих случаях добавление Cro-белка значительно изменило спектры КД в области 260-300 нм. Стехиометрии определяется титрованием КД и была идентична как для Oᵣ3 и его фрагмента: один дуплексный в cro димера. Взаимодействие cro-белка с неоператорным дуплексом DNAs показывает никаких видимых изменений на КД . Спектральные изменения в течение определенного взаимодействия существенно отличаются от тех, для B-A перехода и для скручивания ДНК от B- к C-форме. Сделан вывод о том, что изменения КД в основном вызваны индуцированным эффектом Tyr-26 при образование комплекса, а ДНК участка связывания сохраняется в B-форме.; Метод кругового дихроїзму (КД) використано для вивчення взаємодії cro-репрессора фага λ з синтетичним OR3 оператором розміром 17 пар основ і його фрагментом (9 пар основ) 5'-TATCCCTT [GCGGTGATA] 3'-ATAGGGAA [CGCCACTAT] В обох випадках додавання Cro-білка значно змінює спектри КД в області 260?300 нм. Стехіометрія визначається титруванням КД, вона була ідентична як для Oᵣ3, так і для його фрагмента: один дуплексний в cro димера. Взаємодія cro-білка з неоператорним дуплексом DNAs показує ніяких видимих змін на КД. Спектральні зміни протягом певної взаємодії істотно відрізняються від тих, для BA переходу і для скручування ДНК від B-до C-формі. Зроблено висновок про те, що зміни КД в основному викликані індукованим ефектом Tyr-26 при утворення комплексу, а ДНК ділянки зв'язування зберігається в B-формі.; The circular dichroism (CD) method was used to study the interaction of the crorepressor of the phage A. with a synthetic OR3 operator of 17 base pairs long, and with its 9 base pairs fragment 5' TATCCCTT [GCGGTGATA] 3' ATAGGGAA [CGCCACTAT] In both cases addition of cro-protein considerably changed the CD spectra in the region of 260-300 nm. The stoichiometry determined by the CD titration is identical both for Oᵣ3 and its fragment: one duplex per cro dimer. The interaction of the cro-protein with non-operator DNAs reveals no visible CD changes at all. The spectral changes during specific interaction are quite different from those for the B-A transition and for winding of the DNA within the B-family towards C-form. A conclusion is drawn that the CD changes are mainly induced by the CD effect in Tyr-26 during specific complex formation, the operator DNA conformation being conserved in a B-like form as a whole.

1986-01-01T00:00:00Z http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/152746 2019-07-02T15:01:08Z 1986-01-01T00:00:00Z

К 80 - летию академика АН УССР С. М . Гершензона 11 февраля 1986 года исполнилось 80 лет со дня рождения академика АН УССР Сергея Михайловича Гершензона.

1986-01-01T00:00:00Z Иванов, В.И. Минченкова, Л.Е. Щелкина, А.К. Чернов, Б.К. Ярцев, А.П. Кирпичников, М.П. http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/152739 2019-07-02T15:05:39Z 1986-01-01T00:00:00Z

Конформация операторного участка OR3 фага λ и его фрагмента в водных и водно-трифторэтанольных растворах Иванов, В.И.; Минченкова, Л.Е.; Щелкина, А.К.; Чернов, Б.К.; Ярцев, А.П.; Кирпичников, М.П. Круговой метод дихроизма (КД) был использован для изучения конформации синтетических дезокси-олигонуклеотидов из 17 пар оснований, который является оператором OR3 фагаλ, и его 9-членного фрагмента 5 'TATCCCTT | GCGGTGATA | 3 'ATAGGGAA | CGCCACTAT | Определены областей устойчивости двухцепочечной состояния для этих дуплексов. Конформации коротких фрагментов ДНК в водных растворах различных концентраций NaCl Показано существование в пределах B-формы. Кооперативного изменения в спектрах КД наблюдается в трифторэтанол (ТФЭ) решения с TFE концентрации типичных для каждого олигонуклеотида, который, как предполагается, связано с B-A перехода. B-формы стабилизации пары контактной базы оценивается с помощью B-A теории перехода. Каждая пара контактной базы стабилизирует форму B на величину ~ 1,7 ккал / моль.; Круговий дихроїзм (КД) використано для вивчення конформації синтетичного дезоксиолігонуклеотиду із 17 пар основ, який є оператором OR3 фага λ, і його 9-членного фрагмента 5 'TATCCCTT | GCGGTGATA | 3 'ATAGGGAA | CGCCACTAT | Визначено області стійкості дволанцюгового стану для цих дуплексів. Конформації коротких фрагментів ДНК у водних розчинах визначаються різними концентраціями NaCl. Показано існування їх у межах B-форми. Кооперативні зміни у спектрах КД спостерігаються в трифторетанолі (TFE) рішення з TFE концентрації типових для кожного і яке, як передбачається, пов’язане з B?A-переходом. B-форми стабілізації пари контактної бази оцінюються за допомогою теорії B?A-переходу. Кожна пара контактної бази стабілізує форму B на величину ~ 1,7 ккал/моль.; Circular dichroism method (CD) was used to study conformation of the synthetic deoxy-oligonucleotide of 17 base pairs long, which is an OR3 operator of phage λ, and its 9-base pairs fragment 5' TATCCCTT |GCGGTGATA| 3' ATAGGGAA |CGCCACTAT| The stability regions of the double-stranded state are determined for these duplexes. Conformations of the short DNA fragments in aqueous solutions of different NaCl concentrations are shown to exist within the limits of B-family. A cooperative change in the CD spectra is observed in trifluoroethanol (TFE) solutions with TFE concentration typical of each oligonucleotide, which is supposed to be due to B-A transition. The B-form stabilization by terminal base pairs is evaluated using the B-A transition theory. Each terminal base pair stabilizes the B form by the value of ~1.7 kcal/mol.

