http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/150249 2026-04-13T22:30:06Z 2026-04-13T22:30:06Z Gerashchenko, G.V. Rynditch, A.V. Kashuba, V.I. http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/150475 2019-04-07T22:25:35Z 2019-01-01T00:00:00Z

Development of gene expression panels to determine prostate cancer Gerashchenko, G.V.; Rynditch, A.V.; Kashuba, V.I. The aim of this investigation is to prove a modified algorithm for statistical approaches to develop gene expression panels for the detection of prostate tumors. According to Classification and Regression tree models and RE differences between adenocarcinoma (T) and adenoma (A) groups, we have chosen 31 transcripts for MDR analysis. Among them, there were 15 transcripts of (epithelial-mesenchymal transition (EMT) and prostate-cancer associated (PrCa-associated) genes and 16 transcripts of cancer-associated fibroblasts (CAF), tumor-associated macrophages (TAM), immune-associated genes (IAG)), which have shown some datasets with high statistical parameters. The highest diagnostic levels are manifested by expression panels developed from all 5 gene groups: PCA3, HOTAIR, ESR1, IL1R1 (Se = 0.97, Sp = 0.85, Ac = 0.93, OR = 204); CDH2, KRT18, PCA3, HOTAIR, ESR1, IL1R1 (Se = 1.0, Sp = 0.8, Ac = 0.93, OR > 500). We propose an improved algorithm for the gene expression data analysis to develop diagnostic panels with good and excellent diagnostic levels for the prostate tumor stratification in a group of patients from the Ukrainian population. Our data require a more detailed analysis and a larger cohort of patients with prostate tumor.; Досліджено адаптацію модифікованого алгоритму статистичного підходу для розробки експресійних панелей для детекції раку передміхурової залози. За даними моделей класифікації та регресії й статистично значущими відмінностями відносної експресії між групами аденокарцином та аденом, серед досліджуваних генів відібрано 31 транскрипт для MDR аналізу. Серед них 15 транскриптів з груп генів епітеліальномезенхімального переходу та генів, асоційованих з раком передміхурової залози, і 16 транскриптів з груп генів пухлиноасоційованих фібробластів, пухлиноасоційованих макрофагів та імуноасоційованих генів. З цих груп отримано ряд панелей з високими статистичними показниками. Найвищі показники діагностичних рівнів мали експресійні панелі, які розроблені з усіх п’яти груп генів: PCA3, HOTAIR, ESR1, IL1R1 (Se = 0,97, Sp = 0,85, Ac = 0,93, OR = 204); CDH2, KRT18, PCA3, HOTAIR, ESR1, IL1R1 (Se = 1,0, Sp = 0,8, Ac = 0,93, OR > 500). Запропоновано модифікований алгоритм для аналізу даних експресії генів, який може бути використаний для розробки діагностичних панелей з добрим та високим діагностичними рівнями для стратифікації раку передміхурової залози на групі пацієнтів з української популяції. Одержані дані потребують подальшого аналізу на більшій вибірці пацієнтів з раком передміхурової залози.; Исследована адаптация модифицированного алгоритма статистического подхода для разработки экспрессионных панелей для детекции рака простаты. Согласно данным моделей классификации и регрессии, а также статистически значимым отличиям относительной экспрессии между группами аденокарцином и аденом, среди исследуемых генов отобрано 31 транскрипт для MDR анализа. Среди них 15 транскриптов из групп генов эпителиально-мезенхимального перехода и генов, ассоциированных с раком простаты, и 16 транскриптов из групп генов опухолеассоциированных фибробластов, опухолеассоциированных макрофагов и иммуноассоциированных генов. Из этих групп было получено ряд панелей с высокими статистическими показателями. Самые высокие показатели диагностических уровней имели экспрессионные панели, полученные со всех пяти групп генов: PCA3, HOTAIR, ESR1, IL1R1 (Se = 0,97, Sp = 0,85, Ac = 0,93, OR = 204); CDH2, KRT18, PCA3, HOTAIR, ESR1, IL1R1 (Se = 1,0, Sp = 0,8, Ac = 0,93, OR > 500). Предложен модифицированный алгоритм для анализа данных экспрессии генов, который может быть использован для разработки диагностических панелей с хорошим и высоким диагностическими уровнями для стратификации рака простаты на группе пациентов из украинской популяции. Полученные данные требуют более детального анализа на большей выборке пациентов с раком простаты.

2019-01-01T00:00:00Z Пірко, Я.В. Рабоконь, А.М. Постовойтова, А.С. Білоножко, Ю.О. Калафат, Л.О. Борисова, О.В. Царенко, П.М. Блюм, Я.Б. http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/150474 2019-04-07T22:25:34Z 2019-01-01T00:00:00Z

Поліморфізм довжини інтронів генів β-тубуліну у мікроводоростей Пірко, Я.В.; Рабоконь, А.М.; Постовойтова, А.С.; Білоножко, Ю.О.; Калафат, Л.О.; Борисова, О.В.; Царенко, П.М.; Блюм, Я.Б. За допомогою аналізу поліморфізму довжини інтронів генів β-тубуліну здійснено генетичне профілювання восьми видів (десяти штамів) мікроводоростей з колекції IBASU-A Інституту ботаніки ім. М.Г. Холодного НАН України. Вперше встановлено закономірності відмінностей ДНК-профілів таксономічних одиниць мікроводоростей родового рівня, а саме: Acutodesmus, Desmodesmus, Dunaliella, Tribonema та Euglena. Показано можливість використання методу оцінки поліморфізму довжини інтронів генів β-тубуліну для міжвидової та внутрішньовидової диференціації мікроводоростей.; С помощью анализа полиморфизма длины интронов генов β-тубулина осуществлено генетическое профилирование восьми видов (десяти штаммов) микроводорослей из коллекции IBASU-A Института ботаники им. Н.Г. Холодного НАН Украины. Впервые установлены закономерности различий ДНК-профилей таксономических единиц микроводорослей родового уровня, а именно: Acutodesmus, Desmodesmus, Dunaliella, Tribonema и Euglena. Продемонстрирована возможность применения метода оценки полиморфизма длины интронов генов β-тубулина для межвидовой и внутривидовой дифференциации микроводорослей.; The genetic profiling of 8 microalgae species (10 strains) from the collection IBASU-A of Institute of Botany M.G. Kholodny of the NAS of Ukraine was performed using the intron length polymorphism analysis of β-tu bulin genes. For the first time, the regularities of the differences between the DNA profiles of the microalgae taxonomic units on the generic level, namely Acutodesmus, Desmodesmus, Dunaliella, Tribonema, and Euglena were established. The possibility of using the method for estimating the intron length polymorphism of β-tubulin genes for the interspecies and intraspecific differentiations of microalgae in the polymorphism was demonstrated.

