Стабильность вторичной структуры олигонуклеотидных субстратов. Эффект ДНК-метилазы Ecodam

Abstract

Исследована стабильность олигонуклеотидных комплексов, содержащих различные дефекты в участке узнавания метилазы Ecodam. Одноцепочечный 20-членный олигонуклеотид, содержащий в центре самокомплементарную гексануклеотидную последовательность, образует частично дуплексную структуру только при температуре ниже 5 <С. Остальные комплексы плавятся в узком интервале температур 22–31 °С в 30 мМ калий-фосфатном буфере, рН 7,8. В присутствии метилазы Ecodam наблюдается увеличение температуры плавления комплекса по крайней мере на 5 °С.

Досліджено стабільність олігонуклеотидних комплексів, що містять різні дефекти в ділянці упізнавання метилази Ecodam. Одноланцюговий 20-членний олігонуклеотид, який містить у центрі самокомплементарну гексануклеотидну послідовність, утворює частково дуплексну структуру лише за температури нижче 5 °С. Решта комплексів плавляться у вузькому інтервалі температур 22–31 °С у 30 мМ калій-фосфатному буфері, рН 7,8. За присутності метилази Ecodam спостерігається збільшення температури плавлення комплексу принаймні на 5 °С.

Oligonucleotide complexes containing various defects in Ecodam methylase recognition site have been investigated for their stability. Partial duplex structure of the single-stranded 20-base long oligonucleotide containing a self-complementary hexanucleotide sequence is observed only below 5 °C. Other complexes are melting within the narrow temperature range of 22–31 °C in 30 mM of potassium-phosphate buffer, pH 7.8. Presence of Ecodam methylase results in an increase of complex melting point at least by 5 °C.