1986-01-01T00:00:00Z Меркулова, Т.И. Соловьев, В.В. Колчанов, Н.А. Плисов, С.Ю. Баранова, Л.В. Меркулов, В.М. Салганик, Р.И. http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/152735 2019-06-12T22:27:08Z 1986-01-01T00:00:00Z

Выявление участков ДНК, специфичных для регуляторных районов контролируемых глюкокортикоидами генов, методом компьютерного анализа Меркулова, Т.И.; Соловьев, В.В.; Колчанов, Н.А.; Плисов, С.Ю.; Баранова, Л.В.; Меркулов, В.М.; Салганик, Р.И. Методом компьютерного анализа исследованы нуклеотидные последовательности 12 регулируемых глюкокортикоидами генов и 21 гена, не регулируемого этими гормонами. Показано, что консенсус TGTTCT, выявленный рядом авторов во фрагментах ДНК, защищенных глюкокортикоид-рецепторными комплексами от нуклеаз, неспецифичен для глюкокортикоид-регулируемых генов. Однако только для этих генов характерна закономерность в расположении четырех остатков цитозина в районе консенсуса: один из них принадлежит самому консенсусу, три отстоят друг от друга на расстоянии 8 –10 п.н., а четвертый расположен через 6 п. н. от третьего, что обеспечивает в составе двойной спирали ДНК расположение консенсуса в тесном соседстве с двумя остатками цитозина и комплементарным четвертому цитозину остатком гуанина по одной стороне спирали. Предполагается, что гормон-рецепторный комплекс опознает этот специфичный компактный участок двойной спирали ДНК, образованный консенсусом и фланкирующими его цитозиновыми и гуаниновыми остатками.; Методом комп’ютерного аналізу досліджено нуклеотидні послідовності 12 регульованих глюкокортикоїдами генів і 21 гена, що не регулюються цими гормонами. Показано, що консенсус TGTTCT, виявлений низкою авторів у фрагментах ДНК, захищених глюкокортикоїд-рецепторними комплексами від нуклеаз, є неспецифічним для глюкокортикоїд-регульованих генів. Однак тільки для цих генів характерна закономірність у розташуванні чотирьох залишків цитозину в районі консенсусу: один з них належить власне консенсусу, три відстоять один від одного на відстані 8–10 п. н., а четвертий розташований через 6 п. н. від третього, що забезпечує в складі подвійної спіралі ДНК розташування консенсусу у тісному сусідстві з двома залишками цитозину і комплементарним четвертому цитозину залишком гуаніну по одному боку спіралі. Передбачається, що гормон-рецепторний комплекс упізнає цю специфічну компактну ділянку подвійної спіралі ДНК, утворену консенсусом і фланкуючими його цитозиновими і гуаніновими залишками.; The contextual computer analysis was used to study the nucleotide sequences of 33 eucaryotic genes, out of which 12 were regulated by glucocorticoids and 21 were not. This analysis has revealed that the consensus TGTTCT found previously in the 5-flanking regions of genes which are protected by glucocorticoid-receptor complexes from nucleases is unspecific to glucocorticoid-regulated genes. However, the analysis of the sequences flanking the TGTTCT consensus has revealed that the presence of four regularly distributed cytosine residues, one in the consensus itself and three in its vicinity, occurs only in the genes which are regulated by glucocorticoids. Three of the cytosine residues are separated by 8-10 bp while one outer residue is 6 bp away from the nearest cytosine. Distances from the 8 to 10 bp between the cytosine residues in the TGTTCT itself and those in its surroundings mean that they are located in a close proximity at one side of the DNA double helix. It is supposed that in the DNA helix the consensus and the flanking cytosine residues form a specific site for interaction with the glucocorticoid-receptor complex.

1986-01-01T00:00:00Z