2019-01-01T00:00:00Z Конотоп, Є.О. Карпець, Л.А. Зінченко, А.В. Лопатько, С.К. Коваленко, М.С. Смірнов, О.Є. http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/150473 2019-04-07T22:25:33Z 2019-01-01T00:00:00Z

Вплив цитратстабілізованих Cu- і Mn-вмісних наноколоїдів на ріст та проліферативну активність апікальних меристем кореня Allium cepa L. Конотоп, Є.О.; Карпець, Л.А.; Зінченко, А.В.; Лопатько, С.К.; Коваленко, М.С.; Смірнов, О.Є. За допомогою стандартної тест-системи Allium-тест порівнювали фітотоксичність Cu- та Mn-вмісних наноколоїдів, отриманих за відсутності та наявності стабілізатора. Токсичність дослідних розчинів оцінювали за ростовими показниками коренів Allium cepa L., а цитотоксичність — за проліферативною активністю клітин кореневої меристеми. Встановлено, що розчини стабілізованих наноколоїдів були більш токсичними для рослин A. cepa L. за інтегральним показником приросту коренів, однак виявилися не цитотоксичними. Відмінності у фітотоксичності стабілізованих та нестабілізованих наночастинок залежать від їхніх властивостей і полягають у впливі на різні механізми росту коренів цибулі — мітоз та “кислий” ріст.; С помощью стандартной тест-системы Allium-тест сравнивали фитотоксичность Cu и Mn-содержащих наноколлоидов, полученных в отсутствие и присутствии стабилизатора. Токсичность исследуемых растворов оценивали по ростовым показателям корней Allium cepa L., а цитотоксичность — по пролиферативной активности клеток корневой меристемы. Установлено, что растворы стабилизированных нанокол- лоидов были более токсичными для растений A. cepa L. по интегральному показателю прироста корней, но оказались не цитотоксичными. Отличия в фитотоксичности стабилизированных и нестабилизированных наночастиц зависят от их свойств и состоят во влиянии на различные механизмы роста корней лука – митоз и “кислый” рост.; Using the standard Allium-test system, the phytotoxicities of Cu- and Mn-containing nanocolloids obtained in the absence and presence of a stabilizer are compared. The toxicities of the studied solutions are assessed by growth indicators of Allium cepa L. roots, and their cytotoxicity by the proliferative activity of the root meristem cells. Solutions of stabilized nanocolloids are more toxic for A. cepa L. plants in terms of the integral index of root growth, but are not cytotoxic. The differences in the phytotoxicities of stabilized and unstabilized nanoparticles depend on their properties and consist in influencing the various mechanisms of onion root growth such as mitosis and “acid” growth.

2019-01-01T00:00:00Z Шабликін, О.В. Корній, Ю.Є. Броварець, В.C. Шабликіна, О.В. Хиля, В.П. http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/150472 2019-04-07T22:25:25Z 2019-01-01T00:00:00Z

Синтез нових оксоімідазолідинових сульфонамідів з протипухлинною активністю Шабликін, О.В.; Корній, Ю.Є.; Броварець, В.C.; Шабликіна, О.В.; Хиля, В.П. Взаємодією 2-аміно-3,3-дихлороакрилонітрилу з хлоросульфонілізоціанатом отримано (Z)-(5-(дихлорометилен)-2-оксоімідазолідин-4-іліден)сульфамоїлхлорид, на основі якого синтезовано нові N-заміщені (Z)-N'-(5-(дихлорометилен)-2-оксоімідазолідин-4-іліден)сульфонаміди. У дослідженнях in vitro, проведених в Національному інституті раку (США), два з шести синтезованих амідів показали високу протиракову активність.; Путем взаимодействия 2-амино-3,3-дихлоракрилонитрила с хлорсульфонилизоцианатом получен (Z)-(5- (дихлорметилен)-2-оксоимидазолидин-4-илиден)сульфамоилхлорид, на основе которого синтезированы новые N-замещенные (Z)-N′-(5-(дихлорметилен)-2-оксоимидазолидин-4-илиден)сульфонамиды. Исследования in vitro, проведенные в Национальном институте рака (США), показали высокую противораковую активность двух из шести полученных амидов.; By the interaction of 2-amino-3,3-dichloroacrylonitrile and chlorosulphonyl isocyanate, (Z)-(5-(dichloromethylene)- 2-oxoimidazolidin-4-ylidene)sulfamoyl chloride reacting easily with the excess of an aliphatic amine to form new N-substituted (Z)-N’-(5-(dichloromethylene)-2-oxoimidazolidin-4-ylidene)sulfamides is obtained. According to the National Cancer Institute (USA) examinations, two of the six synthesized amides showed a high anticancer activity.

2019-01-01T00:00:00Z